更有意味的是，徐光啟還曾以西方科學中“蹠實返本”、“精實典要”的分擘解析之法為工具，著力批判明末思想界存在的玄虛學風。他曾對中國科學，首先是數學落後的原因加以總結，所得結論有些與上引李約瑟之論相似，即“算術之學特廢於近世數百年間爾”，而荒廢的原因則有兩方麵：其一是講求性理之學的儒生鄙棄天下實事，其二則是妖妄之術謬言數有神理，“能知來藏往，靡所不效，卒於神者無一效，而實者無一存……術業政事，盡遜於古初遠矣。”前者虛，後者妄，其後果則是二而一的，即無效無實。求精責實的徐光啟對這種學風深惡痛絕，並大力倡導實學，希望士大夫們能夠借習西洋實學將這種玄虛學風掃除殆盡，絕去一切虛玄幻妄之說。他寫道：“下學工夫，有理有事。此書為益（指《幾何原本》），能令學理者祛其浮氣，練其精心；學事者資其定法，發其巧思，故舉世無一人不當學。”《徐光啟集》就是說，《幾何原本》對那些從事理論研究的人來說，有助於他們消除華而不實的浮氣，鍛煉他們的思辨能力，而對那些從事實際工作的人來說，則能幫助他們依靠科學原理，邁向理論的王國。所以，治學的人都應該學習《幾何原本》。20世紀的教育實踐證明了徐光啟之論實屬遠見卓識。
徐光啟竭力倡導的“蹠實返本”之學彙入了明末的實學思潮中，而且由於他借重的是與傳統中國科學迥異的西洋科學及其方法，他的實學思想便顯得卓爾不群，富有特色。徐驥在《文定公行實》中概述乃父治學精神時，說徐光啟“一事一物，必講究精研，不窮其極不已。”這種精研窮極實際上就是“絲分縷解”，“分擘解析”的分析方法和精神。徐光啟對這種幾何精神曾作過熱情洋溢的倡導和精心的運用，並認為幾何精神的運用和功能是沒有界限的，卡西勒像被幾何精神武裝起來的科學頭腦“無一事不可精”，“無一事不可學”。在論述啟蒙哲學的特征時，哲學家卡西勒曾指出：“十八世紀……認定，隻要把‘幾何精神’理解為純分析精神，它的用途就是絕對不受限製的，就可以把它運用於任何特殊的領域。”徐光啟倡導的科學方法和精神可以說明顯地具有這種特征。當他堅持幾何精神之功用的無限性，並將這種精神應用於對傳統文化、思想的“分擘解析”，應用於一切實用科學時，他所倡導的實學與明末其他思想家所倡導的實學相比，確實富有鮮明的個性，這便是其中具有科學色彩的啟蒙意義：既有科學方法論上的啟蒙意義，也有思想文化上的啟蒙意義。雖然他的宗教歸宿以及目前學術界可能存在的宗教與科學絕對對立的觀念也許會使我們在得出上述結論時猶豫不決。確實，徐光啟接受的宗教信仰中包含有反理性的蒙昧主義觀念，但它對徐光啟的影響是有限的。傳教士龐迪我曾撰寫刻印過關於提高宗教修養的著作《七克》，首條即是克傲，其實質是將人類的理性力量和求知欲以一種神學獨斷論斥為人類的驕傲，斥為人類墮落的原因。徐光啟並未完全接受這種宗教蒙昧主義。在受到西方科學的刺激和影響後，他以一種既不同於上述宗教觀念，也不同於中國傳統哲學中的知識論的觀點，強調和倡導對自然、人事進行定量的、分析的研究，認為“一物不知，即儒者之恥”。他在各個科學領域裏的活動和成就及在思想方法領域裏鍛造和奉獻的一些卓越思想，都表明他是一位高揚人類理性的先進之士。可以說，徐光啟的工作及其影響為三個世紀後的龍的傳人們的思想文化步入世界潮流搭建了一座必經的邏輯橋梁。
五、“會通以求超勝”
比較全麵和客觀的研究者都會承認如下的事實：徐光啟既以不疑的態度接受了傳教士們輸入的西方宗教，又通過與利瑪竇等人的通力合作熱情地吸收和傳播、運用西洋科學，如果我們因此便認為徐光啟是最早的激進的全盤西化論者，那也將是一種危險的倉促之論。這裏有必要考察一下徐光啟輸入西學的做法和抱負或理想。
徐光啟在宗教方麵雖然成為一名虔誠的天主教徒，但他並非隻是為了解決個體的終極關切，隻是為了得到身靈的救贖，更不隻是為了通過與傳教士的接觸得到一己之私利，他的目的是試圖借助他認為切實可行的天主教道德規範體係，“補益王化，左右儒術，救正佛法”，以期達到儒家理想中的三代之治。他對傳統儒家文化的缺陷有冷靜的思索和分析，並希望通過引進“天學”彌補這種缺陷。他曾向萬曆皇帝建議，“若以奉佛老者奉上主，以容納僧道者容納諸陪臣，則興化致理，必出唐虞三代上矣。”在他心目中，這種理想的三代之治是一幅國泰民安的田園詩式的畫麵：“法立而必行，令出而不犯，中外皆勿欺之臣，比屋成可封之俗，聖躬延無疆之遐福，國祚永萬世之太平矣。”修身齊家治國平天下這一為千百年來士大夫們崇奉的理想同樣在徐光啟的心靈中閃耀著誘人的光輝。隻是作為一名能開眼看世界的士大夫，他倡導了一種迥異的方法。即借“天學”補益儒學。這種借耶補儒的方法及其最終目的傳統性格，均表明徐光啟仍是在儒學的框架內接受、容納“天學”，而決不是完全拋棄了作為他賴以理解、接受“天學”的前提的儒學。理解和創造的曆史性決定了他不是一位數典忘祖的全盤西化論者。