自從盧梭的《愛彌兒》遭受外界激烈的批評後，莫蒂埃市民對他的偏見也逐漸加深，盧梭有意前往英國。
巴黎輿論界對盧梭的攻擊使他的敵人越來越多，幸運的是他的摯友馬沙爾先生對他的支持從未改變，但不斷傳來的斥責聲卻使盧梭覺得自己有必要出麵表白立場，以應付未來可能出現的危急情況。1763年底，他寫信給普魯士國王腓特烈二世，信中毫不隱瞞地表明了他的立場：
陛下！我曾在您背後說過你的壞話，我可能還會如此做。但是，被法國、瑞士驅逐的我到了貴地接受您的庇護。陛下！我並沒有權利接受您的恩典，而且我也不想要求任何恩典。但是，我覺得此時向您作出聲明是我的責任，我在您的管轄之下，您可隨時處置我。
與此同時，歐洲讀者的來信也在不斷地寄來，貴婦人、年輕人以及哲學家們紛紛來信表達他們對盧梭的支持，這些信件使盧梭受到很大的鼓舞。不過，真正給予他精神上最大支持的還是馬沙爾先生，與馬沙爾的相處使盧梭忘卻了外界的混亂和騷擾。
普魯士國王十分尊重盧梭，經常派人給他送來麵粉、酒和各種食物。盧梭的自尊心讓他感到猶豫，是否應該接受這些恩惠呢？盧梭在寫給普魯士國王的信中充分表現了他的自尊：
感謝您賜給我的這些食物，但是我覺得您境內的許多子民都需要食物。請您把它們拿走，送給真正需要它們的人吧。另外，我能否提醒您，我的陛下，您應該愛您的每一個子民。如果這樣，我為您捐軀亦在所不辭。
普魯士國王接受了盧梭的勸告，變得樂善好施，普魯士境內人民的生活改善了許多。
莫蒂埃教會不久也將《愛彌兒》和《社會契約論》列為禁書，不準發行。教會認為《愛彌兒》是異端邪說，《社會契約論》是在煽動革命。盧梭的民主思想在他們眼中是瘋狂的思想。一個社會如果建立民主政體，那麼貴族階級的特權何在？難道貴族需要接受人民的意誌嗎？盧梭的社會改良思想雖然也影響了其他哲學家，但鑒於社會大環境的影響，他們的努力並沒有發生效用，其中有些人竟被處以極刑。
當初的《論人類不平等的起源》已使盧梭身處困境，遭受詆毀。現在《愛彌爾》和《社會契約論》遭禁，盧梭更陷入了被抨擊的旋渦之中。盧梭心中期望的寧靜無法獲得，雖然他在青年時期與華倫夫人有過安詳、平和的相聚時刻，但如今都已成為過眼煙雲，不可複得。外界的騷擾使得盧梭不能安心工作，他開始做一些手工勞動，比如編織腰帶，織好的成品就分贈給鄰居。
這時，盧梭還與巴黎教皇進行了激烈的辯論。畢蒙教皇抨擊盧梭為假道學，說他是一個自認為學識豐富，卻誤入歧途的人；一個在思想及行為上充滿矛盾的人；一個用繁複的思想來曲解道德的人；一個自稱熱愛基督卻一味標新立異的人；一個自誇、熱愛隱居而又借此吸引世人注意的人；一個泯滅讀者道德觀念的人；一個主張人類社會的不平等又欲將人類貶低到禽獸地步的人。此外，教皇批評盧梭最嚴重的一點是，指控盧梭散布色情。這真是無稽之談！
盧梭聽到這些誹謗後，決定奮起反駁，不過他覺得自己的反駁必須謹言慎行，因為這將影響世人對這位道德領導者的印象。盧梭在心力交瘁下，發表了他的《致畢蒙教皇書》。在這篇文章中，盧梭闡述了自己的觀點，文章的措辭平實、不做作，與他日後撰寫的《懺悔錄》頗有些類似之處。在文章中，盧梭說：
閣下，我何必要對你多費唇舌呢？我們如何才能彼此了解？我們倆之間有什麼誤解嗎？我答複你，實在是因為你的逼迫使我不得不這麼做。
我天生具有一種稟賦，這已經得到了大眾的證實，我的青年時代是在快樂中度過的，沒人認識我。到了40歲，我雖然沒有財富，但我擁有朋友和平靜，然而公眾對我的斥責卻一直不斷，甚至裁決我的罪狀。我盡力反駁，卻於事無補，我的事業就此中斷，朋友和安寧也因此離我而去，我必須忍痛接受這樣的事實。
我寫過各種題材的書和文章，我一直保持著我的原則、我的道德觀、我的信仰以及戒律。而他們一味反對我的觀點，也反對我本人。我的第一篇論文發表時，他們視我為一個矛盾者；我的歌劇問世後，他們視我為國家的敵人，甚至是叛國賊；《論人類不平等的起源》之後，我又被視做一個無神論者，一個厭惡人類的人；《新愛洛綺絲》之後呢，我被視做一個溫柔老實的人；現在，我在他們眼中又成了一個頑固、褻瀆神靈的人！
盧梭這篇《致畢蒙教皇書》總共有150多頁，他毫無保留地述說他的宗教觀以及道德觀，他的筆觸中帶著強烈的感傷。他還在其中表達了自己的宗教信仰：