《國家突發公共事件總體應急預案》，是在認真總結我國實踐經驗和借鑒國外有益做法的基礎上，經過集思廣益，注重結合實踐而形成的，是一次按照依法行政要求，實現決策科學化、民主化的偉大實踐。
2003年春夏之交，我國部分地區經曆了嚴重的非典型性肺炎的襲擊。疫情過後，人們痛定思痛，更加清楚地看到我國政府公共事件處置能力的低下和應急機製的缺陷。正如胡錦濤總書記在“全國防治非典工作會議”上所深刻指出的：“我國突發事件應急機製不健全，處理和管理危機能力不強；一些地方和部門缺乏應對突發事件的準備和能力。我們要高度重視存在的問題，采取切實措施加以解決。”
2003年10月，黨的十六屆三中全會向全黨和各級政府提出了“提高公共衛生服務水平和突發性公共衛生事件應急能力”的要求。一年後，黨的十六屆四中全會進一步明確作出了“要建立健全社會預警體係，形成統一指揮、功能齊全、反應靈敏、運轉高效的應急機製，提高保障公共安全和處置突發事件的能力”的具體部署。
在此期間，我國部分地區頻繁發生的各類突發性公共事件，更加凸顯出製定《國家突發公共事件總體應急預案》的急迫性。麵對煤礦重、特大安全事故多發的嚴峻局麵，國務院多次召開常務會議和專題會議，研究部署了一係列政策措施，提出必須堅持標本兼治，要從健全法律法規、改革體製機製、完善經濟政策、增加安全投入、嚴格責任管理著眼，建立源頭治本、政策治本的長效機製。2005年11月，吉林石化廠的爆炸，造成鬆花江水體嚴重汙染，給沿岸人民生產、生活帶來極大影響事件發生，國務院總理溫家寶來到哈爾濱察看鬆花江水體汙染情況，他要求，沿江地方各級政府和國家有關部門對鬆花江水體汙染事件一定要高度重視，周密細致地做好工作，切實做好水汙染的善後工作。對汙水流過的地方要進行環境質量評估，采取措施徹底清除汙染物，不留隱患。要及早研究解決水體汙染可能對江水造成的影響，研究治汙的根本之策，所有這些，都為編製《國家突發公共事件總體應急預案》提供了思想資料和實踐依據。
按照黨中央、國務院的決策部署，全國的突發公共事件應急預案編製工作有條不紊地展開。2005年1月，《國家突發公共事件總體應急預案》經國務院常務會議討論通過；2005年2月，中央政治局常委會聽取並原則同意國務院關於國家突發公共事件應急預案編製工作的報告；2005年4月，國務院作出關於實施國家突發公共事件總體應急預案的決定；2005年5月至6月，國務院印發四大類25件專項應急預案，80件部門預案和省級總體應急預案也相繼發布。至此，我國應急預案框架體係初步形成。