在實際操作過程中，MTCR幾乎完全是美國和西方國家對發展中國家進行導彈技術轉讓和輸出的管製工具。MTCR之所以跳過國際條約的習慣方式，直接由少數發達國家來設立，就是想避免發展中國家的反對，省略許多國際條約討論過程中各方利益難以擺平、因而往往打時間消耗戰的複雜局麵。但這又使得MTCR長期以來一直存在著濃厚的神秘色彩，為許多人所非難。比如說，MTCR的成立過程幾乎完全是“黑箱”操作，外人迄今無法對它的成立過程有什麼了解。成立之後，MTCR的許多工作都是在半隱蔽的狀態下進行的。直到今日，它的會議與文件資料仍然對外不公開。在成員國構成上，MTCR的絕大多數成員國來自於西方，北約的19個成員國，也包括1999年4月剛剛宣布被北約吸收為成員國的匈牙利、捷克和波蘭在內。其他國家，如日本、澳大利亞和新西蘭也都是MTCR的成員國。隻有5個發展中國家是MTCR的成員國，其所占比例差不多為16%。中國台灣學者鄭瑞耀寫道：“權力政治是最能解釋MTCR形成的原因，而其中又以現實主義霸權穩定理論主張，最能反映MTCR的形成過程。此即美國為了維護國家安全利益與國際社會的穩定，憑借優勢的導彈科技資源與國際地位，聯合其核心盟國，采取最有利的方式，設立MTCR，對導彈技術實行國際出口管製。一方麵防止國際導彈擴散，一方麵維持導彈科技的優勢地位。”⑧
美國為了限製導彈擴散，將發展中國家中主要的導彈擁有國和導彈發展國都列為MTCR組織擴展的對象，力圖將上述國家都納入MTCR的成員國行列，以MTCR的規則與程序束縛這些國家的導彈發展和技術轉讓。為此，美國不惜采取政治、經濟和軍事壓力來達到目的。在MTCR成立初期，G7的成員國就曾出現過兩種不同的觀點。美國、英國和加拿大所組成的一方認為，必須強化國內出口管製立法和相關的監督程序，加大力度防止導彈擴散；法國、德國和意大利所組成的另一方則認為，MTCR的管製固然重要，但是正當的貿易與出口不應該受到過多限製，也反對強化出口管製立法。但在美國的壓力下，意大利和德國曾在90年代初停止向阿根廷出售火箭發動機技術。1993年，MTCR修改了出口管製的標準，將導彈技術出口置於更為嚴格的管製之下。MTCR規則雖然強調並不妨礙民用太空開發計劃，美國卻對此采取了完全苛刻的立場。法國在美國的壓力下，1992年取消了對巴西“維京”火箭引擎技術的出口計劃。美國國會和政府還指責休斯公司同中國在衛星發射問題上，向中國轉讓火箭技術。
所有的非西方國家和發展中國家的導彈輸出計劃都遭到過美國的非難。俄羅斯在1991—1993年間願意向印度出售低溫火箭引擎（cryogenic rocket engine），但遭到了美國的強烈反對，俄羅斯成為MTCR成員國的事也被擱置了起來。俄羅斯認為這項交易隻用於和平開發目的，並不違反MTCR規則。美國則要求俄羅斯取消這項同印度的交易，為此還對俄羅斯公司采取了經濟製裁措施。經過美俄雙方多次協商，1993年7月達成了有關協議。俄羅斯同意取消該項交易中的關鍵科技部分，美國則同意俄羅斯參與美商業通訊衛星的發射以及美俄兩國共同開發太空站計劃。1995年6月的美俄聯合委員會會議上，美俄雙方就美國支持俄羅斯加入MTCR問題取得共識。1995年10月，俄羅斯成為了MTCR的正式成員。但是，美俄有關導彈擴散問題的爭論並沒有因此而停止。1996年初，美國指責俄羅斯向伊拉克銷售了導彈引導係統的組件。1997年，美俄有關俄羅斯向伊朗出售導彈和提供技術援助問題發生爭執。1999年初，美國又指責俄羅斯向伊拉克出售了防空導彈、地對地導彈組件和飛機導航係統。
80年代末和90年代上半期，導彈技術出口問題一直也是美中關係中的一個重要議題，雙方在戰略對話中就MTCR問題進行了長期談判。防擴散是中國政府的一貫政策，然而，作為國際社會中負責任的一員，中國政府為了促進雙邊交往和加強對外合作，在貫徹大規模殺傷性武器不擴散原則的基礎上，願意與一切國家發展正常的經濟、科技與軍事關係。但美國為了維持自身的戰略利益，80年代末以來，一直指責中國向與美國關係緊張的國家輸出導彈。1988年，美國曾經呼籲中國加入MTCR，遭到了中國的拒絕。中美關係中從此產生了“MTCR爭議”。1991年，美國指責中國向巴基斯坦出口M-11導彈，並於1991年5月宣布對中國進行局部經濟製裁。在獲得中方口頭表示遵守MTCR規則的意願之後，美國於1992年3月又撤銷了該項製裁。但美國在這之後又再度指責中國向巴基斯坦出口導彈組件。1993年8月，美國又再度宣布對中國進行局部經濟製裁。中方從穩定中美關係大局出發，在中美之間的MTCR問題上堅持對話而不是對抗的方針，中美兩國繼續就MTCR問題舉行雙邊會談。1994年10月，中方以書麵形式承諾遵守MTCR規則，成為了MTCR的遵從國。美國也隨之又一次撤銷了對中國的局部經濟製裁。90年代中美關係中曾經一度尖銳化的MTCR爭執，也隨之暫時告一段落。⑨然而，此後美國又指責中國向巴基斯坦出口M-11導彈技術和組件，並再度揚言要對中國進行製裁。2000年3月，美國主管軍控問題的副國務卿塔爾波特訪華，中美再次就MTCR問題進行了磋商。