然而王門遠不及程門之盛。二程門生弟子極眾。宋欽宗趙桓在位時（1126～1127），下詔禁用老莊及《字說》，廢止了王學的官學地位。宋高宗趙構於紹興元年（1131）八月下詔，追贈程頤為直龍圖閣，更推崇理學。二程弟子更於社會上廣泛傳播理學，理學的社會地位日趨重要。
到宋孝宗趙眘（1163～1189）時，宋代理學發展到一個極重要的時期，出現了朱熹這位集大成的理學家。
朱熹（1130～1200），字元晦，號晦翁，祖籍歙州婺源（今屬江西），曾寓居建州崇安（今屬福建）、建陽（今屬福建）。朱熹早年研習儒學，兼學佛教禪學、道經、文學、兵法等，後從師理學家李侗，遂為程顥、程頤之四傳弟子，專心攻求義理之學。他於繼承和發展二程學說的同時，又糅和周敦頤、張載等理學家及禪學的部分學說，集北宋以來各派理學的大成，最終建立起係統而完整的理學體係。朱熹仍以“理”作為自己哲學體係的主題，明確提出“理”先於“氣”。“未有天地之先，畢竟也隻是理，有此理便有此天地。若無此理，便亦無天地，無人無物，都無該載了”。即謂“理”是先天永存的，是天地萬物，乃至人類社會、封建倫理綱常皆為“理的體現”，故“理”“不出乎君臣、父子、兄弟、夫婦、朋友之間”。在此基礎上，朱熹又將傳統的綱常學說加以理論化和通俗化，力倡將三綱五常作為最高的社會道德標準。朱熹針對周敦頤“無極而太極”的命題中“無極”與“太極”的模糊觀點，指出“周子所謂‘無極而太極’，非謂‘太極’之上別有‘無極’也，但言‘太極’非有物也”，鮮明地提出“太極”是無形、無狀、無象的“理”。進而，他又用“理”闡述“太極”，“總天地萬物之理，便是太極”。“太極之義，正謂理之極致耳”。並且將一切封建道德規範皆歸入“太極”，是人人固有的，“人人有一太極”。從而繼承、發展並完善了周敦頤的理論，且與封建倫理道德緊密結合，使“太極”說得以充實。
對於“理”與“氣”的關係，朱熹依舊堅持“理”先於“氣”，“氣”依“理”而存在之說，“有是‘理’，後生是‘氣’”。即“理”是第一位的，“氣”則是由“理”派生的。
在人性論上，朱熹較前人有了更大的發展。他將人性與“理”、“太極”結合起來，“性者，人之所得於天之理也”，“性是太極混然之體”。在人性的善惡問題上，朱熹繼承張載的“天地之性”與“氣質之性”之說，“論天地之性，則專指理言；論氣質之性，則以理與氣雜而言之”。理當然是至善的，故“天地之性”亦是至善的。而氣有清、濁之分，故導致“氣質之性”的善惡之別。“理”既先於“氣”，故“天之生此人，無不與之以仁、義、禮、智之理，亦何嚐有不善”。至於人性的善與惡，則是後天各人秉受的“氣”有所差別，所以“氣質之理”有善惡、智愚的區別。為此，朱熹反複強調“天理”與“人欲”的對立關係，“人之一心，天理存則人欲亡，人欲勝則天理滅”，而“聖人之教”正是為了“革盡人欲，複盡天理”。即要求人們接受封建道德觀念，恪守封建道德標準。
在認識論上，朱熹亦提出“格物致知”、“正心誠意”、“居敬”等一係列的理論。他提出：“格，至也；物，猶事也。窮至事物之理，欲其極處無不到也。”朱熹的“格物致知”，實際是“格”“天理”，即所謂的“窮天理、明人倫、講聖言、通世故”，是“父子、君臣、夫婦、朋友，合是如何區處”。實現“格物致知”，朱熹提出的途徑是“內省”與“踐履”。所謂“內省”，即使心有所主，不含絲毫雜念，亦即二程所倡“誠敬”。“踐履”即“善在那裏，自家卻去行他。行之久，則與自家為一”，即要求人們完全遵循封建倫理綱常。
朱熹的理論對於維護封建統治秩序，確立封建道德標準，起到極其重要的作用。他一生於仕途坎坷磨難，但卻致力於講學授徒，著書立說。死後，弟子門徒將其著述編輯成《朱子語類》、《朱文公文集》等書。其著述頗得宋理宗趙昀的推崇，自此將朱熹的學說奉為理學正統，理學亦隨之成為官方哲學。朱熹因此而被後代統治者奉為“大賢”。
理學家陸九淵（1139～1192），字子靜，號象山，撫州金陵（今屬江西）人。他與朱熹同期，卻與之相對立。陸九淵糅合孟子“萬物皆備於我”和“良知”、“良能”說及佛教禪宗“心生”、“心滅”之說，獨自創建所謂“心學”的唯心主義哲學體係。他提出“心即理”的觀點，“人皆有是心，心皆具是理，心即理也”。“心，一心也；理，一理也。至當歸一，精義無二，此心此理，實不容有二”。他甚至明確指出“宇宙便是吾心，吾心即是宇宙”的宇宙觀和認識論，即認為天理、人理、物理皆於“吾心”之中，而心是客觀世界的本原、唯一的實際存在。他不讚成朱熹將人心分作“天理”與“物欲”兩部分的觀點，而認為“至當歸一”。人心被物欲所障而致天理不明，因此人們應該首先“明得此理”，使內心有所主宰，之後方能克製物欲而“存心”。他提倡“致知”“不假外求”，隻須“明本心”，“先立乎其大者”即可。主張“切己自反”，格除物欲，注重“踐履”的學習方法。陸九淵亦宣揚封建倫理綱常，認為“皇極之建，彝倫之敘，反是則非，終古不易。是極是彝，根乎人心而塞乎無地”，即綱常、封建等物製度是不能改變的，因此勸諭人們恪守之。