地理大發現引起了人口大流動，大移民觸發了疾病大傳播、大流行，最後促進了醫學大發展。
一、梅毒的傳播與防治
梅毒是一種最為常見危害性很大的性病，由蒼內密螺旋體引起。地理大發現以前，舊大陸基本上沒有梅毒病，它主要在新大陸流行。歐洲此前沒有存在梅毒病的證據，而梅毒在美洲印第安人中以地方病的形式存在的證據是不少的。15世紀末以前美洲印第安人的遺骨中發現有密螺旋體的證據。故廣泛流傳的梅毒源自新大陸和印第安人。
哥倫布首航美洲返回後的1494年，歐洲文獻才有確定可靠的梅毒記載。梅毒首先在法國遠征那不勒斯後回國的士兵中傳染流行。印第安人的保護者拉斯·卡薩斯主教在1530年寫的《為曆史辯護》一書中明確指出，梅毒是從哥倫布首航帶回巴塞羅那的幾個印第安人身上傳播開的。因為主教多次詢問過伊斯帕尼奧拉島（海地）上的土著，知道這種病存在於新大陸由來已久。而且它傳布得非常普遍，加之中美洲暖和，以致印第安人似乎並不覺得特別痛苦。但是歐洲人很快發現這種病比較可怕，它常使患者殘廢和喪生。美國著名航海史家莫裏遜認為拉斯·卡薩斯的論斷是對的，尼尼雅號的船員首航美洲歸來時沒有染上梅毒，因為直到他們上岸那一刻大家都很健康，都能工作。倘若他們（在海地）已染上梅毒，一般不能忍受兩個月之久的困難航行而不帶任何病象。關於平塔號的情況，西班牙醫師魯伊·迪亞士（Ruy Diaz）於1539年在塞維利亞出版的論疾病的著作中寫道，除了在巴塞羅那發現了梅毒病以外，他還記得有個“帕洛斯的舵手名叫平鬆的患過梅毒，他本人（在1493年）替這個平鬆治過病”。可要注意平塔號上叫平鬆的有三人之多。船長馬丁·阿隆索·平鬆遠航歸來後不久便死去了。當然其中某一個平鬆染上梅毒是可能的，因為梅毒在海地島上感染得普遍。不過魯伊·迪亞士也承認，梅毒是從巴塞羅那傳開的。哥倫布帶回巴塞羅那的幾個印第安人很快受到當地某些婦女的親密接待，因而她們染上了梅毒。這些婦女又把病毒傳給了法國查理八世（1483-1498年在位）軍隊中的西班牙誌願軍，或者因她們隨軍出征而使梅毒傳播得更遠。由此看來，梅毒由美洲傳入歐洲的說法，可以成立。
梅毒首先傳入西班牙後，迅速在歐洲傳播開來。怎樣傳開的看法不盡一致，但大同小異。1494年秋冬，法蘭西軍、西班牙軍激烈爭奪那不勒斯。西軍中有若幹曾隨哥倫布遠航過的士兵。據說他們在西印度群島得了一種怪病。患病西軍把梅毒傳給了那不勒斯婦女。那不勒斯於1495年2月被法軍攻占後，當地婦女又將這種病傳給了法軍。半年多以後，法軍因患此病者眾而撤守回國。於是三年內，梅毒就在法蘭西、德意誌、瑞士、荷蘭、匈牙利和俄羅斯爆發。探險家、殖民者、十字軍等又把這種病一路帶往印度、中國、日本、北非。到1520年，歐洲人普遍相信梅毒源自美洲。
梅毒這種新病傳入比較發達的文明地區（西班牙殖民者、移民在西印度也有感染此病的），於是促使人們研究它，認識它，並戰勝它。意大利費拉拉醫師朗尼哥（Longo）於1497年在威尼斯出版了他的小冊子《論所謂法國病之流行》，這是最早論述梅毒病的醫著。其中講了梅毒的臨床症狀，梅毒患者的屍體解剖。愈創樹（Guaia-cum）是地理大發現時代前半期的“神藥”，由於它對梅毒有點療效而很快風靡全歐。愈創樹產自美洲，和梅毒來源地相同。這正應了一句流行的希伯來箴言：神在任何疾病的發源地，必定會提供這種病的治療方法。愈創木用於煎熬湯藥內服和外部擦洗。西班牙從1508年起便從美洲輸入愈創樹脂。德國著名騎士改革家封·胡登曾在1517年推薦用愈創樹脂治這種病。到1540年，法國的帕雷已研究了梅毒的遺傳性。此外，16世紀歐洲也用鐮形膠樹（Lig-num Vitae，愈創木屬）治療。而這些偏方都是從印第安人處學來的。16世紀20年代起歐洲發展起水銀療法，即用滾燙的水銀膏塗抹膿皰，並把病人送進一個特製的煤火爐中熏蒸。病人在熏蒸中不斷敷於新毛巾。這種火爐是密閉的，以免患部接觸新鮮空氣。一些體質差的病人因此而死於窒息或心髒衰竭。到40年代又開始了內服汞。
梅毒流行後，人們很快（1500年後）注意到它的性接觸傳染性，於是把它稱為“愛疫”（Disease of love），如同今天我們曾把獲得性免疫缺陷綜合症稱為“愛之病”（Aids）一樣。又曾把它稱作“大痘”（Grand pox）。最多的命名法為國家（民族）、地區加病（瘡），以表明哪裏是梅毒病的罪魁。歐洲人互相埋怨，於是有那不勒斯病、法國病、高盧病、西班牙瘡、波蘭瘡、日耳曼瘡、土耳其瘡等叫法。1530年，意大利威羅那的醫師法拉卡斯托留斯出版了一冊醫學詩，題為《西菲勒斯或高盧病》（Syphilis sive Morbus Gallicus）。詩中詠歎道：希臘神話中的牧羊英雄，底比斯王後尼俄伯的兒子西菲勒斯因觸怒了太陽神阿波羅而受到懲罰，成了最早感染梅毒的人。這冊詩消弭了歐洲國家間的爭吵，此後，梅毒一名漸漸統一為西菲勒斯（Syphilis）。
梅毒的流行還影響了社會生活。中世紀歐洲的浴室業比較發達，1489年德國南部小城烏爾姆就有168家。梅毒傳開後，澡堂業嚴重衰落，官方也出麵強令一些帶有妓院色彩的澡堂關閉。
達·伽馬船隊在1498年把這一傳染病傳到南亞，不久又傳到東亞，早在1512年日本就有兩例梅毒病爆發，那裏把它叫作Nam-banniassa，即葡萄牙病。
16世紀以前，中國沒有梅毒，還是淨土。大約16世紀伊始，梅毒傳入我國廣東。明中葉俞弁（長洲人）的《續醫說》記載：“弘治末年（最後一年為1505年），民間患惡瘡，自廣東人始，吳人不識，呼為廣瘡；又以其形似，呼之楊梅瘡。”傳說當時的最高統治者正德帝（明武宗，1506-1521年在位）就染上了此病（清同治帝載淳確係患此病而死，蔣介石也患過此病）。可見該病在16-20世紀上半葉非常流行。梅毒病在明代出版的許多醫書中都有記載，而在汪機的《外科理例》，陳司成的《黴瘡秘錄》中論治頗詳。汪陳二氏堪稱當時醫治梅毒的專家。而《外科理例》（撰於1531年）對梅毒病的論治尤有獨到之處，所應用的方劑分內服、外用及善後三類，所主張的辯證施治方法，為後人治療梅毒打下了良好的基礎。汪機並報告了此病可由男女同床或同廁傳染。大醫藥學家李時珍對梅毒也有研究，他說：“近時弘治、正德間，因楊梅瘡盛行，率用輕粉藥取效……近有好淫之人，多病楊梅毒瘡。藥用輕粉，愈而複發……楊梅瘡古方不載，亦無病者。近時起於嶺南，傳及四方……男女淫猥……遂致互相傳染，自南而北，遍及海宇，然皆淫邪之人病之。”作為醫藥學家，李時珍也搜集、整理、研製、設計了不少治療梅毒的方劑，載入他的不朽巨著《本草綱目》中。共中已有了治療該病的主藥汞劑、砷劑等；有了內服、外熏法。
陳司成則是明後葉集梅毒病防治醫學之大成者。他16、17世紀之交在閩粵行醫、正值梅毒流行。民間叫“廣瘡”、“廣東瘡”、“楊梅瘡”。司成目睹梅毒患者的種種痛苦和梅毒對人們的嚴重威脅（包括殘廢和死亡），乃潛心鑽研，寫成《黴瘡秘錄》（他稱之為黴瘡）這本梅毒病專著，後於1632年刊行問世。他也指出：“黴瘡一症，古未言及，究其根源，始於午會之末，起自嶺南之地。致使蔓延通國，流禍甚廣。”陳司成主張采用汞劑和砷劑來治療。書中還有關於生生乳、金頂砒（砷）、汞（水銀）劑製作方法和應用方法的記述。他還指出此病伴有遺傳性，並報告了各期梅毒的病例和先天梅毒。《黴瘡秘錄》是我國第一部有關梅毒的醫學專著，在治療上重視主藥砷劑（砒霜）。該書曾流行於日本，深受日本人重視。
二、金雞納與瘧疾相克
在比較常見危害性較大的傳染病中，美洲隻向全世界輸出了梅毒，卻被傳入了許多重要的疾病。此外，它還向全人類貢獻了治瘧特效藥金雞納霜。
瘧疾是一種常見的危害性較大的急性傳染病。病原體是瘧原蟲，傳染媒介是瘧蚊屬蚊子（按蚊）。瘧疾是人類最早知道的傳染病之一。公元前5世紀希臘的希波克拉底已注意到瘧疾有不同的熱型，並知有日發瘧、間日瘧和三日瘧。其他古代學者則懷疑它是沼澤地瘴氣引起的間歇性發燒。羅馬時代的學者認識到排幹積水有時能控製間歇熱。印度古籍《妙聞集》（susruta，5世紀前成書）則已提到了蚊子與瘧疾的關係。中世紀的意大利人們卻把該病歸咎於有害的空氣。在地理大發現以前，對瘧疾的治療沒有很好的辦法和藥物。
地理大發現以前，美洲有無瘧疾很難確定。歐美新航路開辟後，一般認為瘧疾很快隨冒險家們傳入新大陸。瘧疾的危害迫使印第安人摸索防治的辦法，尋找治療的藥物。勤勞、智慧的印第安人終於在南美安第斯山區發現一類樹（今叫金雞納屬樹），用它的樹皮熬藥湯內服或磨成藥粉內服能非常有效地的退燒抗病殺瘧（19世紀時才查證出了罪魁瘧原蟲）。秘魯印第安人還把它炮製成成藥“秘魯膏”。據說秘魯的西班牙總督的夫人金瓊（Chinchon）女伯爵1630年在利馬逗留時染上了瘧疾。她的保健醫生卡尼薩雷斯用秘魯土著進獻的“熱病樹皮”才治愈了她。於是女伯爵把這種藥物傳入歐洲。該藥後來由大植物學家林耐（1717-1783）正式命名為金雞納（cinchona），以紀念女伯爵。盡管一些學者對這種說法提出了質疑，但在美洲的歐洲人確於17世紀30年代知道了並應用了此藥。40年代初它傳入歐洲。秘魯異教徒發現的熱病樹皮對治療瘧疾有驚人的奇效，致使歐洲的體液派醫師自愧弗如，感到無用武之地。這個學派以前一直認為，隻有排除不健康的致病的體液才能治愈瘧疾，為此必須讓病人嘔吐、排尿或出汗。