對台灣當局來說，美國是其在兩岸關係中維持現狀、對抗大陸統一攻勢可以依賴的最大的國際勢力。維持密切的台美關係，利用美國因素來壓大陸，特別是加強台美軍事聯係與合作是台灣當局的一貫政策。因此，TMD入台，對台灣來說，不是簡單的對美軍購或者軍事力量建設問題，而是一個綜合的政治、外交和戰略性的行動。
在“安全”政策上，80年代以來，台灣一方麵走所謂“國產化”道路，實行部分武器自給，如研發“經國號”戰機和“天弓”型地空導彈；另一方麵，則在尖端武器係統方麵幾乎完全仰仗美國的軍售以及技術轉讓。台灣竭力希望通過發展出與大陸差不多平起平坐的軍事力量來獲得足以抗衡大陸武力威懾的軍事力量，同時，通過發展軍備以武力對抗統一。與此同時，台美軍事合作對頑固堅持分離主義路線的李登輝當局來說具有重大的外交和政治意義。它是美國支持台灣保留自身意誌和政策“獨立性”、免於受大陸“吞並”的象征，也代表了美國在兩岸關係上所發揮的直接的、巨大的影響力。因此，美台之間的軍售關係，以及通過軍售來獲得先進的武器技術裝備對台灣當局來說，不是一個簡單的美台軍事合作關係，而是台灣竭力謀求與大陸爭奪美國這個兩岸關係中最大的“第三者”的重要手段，也是台灣當局對美國兩岸關係政策“察言觀色”、掌握方向的主要依靠。90年代後，由於中美關係起伏不斷，台灣當局在獲得美國軍售武器方麵的“質量”與“數量”都較80年代有長足增長。如F-16戰機、“諾克斯”級驅逐艦、“愛國者”導彈和“毒刺”導彈等等。台灣方麵深知，台灣對美國的軍購順利與否，不但是台灣防務需求能否得以滿足的問題，也是台灣抗衡中國大陸關鍵性的政治、外交和戰略資源，是大陸和台灣“國際角力賽”勝負的核心。美台軍事合作的程度和方向，是美國準備以什麼樣的角色在兩岸關係中起作用的風向標。
90年代初，美國國防部就透露說，中國開始在台灣海峽附近的東南沿海地區部署戰術導彈。1993年，台灣向美國訂購了3套共200枚“愛國者Ⅱ”反導彈係統以便抵禦來自中國大陸的“導彈威脅”。從1995年開始，美國軍方就開始遊說台灣加入TMD聯合研製。1996年第三次台灣海峽危機也使台灣當局對導彈防禦的重要性有了相當感性和迫切的認識。台灣當局研判的結果是，導彈攻擊力是大陸武器係統中的強項，並對台灣占有絕對的優勢，“導彈威脅”將是大陸對台灣施加和保持軍事壓力的最主要的手段。台灣島內有相當一部分意見認為，加強導彈防禦對台灣防務建設來說勢在必行，應該全力以赴加入美國的戰區導彈防禦計劃。為此，加強導彈防禦是台灣從1996年以來一直致力於發展的軍備項目。台灣方麵向美國訂購的“愛國者Ⅱ”也由3套係統增加到了6套。1996年12月，部分“愛國者Ⅱ”反導彈係統的裝備運抵台灣。1997年2月，台灣開始在台北附近部署6套“愛國者Ⅱ”反導彈係統，包括有180枚攔截導彈。台灣還裝備了同是美國出售的“改良型防空係統”（Modified Air Defense System，MADS）。這是美國隨“愛國者Ⅱ”一起向台灣出售的雷達及火控係統。同時，台灣還在研發其自製的導彈防禦係統。從1997年起，台灣借助美國的技術援助，在“天弓Ⅱ”的基礎上開始研製“天弓Ⅲ”反彈道導彈武器係統。1998年1月，“天弓Ⅲ”完成了係統測試，並在5月舉行了首次試射。1999年，台灣軍方對“天弓”反導彈係統試驗在進一步進行。但台灣當局在TMD問題上相當一段時間內曾有過猶豫。
一開始，台灣軍方曾相當熱心，請美國評估台灣參與TMD的可行性。1996—1997年，美台雙方在每年的軍售談判中討論了TMD係統入台的問題。討論的問題主要是在三個方麵：一是台灣是否有必要在已有的PEG2/MADSS係統之外再裝備TMD係統；二是如果有必要，那麼應該裝備什麼樣的TMD係統？三是裝備TMD係統的成本估算。台灣軍方得知裝備TMD的預算花費是一個天文數字後就冷了下來。[24]31997年10月，美國眾議院有關責成美國國防部研究台灣加入TMD的必要性的HR2386號決議通過後，台灣表示歡迎，但也隻是強調對TMD要作出進一步的谘詢。⑥其原因主要在以下幾個方麵：一是TMD尚處於研製階段，其實戰功效尚未經驗證，在技術上是否真正成型還是一個未知數。二是TMD聯合研製需要支付出巨額軍費開支。台灣報紙曾報道說，美國在1993—2005年間，TMD所需軍費估計要達到875億美元。[26]台灣加入，正好為美國分擔研製經費。台灣軍費因為各項支出，本來就捉襟見肘，因此擔心參與同美國的聯合研製會不勝其力，並最終收獲寥寥。三是擔心擠占其他軍費開支項目，影響到台灣防務力量的總體發展。台灣前“國防部長”蔣仲苓就曾公開抱怨過TMD是一個“錢坑”。四是台灣內部、特別是台灣軍方內部對TMD也存在著不同的意見。反對TMD的人認為，台灣海峽最窄處隻有175公裏寬，TMD技術即使成功，這麼短的距離也不利於台灣有效防範大陸的導彈襲擊，TMD的巨大的經費支出，可能使台灣得不償失。
另外，台灣內部關於應對大陸“導彈威脅”的方式以及台灣的建軍路線，到底是立足於獲取進攻性武器以加強“威懾”，還是通過TMD加強“防禦”這樣不同的軍事力量發展方向，仍存在著較大的爭論。有一部分人士認為，最好的防禦就是進攻，因此認為台灣也應該大舉發展陸基進攻性彈道導彈，以中國大陸的主要城市為目標，威懾大陸對台灣的“軍事威脅”。[27]即使要建立導彈防禦係統，也應該立足於台灣自身研發，而不是加入TMD。[28]
隨著TMD問題成為中美關係中一個敏感的關注點，TMD的“政治價值”開始明顯高於其“軍事價值”和“軍費價值”。1997年9月江澤民主席訪美前後，美國國務院出現了要求台灣與大陸對話的觀點。1998年6月克林頓總統訪華在上海口頭宣布了對台灣的“三不”政策。這都使台灣感受到了來自美國的壓力，在對美關係中再度具有了挫折感，認為在兩岸關係中美國似乎正在向中國大陸、而不是向台灣傾斜。台灣當局尤為擔心，中美高層首腦互訪之後，不斷穩定和改善的中美關係會對美國對台軍售政策以及安全承諾產生消極作用。為此，台灣需要有所動作來繼續“拉住美國”，讓美國來繼續扮演台灣分離主義勢力背後最大的支持者的角色。善於見風使舵、竭盡全力以拉住美國作為台灣“安全”砝碼的李登輝當局很快在TMD問題上嗅出了可以離間中美關係的風向，竭力尋求加入TMD的機會，促使美國國會反華勢力向白宮施加壓力，以此來換取美國再度對台灣有“親近”的表現。[29]
克林頓結束訪華後不久，1998年7月6日，蔣仲苓在會晤美國在台協會理事長卜睿哲時首度表示，TMD對台灣防禦確有需要，希望美國提供有關資料，以便台灣進一步評估。[30]蔣仲苓還公開表示，希望美國向台灣“簡報TMD有關內容”。而在這之前，台灣官員在談及TMD問題時，從未正式使用過“台灣確有需要”一說。這顯示台灣方麵對TMD的態度已經由“保留立場”轉變為“彈性立場”。台灣突然作出這樣的轉變，也是為了配合從6月開始的美國國會亞太小組委員會有關討論TMD是否應該擴展到台灣的立法辯論。台灣當局力圖在作出這樣的表態之後，可以推動具有明顯親台傾向的美國國會繼續作出將TMD與台灣掛鉤的新的立法，“逼”白宮從台灣安全問題到軍售以及基本政策都作出有利於台灣的決定。