在裏馬薩瓦島，船員們用各種百貨換取食物，同時又與當地統治者拉關係，傳播基督教。4月3日，船隊在裏馬薩瓦島拉甲（Ra-jah，統治者的頭銜）領航下來到宿務島。在宿務島，探險隊一麵開設店鋪，用各種小商品換取當地居民的食品和貴重物品，一麵在島上傳播基督教，與當地最大的統治者拉甲胡瑪波納建立了關係。胡瑪波納拉甲原想按慣例向船隊征稅。後經一個暹羅（泰國）商人提醒、告誡，得知他們便是征服了卡利庫特、果阿、馬六甲的歐洲白人，便放棄征稅，轉而想利用白人武裝向周圍擴張，策動麥哲倫協助進攻附近的麥克坦島，以控製該島。麥哲倫表現欲和逞能欲很強，便答應下來。麥哲倫先派小分隊上岸偷襲，焚燒房子，強征貢物，但當地拉甲仍不順服胡瑪波納。
4月27日，胡馬波納率土邦軍隊1000人進攻麥克坦島，當地拉甲拉普拉普率土邦軍隊1500人迎戰，麥哲倫率60名白人武裝打頭陣。西班牙人在涉水登陸時便遭到麥克坦軍隊的反擊。西班牙人寡不敵眾，被迫後退，麥哲倫等在後麵斷後。西班牙船因水淺灘寬而無法靠近開炮助戰。皮加費塔也參加了戰鬥，臉部還中了毒箭，但仍不忘觀察。他寫道：“毛瑟槍和弩箭全無效果，因為射擊隻能穿透木盾牌和護身甲（而不能傷人）……他們認出了總司令，集中全力向他攻擊，兩次把他的頭盔打下來，但他依然支持著，和他左右的一些人繼續頑強地戰鬥……一個土著居民用標槍刺中了總司令的前額，總司令奪過了標槍，把他刺死。總司令想拔出劍來繼續應戰，可是因為右手已受了重傷，隻拔出了半截。土著人看清了這種情況，就立刻向他猛攻。其中一個砍傷了總司令的左腳，總司令一頭栽倒在地上。這時立刻有許多鐵槍和竹標槍向他投來，土著人還用大斧砍他，直到我們的指揮者——我們的靈魂，我們的光明和安慰——斷氣為止。”
麥哲倫死後，胡馬波納利用探險隊擴張的打算落了空，便轉而覬覦探險隊的船隻和貨物。麥哲倫的奴仆馬來語翻譯亨利也給他出餿主意。胡馬波納設下鴻門宴殺害了塞拉奧船長、麥哲倫的內弟巴爾波查船長和20多名船員。
5月1日，未曾赴宴和僥幸逃脫的船員立即解纜啟程，離開這危險之地。由於大量減員，探險隊在離開宿務島不久，在保和島把康塞普遜號燒掉，把物資和人員轉移到別的船上。至此，探險隊隻剩兩條船了。船隊在印尼大巽他群島一帶盲目轉悠了幾個月，先後經過棉蘭老、巴拉望、加裏曼丹、巴西蘭等島。10月底他們在菲律賓南部的薩蘭加尼島找到一個當地人當引水員，才得以駛向摩鹿加群島。此人生於香料群島的特爾納特島，還認識麥哲倫的老朋友，即在那裏當土王丞相的法蘭西斯庫·塞爾勞。可惜塞爾勞已在船隊到達前幾周被人毒死了。
11月6日，船隊終於到了盛產香料的摩鹿加群島。他們在哈馬黑拉島以西的蒂多雷島登岸。水手們用各種東西盡其可能地購買、交換香料，甚至脫下了衣服去換。島上信伊斯蘭教的統治者蘇丹也幫他們收購，互利互惠。船艙裏很快裝滿了丁香、肉荳蔻、肉桂、胡椒、生薑、香石竹等各種香料。
船隊準備啟程返航了，卻發現旗艦特立尼達號裂開一縫，嚴重漏水，隻得留下修理。50多人自願留下，打算把特立尼達號修好後經太平洋返回巴拿馬灣，以躲避印度洋、大西洋上的風浪和葡萄牙人的攔截。埃爾·卡諾船長、皮加費塔等40多人，還有10多個自願去西班牙當翻譯的摩鹿加入則選擇了乘完好的維多利亞號經印度洋、大西洋返航。埃爾·卡諾大約在1486年生於西班牙北部，係巴斯克人。在參加麥哲倫探險隊前已是船長了。在聖胡利安港的叛亂中，他曾參與了一部分活動，但得到寬恕，以後他就洗心革麵了。在到達摩鹿加群島後他被推舉為船長。埃爾·卡諾是公認的領導維多利亞號最後完成環球航行的人。12月21日，維多利亞號向特立尼達號和香料群島鳴炮告別，揚帆啟航。