鴉片戰爭和太平天國運動使王氏商賈貿易嚴重受挫，損失慘重。
鹹豐三年（1853年），太平軍攻陷揚州，時任兩淮鹽運使經曆“熟於鹺務”（即鹽務）、上司多“依賴”的靜升王氏二十一世王鴻漸城破被俘遇害。鹹豐四年（1854年）二月，投幕山東陽穀縣的王氏二十世王奎聚，深得知縣文公器重，同縣尉徐公守城，有人以“未嚐食祿”（不是國家正式官員）勸他逃遁，他以族祖王如玉戰死金川為例，誓死守城，一介書生“仗劍登陴，指揮守禦”，終以寡不敵眾與文知縣、徐縣尉同時被害。緊接著太平軍與清軍的拉鋸戰使兩淮地區“江路不通”，“商賈流離”，店鋪商號蕩然無存，王氏設在南方的商業自然在劫難逃。僥幸逃歸故裏的也偃旗息鼓，靜等時局安穩再操舊業。因之到鹹豐十一年（1861年）本無災荒的靜升，卻因“商多失業，人乏力以資生”，得知縣秦文源批準於是開村中義倉放賑。太平天國失敗之後，王鴻漸支係雖繼續在南方推進商業貿易活動，然已是強弩之末了。
同治六年（1867年）當欽差大臣左宗棠率軍西進陝西甘肅剿滅撚軍與平叛回民之亂時，王奎聚的子侄及族人、鄉人利用元氣尚未大傷的西北王氏商家為依托，取得寧夏將軍穆圖善和欽差大臣左宗棠的信任，被委以重任。據光緒版《靈石縣誌》載其時有：王家驥，陝西全境肅清案內蒙欽差左（宗棠）以籌運出力，保舉賞戴藍翎五品銜；王鴻翔谘陝甘總督部堂穆（圖善）保舉賞戴藍翎，欽差大臣左宗棠以陝西肅清案內籌運出力保加五品銜澤州糧台，捐輸糧石議敘鹽運司運同，又蒙二品頂戴按察使銜黃保換花翎鹽運使銜。
當時在陝西任職的靈石官員有：祁從智，陝西郃陽縣知縣，加同知銜；餘銘恩，任陝西郃陽、米脂兩縣知縣；王鴻翱，陝西沔縣典史；梁敬和，陝西山陽縣典史；張體倫，陝西富平縣丞，保舉知縣；陳聯魁，陝西城固縣典史，升用縣丞；杜翊唐，陝甘靖邊縣、正寧縣典史。
他們密切合作，為徹底鎮壓撚軍和肅清陝甘回民之亂，打通從內地到新疆的通道，收複新疆，鞏固西北邊防走出了第一步。
光緒元年（1875年）清政府任命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務，以抵禦英、俄及其走狗阿古柏的侵略，收複新疆。光緒二年（1876年）欽差大臣左宗棠從蘭州出發率兵80萬進入新疆，其時上述人等乃各司其職服務西征，又有王鴻遠為左宗棠“委督辦西征官錢局”，向外國銀行借貸一百二十三萬外彙以助軍需。王鴻儒為藩憲林委辦甘肅後路糧台，為左宗棠西征軍采用一切軍裝軍糧。光緒三年（1877年）十一月二十九日新疆全境除伊犁外全部收複。他們功不可沒，均有獎賞，或賞戴花翎或加官進爵。其後人有不少現仍居甘肅或留居西安。據其後人介紹，左宗棠以其侍女丫環賞王鴻遠為妻並贈聯兩副：