農民起義的烈火燒得貴族老爺們坐立不安。在莫斯科過慣了花天酒地生活的貴族老爺們日夜提心吊膽，擔心死而複生的“彼得三世”殺到莫斯科。盡管政府派出許多密探，在莫斯科酒館就餐的老百姓仍然為“彼得三世”的健康幹杯，這更增加了貴族老爺們的恐懼。政府加強了莫斯科的防衛：宣布戒嚴，加強巡邏，增派部隊，在政府機關建築物上安置大炮。據說，葉卡特琳娜二世甚至準備把宮廷遷往裏加。為了集中兵力盡快鎮壓起義，沙皇政府結束了對土耳其的戰爭。女沙皇任命其愛將彼得·帕尼為兵馬大元帥，調撥7個團3個營的步兵、9個輕野戰隊、18個警備營、4個頓河哥薩克團、1000名烏克蘭哥薩克的龐大軍隊去鎮壓起義。她在寫給帕尼的信中不無感歎地說道：“我們派了這麼多軍隊去打盜匪，這些軍隊幾乎能使鄰國為之震驚啊！”不僅如此，她還懸賞2.8萬盧布捉拿“彼得三世”，並命剛從對土耳其作戰凱旋的傑出將領蘇沃洛夫親自率軍輕裝奔襲，捉拿普加喬夫。
1774年8月17日，普加喬夫起義軍占領了伏爾加河哥薩克軍區的中心杜博夫卡。三天後普加喬夫率8000名主力軍直趨察裏津，向這座伏爾加河要塞發起了進攻。戰鬥正酣時俄追兵襲來，普加喬夫被迫下令撤出戰鬥轉移。8月24日，普加喬夫近萬名主力軍同俄軍在黑雅爾附近的薩爾尼科夫漁場激戰，起義軍慘敗，遺屍2000具，被俘6000人。這是普加喬夫起義軍進行的最後一次大戰，也是所遭受的最後一次慘敗。
之後普加喬夫率幾百殘餘部隊向起義發生地雅伊克地區轉移。不幸的是途中突然內部生變，9月9日，幾個變節的雅伊克哥薩克乘其晚上睡覺不備時把他抓了起來，送交了官府。9月21日，普加喬夫被裝在一個特別的籠子裏，在兩個步兵連、200名哥薩克和兩門大炮的押送下前往辛比爾斯克，11月押送到莫斯科。經過多次秘密審訊和三次公開審訊，1775年1月9日，他被判處磔刑——四馬分屍，然後斬首。1月10日，普加喬夫在莫斯科被處死。女沙皇為了顯示她的開明和人道，特意開恩先割了普加喬夫的首級，然後撕裂了他的肢體。
普加喬夫被處死了，他的戰友也不能幸免，他們有的被四馬分屍，有的被絞死，有的被剝皮，有的被割掉鼻子，然後送去服苦役。伏爾加河漂浮著木排，上麵放著絞刑架，吊著一具具起義者的屍首。普加喬夫的家被摧毀，他的兩個妻子、三個孩子都被關入監獄，連他的出生地齊莫維伊斯克鎮也被改了名，改為波將金鎮。此外，沙皇政府還把雅伊克哥薩克改名為烏拉爾哥薩克，雅伊克河改名為烏拉爾河，完全廢除了頓河哥薩克的自治，解散了第聶伯河東岸烏克蘭地區的哥薩克軍團。
普加喬夫起義失敗了，但它掀起的巨浪狂瀾永遠為後世革命者所讚頌，也使以沙皇為首的俄國貴族地主階級一想起它就發抖戰栗。
五、十二月黨人：貴族造反了
普加喬夫起義被鎮壓後，葉卡特琳娜二世很快放棄了她的“開明專製”，采取了許多措施，以加強貴族地主階級的統治，維護貴族地主的特權利益。
她進行了從地方到中央的行政改革。取消了從前省、州、縣的三級管理體製，改為省、縣兩級管理體製。把全國劃分成50個省，省下直接置縣。省、縣的設置不是根據地理條件和曆史特點，而是根據人口劃分，每省約30萬至40萬人，每縣約2萬至3萬人。省行政長官由沙皇直接任命，縣行政長官為縣警察局長，他同時掌管行政和警察職權，由貴族選舉產生。城市為獨立的行政單位，一般城市的行政長官由商人和市民選舉產生。同時，每2—3個省沙皇任命一名總督管理，總督實際上是沙皇的代表，掌管當地軍政事務，擁有極大權力。對於中央政權，她逐步撤銷了手工工場、理財、礦務、司法等委員會，將其職能下放給省的署和廳，加強外交、陸軍、海軍三個委員會的權力。削弱參政院的作用，沙皇拋開參政院，通過總檢察官直接聽取彙報和傳達聖諭。
她加強對少數民族地區和新征服地區的控製，撤銷那裏的自治，實行行省製度，委派俄羅斯貴族擔任總督、省長等要職，強製推行俄羅斯化。如在烏克蘭，她強製烏克蘭人民學習俄語，把俄語定為官方語言，學校、教會隻能用俄語進行教學、祈禱，書籍隻能用俄語出版。烏克蘭本民族語言則被降為次等語言。