約拿自己也領悟到，這是上帝的旨意，他甘心情願接受懲罰。可是，當他被拋入海中時，上帝指令一條大魚將他吞進腹中，他在魚腹裏待了三天三夜。他終於明白了，上帝是躲避不了的。於是，他在魚腹中向上帝祈禱，懺悔自己的錯誤：“上帝啊！在我遭遇危難之時，我在陰間的深處向你呼求，你就俯聽我的聲音吧。在我的靈魂即將消失時，我想念永生的上帝，願我的禱告進入你至高無上的殿堂，呈現在你的麵前，我必用感激的聲音獻祭予你。我所許的願，我必償還，乞求上帝施恩。”
上帝聽到約拿的懺悔禱告，又令大魚遊出水麵，將約拿吐到岸上。他第二次向約拿發話：“你起來，去到尼尼微城，向城裏居民宣告我的旨意。”
這一次，約拿再也不敢怠慢，急忙遵照上帝的指示，走了三天路程，才趕到尼尼微城。這是一座大城，他用整整一天的時間，到處奔走，呼號預言：“尼尼微人犯了大罪，上帝警告你們，如若再不悔改，等到40天一過，尼尼微必將毀滅。”
上帝的警告、先知的預言震驚全城，居民們畏懼開天辟地的上帝，相信約拿傳達的神旨，他們自發地宣告：從最老的到最小的，一律穿上麻衣，以示哀求；潔身禁食，以示懺悔。
尼尼微王聽到這一消息，帶頭懺悔，他從國王的寶座上走下來，脫了朝服，換上麻衣，坐在灰中，通令全國：要求國民們從此改邪歸正，遠離惡行，丟棄強暴。他說：“我們隻有真心實意痛改前非，或許可以平息上帝的憤怒，旨外施恩，挽救我族性命。”
上帝聽到尼尼微國王和城民懺悔的禱告，觀察了他們懺悔的行為，認為他們已經信服了先知約拿的預言，聽從了他的警告，決定寬恕他們，並且許諾他們，不再按約拿傳達的旨意，懲罰降罪他們了。
約拿心中大大不悅，特別惱怒的是，上帝果真如他預料的那樣，原諒了敵國的罪惡，自己說的話落空，沒有應驗。便生氣地禱告上帝：“上帝啊，我當初就是這麼想的，我知道你是慈愛的，有憐憫之心的神，不輕易發怒，也不輕易降災予人，所以我不想接受你的任務，急忙逃往他施躲避你，如今，果真如此，我求你讓我死吧，因為我覺得活著比死了還難受。”
上帝說：“你發這麼大的脾氣，合乎情理嗎？”約拿怎麼也想不通，他在城東邊搭了一座棚子，坐在棚子下，無所事事地觀望著城中來來往往的人群和他們相互交易的情景。
上帝見了，知道約拿心中的怨氣和不滿，便有意在約拿麵前安排了一棵蓖麻樹，讓它長得高過約拿的棚子，為他遮蓋火熱的日頭，送他一片陰涼。第二天清晨，上帝又故意安排一條蟲子，咬壞這棵蓖麻樹，使之幹枯，待太陽出來，上帝又吹來一陣灼熱的風。約拿的棚子在烈日、熱風的蒸烤下，火燒火炙，使約拿熱得七竅冒煙，頭昏眼花，他懷念那棵為他遮陰擋陽的蓖麻樹，十分惋惜它短促的生命。他心中煩惱不堪，又向上帝求死說：“上帝啊！你讓我死吧，死了比活著還好。”
上帝說：“約拿，你僅僅因為這棵小小的蓖麻樹發脾氣，合乎情理嗎？”
約拿回答說：“我發怒，以至求死，都是合乎情理的。”
上帝說：“這棵蓖麻樹又不是你栽種的，也不是你培育的，一夜生長，一夜幹枯，你尚且這般愛惜，這麼大個尼尼微城，城中那麼多人，還有許多牲畜，我豈能不愛惜呢？”