另外，從徐光啟對儒學與“天學”的倫理、政治規範或體係的比較和思考中，我們還可以看出，在他那裏，道德理性或良知良能已不再是完滿自足的了。那種對人類道德理性的向善能力的樂觀信念，已經讓位於對具有絕對賞善罰惡之能力的上帝的虔敬恭奉，或者說，前者在他看來至少需要後者的補充。以道德理性所辨別、認識的是非來約束人們的行為，使人趨善避惡，已不再被認為是絕對有效的了。在徐光啟看來，必須有外在的道德至上神（上帝）以及由對這個至上神的崇奉所產生的宗教畏懼感作為保證，才能產生“實心、實行”，即真實不偽的道德之心和踐履。這是從世俗的理性的倫理向宗教倫理、從內在超越向外在超越的自覺轉換，在他看來，這種轉換可以“補益王化，救正佛法”。徐光啟的思想中的批判性成分和非批判性成分都包含在這個轉換之中。客觀地說，這兩種因素都是他為補偏救弊所作的急切的探索的產物。這種探索的產物又具有那些對宗教的純正性防守甚嚴的研究者所責難的功利或實用主義傾向，前述徐光啟尋求個體救贖的宗教熱情不過隻是冰山之尖頂，其厚實的基礎則是上述尋求良好的道德政治的現實感。這是一種不能從宗教的純正性角度予以指責的探索，也是徐光啟賦予“天學”以較為重要的意義的基礎。隻有對宗教的本質及其功能、對明末的社會、思想狀況有了較全麵、客觀的認識後，才能對徐光啟的這些探索作出較為允當的評判。
四、“釋然而後失笑”
對徐光啟宗教思想的客觀存在及其在當時曆史條件下的意義予以肯定性的研究，並不意味著要片麵地忽視或貶損他在科學方麵的偉大貢獻。毫無疑問，更多的是後者使徐光啟彪炳於青史。這些貢獻包括他在天文、曆法、數學、工程、農學等領域裏所作的西學引進、介紹、會通和獨創性的研究，也包括他在明末救亡運動中在軍事領域裏所作的技術引進和組織工作。這些卓越的貢獻正是徐光啟在與以利瑪竇為代表的傳教士建立實質性聯係後，孜孜以傳“天學”之“小者”的產物。考察和分析一下徐光啟在當時的曆史條件下對中西科學差別的認識，以及他賦予西方科學的方法論意義，還有這些工作在中國科學技術史上的意義，是一項很有價值的工作。
中國的傳統科學如數學、天文、曆法雖然與西方迥然不同，但也有過卓越的貢獻和豐富的成果，這是連西方科技史專家也不得不承認的事實。但由於種種原因，在明代已出現衰退現象，與西方科學之間的差距越來越大。在天文方麵，在“1400年到1500年間，幾乎沒有一部值得注意的著作”；在數學方麵，“當耶穌會傳教士走上曆史舞台時，甚至沒有人能夠把中國過去數學上的光輝成就告訴他們”李約瑟《中國科學技術史》第三卷。徐光啟就曾由於這一原因而做過錯誤的判斷：“吾輩既不及睹唐之《十經》，觀利公與同誌諸先生所言曆法諸事，即其數學精妙，比於漢唐之世，十百倍之。”《徐光啟集》上冊。所謂《十經》，是唐代立於官學的“十部算經”，但久已失傳，徐光啟這樣熱愛閱讀科學典籍的誌士竟然不得獲見。雖然他曾將科學列為聖教不可或缺的內容，但中國科學技術成就的承傳絕對不具備形上之道——狹義聖學的傳承的有利條件，而與工匠技藝的傳承頗相類似，往往容易成為絕學，徐光啟的失誤——倉猝的錯誤判斷，自然是可以理解的了。可貴的是在認識到中國科學落後之後，他能夠以一種衷心歡迎的態度，虛心地決心借重西學以繼絕學。他曾經說過：“私心自謂：不意古學（指幾何）廢絕二千年後，頓獲補綴唐虞三代之闕典遺義，其裨益當世，定複不小，因倡二三同誌刻而傳之。”《徐光啟集》上冊。在徐光啟看來，絕學能通過西學予以補闕，是件對當世大有裨益的好事，因而他認為這是個難得的良機。
這種衷心歡迎還表現為對西方科學“從疑得信”的不疑態度，而這種不疑的態度又是以對西方科學的理智認識為基礎的。他認為西學中的科學“一一精實典要，洞無可疑。其分擘解析，亦能使人無疑。”西方數學的公理化演繹係統，即蘊含於其中的分析（“絲分理解”、“分擘解析”）方法給他留下了難以忘懷的深刻印象。
《譯〈幾何原本〉引》充分表述了徐光啟對西方科學中這種分析精神的認識、讚賞和吸收。這裏必須說明的是，《譯〈幾何原本〉引》雖署名為利瑪竇撰，但根據利瑪竇的自述，其作者實際上是徐光啟。利瑪竇寫道：徐光啟在刻印《幾何原本》之前，“寫了兩篇序，第一篇序是以利瑪竇的名義寫的。其內容先講到原著者，並稱讚利神父的數學老師柯拉維神父（即丁先生）對前本的解釋即小注……也包括難題的應用及定理，以及數學上的資料。第二篇序文是徐氏對歐洲科學及文學上的崇高的景仰及讚頌。”利氏的誠實自述與該引的內容正相符合，而且其中所討論的幾何的十種功用實際上就是後來徐光啟在《條議曆法修正歲差疏》（崇禎二年）中列舉的“度數旁通十事”。王重民輯《徐光啟集》未收此引，梁家勉《徐光啟年譜》也未著錄，羅光《利瑪竇傳》則明言為“利瑪竇自己的序文”。美國學者史景遷曾在其所著《利瑪竇記憶之宮》一書中引該引中論兵之言，以為是利氏根據他在歐洲經曆的兵亂所立之論見孫尚揚、王麗麗譯《利瑪竇的記憶之宮》不知實為自幼即喜讀兵書而且後來有過軍事實踐的徐光啟的精要之論。以上情況的發生，都是因為沒有注意到利瑪竇的自述。本書將該引作為徐光啟的作品予以研究。這篇引文較長，凡二千六百字，對西方科學的方法有比較清楚準確的概述。該引開篇就指明致知的方法在於“因既明推其未明”，這實際上就是亞裏士多德形式邏輯中的三段論在中世紀西方神學和科學中的應用，其實質是從已知的大前提即所謂“既明”出發，演繹證明出一定的結論（“未明”）。這是西方古典科學中的常用方法，與近代科學中由培根倡導的實驗歸納法很不一樣，但限於曆史條件，徐光啟隻能接觸到這種從古希臘科學中發展而來的西方科學之精華，而且對這種方法的邏輯力量推崇備至，認為“彼士立論宗旨唯尚理之所據”，因而能達到無疑的真知而不隻是意見，所以使之讀了“了無一語可疑”。在闡述這種演繹法在《幾何原本》中的具體應用時，徐光啟之言也洋溢著對西方數學科學中嚴密的邏輯證明不疑的推崇：