在與傳教士的接觸中，徐光啟不僅了解到西方科學、軍事技術較中國先進，更培養了一種開放的文化心態。因此當士大夫們發起南京教案，掀起禁教排外浪潮時，一向在政治中委曲求全的徐光啟毅然上疏為西人西學辯護。徐光啟並非不知道南中國海已有西方殖民者對中國虎視眈眈，他也主張對他們像對“來寇”者一樣堅決打擊，但他認為對傳教士及其“天學”則要區別對待。鑒於有人懷疑傳教士所傳“天學”有傷聖學道脈，徐光啟提出三種試驗方法：①組織傳教士翻譯其經書及曆算等實用科學書籍，如果其學“叛常拂經”，屬“邪術左道，即行斥逐”，徐光啟本人也甘願受“扶同欺罔之罪”；②僧道之流都起而攻“天學”，對此也可以組織他們與傳教士辯駁，由儒學之臣主持辯論，如果西人“言無可采，理屈詞窮，即行斥逐”；③令傳教士將其“教中大意、誡勸規條與其事跡功效，略述一書，並已經翻譯書籍三十餘卷……一並進呈禦覽，如其蹐駁悖理，不足勸善戒惡，易俗移風，即行斥逐”。針對人們對傳教士的猜疑，徐光啟還提出三種處置方法（略）。最後，他辯護道：他也曾像其他人一樣懷疑傳教士來華有滲透侵略的意圖，但“伺察數歲，臣實有心窺其情實，後來洞悉底裏，乃始深信不疑”。如果不是因為他們是“聖賢流輩”，其學能“大有裨益”，那麼，朝廷要留他們或驅除他們，與他毫不相幹，何必冒欺君之罪為他們遊說辯護以上皆見《辨學章疏》。徐光啟大發憤激之辭，其目的都在於為開放辯護，為民族在開放中的進步辯護。
在文化上，徐光啟更是主張開放的交流，他曾在《刻同文算指序》中明確反對科學研究中的“閉關之術”，認為自悟自是的閉關自守，隻會導致謬妄和落後。
徐光啟對開放的呼喚在今天仍有振聾發聵作用。所幸的是，他的聲音並未成為千古絕響，而在今天的現實生活中得到了有力的回應。但他的呼喚在舊中國產生的反響卻是令人失望的，因而也令人深思。
對文明的比較研究以及文化交流史的研究表明，當兩種文明接觸伊始時，如果表現為外在物質形態或力量的文化之強弱難分軒輊，要想在潛存於深處的思想、精神之間產生競爭觀念是較困難的。明末隻有少數士大夫如徐光啟、李之藻等人在實踐中，尤其是在挽救明末危局的科學、政治、軍事實踐中，通過對中西科學、思想的深入比較、研究和思考，才敏銳地產生了一種旨在富國強兵、推行良好的道德政治的競爭觀念和較健康的開放心態。但這種觀念和心態並不具備當時士大夫崇奉的正統儒學在道德、政治生活中所具備的那種強大的示範力量。相反，它隻限於少數先覺之士中。使這種競爭觀念深入人心的途徑或許隻能是保持靈活而又有一定指導的開放性。但這種開放又必然會或多或少地衝擊當時的社會結構、思想、道德規範乃至禮儀、習俗的現狀。明末反教排外的士大夫們因此實質上擔負起了以其示範力量調節、保持社會在各方麵的穩定性這一任務，他們的作用是守成。而那些在實踐中產生了競爭觀念的士大夫如徐光啟則擔負起了更積極的綜合、創造和發展的職能。在較為純粹的文化理論意義上講，這二者的職能本應相輔相成，既然人們存在的曆史性決定了對外來思想、文化的理解、接受以及綜合創造不可能在完全超越傳統的前提下進行並完成，而發展在隔絕已成為不可能的情勢下，不可能在完全不變的傳統中開出自己的道路，那麼，合理的路徑隻能是在傳統與由自身內部產生的新異思想或外來文化之間進行對話，並由此產生基於比較所作的選擇性吸收、綜合和創造。但曆史卻在隨後的一個重要階段選擇了守成派的思想。這種選擇無疑在某些方麵保證了清代“天朝帝國”的穩定性，也避免了“多事”（康熙皇帝語）的傳教士給統治者個人及中國傳統的社會結構、道德規範乃至禮儀習俗帶來的煩擾和威脅。但保持這種穩定性的代價卻是封閉自己，以至當西方列強以鴉片進一步麻醉清代天朝帝國的迷夢，同時又以大炮轟炸這種封閉的穩定時，馬克思雖然對備受其苦的中國人民深表同情，卻也不得不暫時隱忍他的道德激情，作出一種冷峻的曆史主義的理論總結：“與外界完全隔絕曾經是保存舊中國的首要條件，而當這種隔絕狀態在英國的努力下被暴力打破的時候，接踵而來的必然是解體過程，正如小心保存在密閉棺木裏的木乃伊一接觸新鮮空氣必然要解體一樣。”換言之，與域外完全隔絕也是舊中國滅亡的原因。