這一時期由於聚斂的民財較多，朱祁鎮把營建重點放在禦苑方麵，前期修建了玉熙宮、大光明殿，後期則重建了南內（在今南河沿、南池子一帶）。而南內在之後的嘉靖、萬曆兩朝改建頻繁。
第三時期——嘉靖擴建時期
嘉靖朝是明代全盛時期，嘉靖皇帝在位達45年之久。這一時期中國出現資本主義萌芽，在北京前三門外形成了繁盛的商業區，京都居民越來越稠密。出於治安上的需要，朝廷於1544年（嘉靖二十三年）動工加築外羅城，但由於工程浩大，最終隻築成“包京城南麵，轉抱東、西角樓”。周長28裏，共七門，即永定門、左安門、右安門、廣渠門、廣寧門（清代改為廣安門）以及東便門、西便門。此外，還在景山西修建了一座大高玄殿。
這一時期的重點工程仍然是三大殿。這一時期的火災最多，最大的一次是1557年（嘉靖三十六年）的三殿大火。那場大火一直延燒到午門和左、右廊，導致“三殿十五門俱災”，整個外朝化為瓦礫。從此陸續重建，到1562年才重新建成。
第二次大火災發生在西宮萬壽宮，即永樂時期最早建成的西宮。起火原因是嘉靖皇帝喝醉了酒，與他寵幸的宮姬在寢室的貂帳裏放焰火，結果把西宮燒得幹幹淨淨。當時他的大臣建議他回到大內乾清宮居住，但嘉靖皇帝執意不肯，臨時遷到玉熙宮（今國家圖書分館），並要求火速重建萬壽宮，要在幾個月內完工。重修三殿的工程隻好停下來。西宮重建之後更加豪華、壯麗，成了一座自成一體的宮殿建築群。正殿是萬壽宮，後寢為壽源宮，東邊四宮是萬春、萬和、萬華、萬寧，西邊四宮為仙禧、仙樂、仙安、仙明。依然是呈三路縱列，位置大致在現在中海西側一帶。
第四時期——明末衰落時期
從萬曆朝到明代滅亡是明末衰落時期，經嘉（靖）、隆（慶）、萬（曆）的盛世後，衰敗的跡象日趨明顯。官僚集團的腐朽、宦官外戚的幹政、東北滿族的興起，各地農民起義不斷——這些都成為明朝岌岌可危的征兆。雖然明政府仍在進行無窮盡的橫征暴斂，但已無力再進行大規模的興建了。1597年（萬曆二十五年）三殿又發生了一次火災，1615年（萬曆四十三年）才開始重建，直到1627年（天啟七年）才完工。此後更是每況愈下，隻能進行小規模的維修了。萬曆、天啟年間重建的三大殿體量較永樂初建時偏低，與三台的高度有不協調之感，從現存的明初舊構太廟殿與三台的比例一望可知。這或是萬曆、天啟時人力、物力不足所致，巨大的木材不易得也是關鍵原因；再一個可能是清代康熙初年興建太和殿時營建成了現的體量。而主要建築瓊華島上的廣寒殿，在萬曆七年倒塌之後，再也無力重建了（現在的白塔是清順治朝所建）。嘉靖年間所建的西宮也已荒蕪，有的殿堂坍塌後隻餘房基。西宮的大光明殿和南內的延禧宮被燒毀後也再沒有重建。南內飛虹橋石欄損壞後，雖經補刻，也終不及原來之精巧。
（三）午門與太和門
紫禁之名來源於紫微星座，在我國古代，紫微星座被認為是帝座，而皇宮又是禁區，所以稱帝王宮殿為紫禁城，其他別墅性的皇宮禦苑則稱為離宮。千門萬戶的紫禁城，是三重城牆包圍之下的“城中之城”，外觀十分規正，完全是正式的城牆建築。大城磚、清水牆，上麵還有女兒牆垛口。所謂女兒牆，早名宇牆，就是城上加砌的矮牆。紫禁城南北長960米，東西長753米，由地麵到女兒牆高10米，底寬8.62米，上寬6.66米，其收分較小。全城麵積隻相當於一個中小縣城，豪華富麗卻達極點：首先城牆全部用磨磚對縫細砌，瓦工術語為五扒皮磚，也就是五麵砍磨。四個角樓采用的是九梁十八柱、七十二條脊的獨特建築形式。城牆四周環繞著護城河，河岸用條石砌成，稱筒子河。波光城影，莊嚴之中給人以玲瓏剔透之感。這是中國古代“城”的最高建築形式，而這座城裏隻住著一戶人家——皇帝。
紫禁城有四個城門——午門、東華門、西華門、玄武門。午門是正門，位置在紫禁城南麵城牆正中，北麵的玄武門則處在北麵城牆的正中。南北兩門正對著，與紫禁城外門端門、皇城正門天安門、京城正門正陽門、南外城正門永定門一同位於京城的南北中軸線上。午門的奇特之處在於它的正麵開了三個門洞，左右建兩翼式城牆。兩翼式城牆上還建了聯簷通脊的廊廡，每麵城牆的南北兩端又各有崇樓一座，為闕上兩觀，與午門正樓合為五座，因而人稱五鳳樓。古代建築喜歡在每座宮門前修築兩觀，“其上可居，登之則可遠觀，故謂之觀。人臣將朝，至此則思其所闕多少，故謂之闕”（見《古今注》）。所謂天闕，就是皇宮大門之意。兩觀的北端相對著各開了一個隨牆的門洞，東觀下的洞口名左掖門，西觀下的洞口為右掖門。掖門的北麵出口與午門正麵三個門洞的出口平行，所以午門的門洞從正麵看是三個洞口，從後麵看則是五個門洞。這樣處理是由於修建了東西兩觀城牆，因此不能像承天門和端門那樣，在正麵開辟五個平行的門洞，故而用左、右掖門補足。這樣既能在數量上達到五個洞口，又能在使用時符合等級製度上的要求。整個午門城台猶如一個U字形，在外觀上顯得靈活而不呆板。
午門門樓高達35米。建築麵積為6583平方米。從古代建築角度看，午門城闕是唐宋以來後宮正門形式的延續，兩翼合抱，是出自對更加嚴密的防禦的需要，也是為了突出皇宮的尊嚴。進入承天門以後，又經一道端門，沿路夾道兩旁都是較低的朝房，到午門前才出現一個豁然開朗的空間。三麵包圍的封閉性的廣場顯得城樓格外莊嚴和高大，門禁也更加森嚴。皇宮的正門因此比其他城門顯出更為高貴和尊嚴的氣勢。