中國對美國的導彈防禦計劃的研究和部署意向向來持強烈的反對態度。裏根政府1983年3月提出“星球大戰”計劃，中國就明確表示反對。鄧小平曾經說過，“星球大戰”計劃將導致軍備競賽，搞不得。[45]1985年，鄧小平對來訪的美國前總統尼克鬆說，“星球大戰”計劃會將軍備競賽引入太空，這是中國堅決反對的。他還建議中國和歐洲聯合反對“星球大戰”計劃。[46]此外，“星球大戰”計劃一旦付諸實施，美國建立起可以有效攔截進攻性戰略核武器的“天網”，不僅將對蘇聯占有巨大的戰略優勢，打破美蘇之間的恐怖均勢，客觀上也將使得中國的有限核武器失去威懾力。[47]
90年代克林頓政府的導彈防禦計劃同樣受到了中國政府和人民的猛烈批評和堅決反對。其原因綜合起來說有以下幾個方麵：首先，中國認為，NMD計劃的部署將會危及世界的戰略平衡、戰略穩定和國際安全。中國非常希望今天的國際安全能夠出現穩定和建設性的局麵。其次，中國認為NND部署將會損害國際軍控事業，挑起新的軍備競賽。第三，NMD將會削弱國際防擴散努力的發展。第四，TMD在東亞的部署將會促動東亞地區緊張局勢的發展。第五，無論是NMD還是TND都將直接威脅中國的國家安全。第六，美國的導彈防禦計劃不符合冷戰後國際安全與和平發展的基本潮流，不利於多極化世界格局的發展。
從目前台灣當局對於統一的基本態度和美日加強在東亞的軍事同盟關係、力圖維持兩岸分裂現狀的政策來看，TMD一旦與台灣掛鉤，將會對兩岸關係產生以下極為消極的作用。
（1）TMD會大大加強台灣現有的軍事裝備和技術能力，增強台灣當局以武力對抗統一的信念，從根本上不利於兩岸接觸、對話的和平進程。
90年代中期之前，台灣對抗統一進程，有兩張“牌”好打：一是經濟牌，二是所謂民主牌。但1996年3月中國在台灣海峽進行的導彈試射之後，台灣當局利用鼓吹“中國威脅論”的國際勢力，大打“安全牌”。所謂“安全牌”的下限是台灣受到來自大陸的“巨大威脅”，在這樣的“威脅”麵前，台灣無法以“自主”的方式就兩岸關係和未來前途通過和平談判來獲得平等的解決。台灣因為受到“威脅”，所以不能以自己的“意願”來進行談判。其上限是主張台獨者荒謬地認為的：台灣是一個“獨立的主權國家”，來自中國大陸的“威脅”就是台灣“將要受侵略”的“威脅，；因此，台灣從”主權“地位出發對抗統一就是合理合法的”對抗侵略威脅“台灣強兵自保，甚至走向”獨立“都是自然的、”合理合法“的。目前，台灣某些人鼓吹的”中國威脅論“和國際上部分反華勢力所鼓吹的”中國威脅論“事實上正在相互利用、相互補充。在TMD問題上兩岸的分歧，深刻反映了祖國大陸”一國兩製、和平統一“但麵對台灣島內的分離主義傾向又不得不保持軍事壓力實行”以壓促統的政策，與台灣目前不惜以任何手段偏安自保、甚至挾洋自重的對抗統一政策之間的矛盾。
如果TMD擴展到台灣，台灣獲得了當前世界上最先進的導彈防禦技術，客觀上會大大增強台灣現有的軍事實力，使台灣在獲得“安全感”的同時進一步爭取兩岸關係保持現狀或者向實質性台獨方向轉化。從1991—1999年，台灣向海外訂購了200億美元的軍火，其中180億美元用來購買了美國的武器。這一數字使得台灣在冷戰結束後的10年中排在沙特阿拉伯之後成為世界上第二大軍火買家。[48]而且，台灣近年來的軍費水平雖然一直維持在80多億美元左右，但許多台灣的軍購費用往往是由台灣立法院單獨通過的，並不在日常軍費預算之內。因此，台灣的實際軍費水平要比台灣公布的年度軍費數字要高得多。在台灣當局長期整軍備戰思想的影響下，台灣的常規軍事力量在技術和裝備上對祖國大陸具有一定的優勢。美國1999年2月公布的“台海安全情勢報告”中承認，台灣現有武器技術裝備在質量上“領先於中國大陸”。[49]TMD隻會使得台灣在常規武器和局部軍事技術和裝備上進一步擴大同中國大陸的差距，造成有利於台灣“自保”的軍事態勢上的“台灣優勢”。因此，TMD不是保障台灣“安全”的防禦性武器，而是縱容台灣分離主義勢力發展的工具；TMD現實增強的不是台灣的“安全”，而隻是台灣對抗統一的“偏安”。TMD入台給台灣的不是“安全的空間”，而是島內分離主義勢力進一步發展“台獨”的空間。
（2）TMD會增強美國等其他國家支持台灣維持現狀、對抗統一的政治效應，不利於孤立和壓製台灣的分離主義勢力，不利於中國爭取廣泛的國際支持解決台灣問題，並進而促使台灣產生心理上的安全感，助長台灣的分離主義傾向。
台灣當局目前對抗統一的立場非常頑固。從李登輝的“兩國論”到陳水扁的“未來的一個中國”，完全是台灣力圖維持與祖國分離局麵的擋箭牌。為此，台灣不惜以“務實外交”、“金元外交”和“采購外交”等手段開拓國際空間、挾洋自重，力圖削弱來自中國大陸的統一壓力和影響。以《與台灣關係法》為代表的部分國際勢力，確實也在為台灣對抗統一“打氣撐腰”。兩岸關係的背後，存在著各自的外交和政治影響力此消彼長的問題。台灣獲得國際勢力的支持越大，台灣對抗統一的態度就會越頑固。如何在國際舞台上縮小對台灣分離主義的支持，是我們一項長期而又艱巨的戰略性任務。目前美國以《與台灣關係法》架構為代表的對台灣的支持勢力，是我國實行統一政策最為嚴峻的外部挑戰。美國國會屢次通過的有關將TMD擴展到台灣的立法，既是國際勢力支持台灣的新行動，也是台灣借國際勢力對抗統一的新砝碼。如果美國行政部門最終作出將台灣納入TMD係統的決定，這不單是一項簡單的在軍事上加強台灣軍事防禦能力的決策，由此而產生的政治和外交影響力將同樣是非常深刻的。