唐貞元十二年（786年），卦山天寧寺尼師希有發願助修華嚴九會功德主。
貞元十六年（800年），天寧寺擴建工程主持者道融禪師，俗姓元，陝西鳳翔人。碑文中說他“心學龍樹，德邁天親”，“轉龍藏則唯精唯勤，一句一拜。其安禪也，情無散亂；其得定也，身不動搖。”是一位德行圓滿的高僧。
金末元初，天寧寺第21代住持虛己長老請到元朝開國宰相耶律楚材（1190—1244年）為功德主。他還“槌拂”啟導玄中寺和尚惠信（1194—1278年），改革已經衰微的律宗門派，將玄中寺納入南禪曹洞宗，實施“禪淨合流”。並請得元朝中書左右丞耶律楚材、粘合重山支持，使五百年一貫律宗的玄中寺“革律為禪”，轉為曹洞宗叢林。虛己的弟子元臻禪師（1226—1303？年）也是一位很有成就的高僧。他是交城縣人，俗姓呂，10歲時剃度出家，在太原廣化寺受戒。因深通佛學，取得太原路都僧錄度牒，擔任天寧寺首座。元延祐、至元（1314—1340年）年間，第23代住持海偉主寺，住寺僧眾多達四五十人。
明代開國，由於社會相對穩定和統治者的支持，天寧寺香火久盛不衰。永樂十六年（1418年）住持寶緣（第30代）圓寂，曾在洪武年擔任過住持的監寺僧無暇環禪師懇請交城縣僧會（掌管全縣佛教）法雲禪師繼任住持。法雲是出自太原崇善寺的高僧，俗姓張，名福才，交城縣人。生於元至正二十六年（1366年），10歲時在玄中寺出家。明洪武十七年（1384年），選入晉王朱（明太祖朱元璋第三子）為紀念其母高皇後而建的崇善寺中，拜仁山大和尚為師。建文四年（1402年），“以才德舉保赴京”，授交城縣僧會。他將天寧寺歸為崇善寺下刹，並重建大雄寶殿，重塑三佛。明宣德、正統間，天寧寺遭受一場大火，“殿廡回廊，一掃蕩空”。第33代住持心印禪師（1376—？年）聞訊返寺，三經春秋，勤事募化而修複大雄寶殿。成化十一年（1475年），真寧禪師出任天寧寺第38代住持。真寧號古風，俗姓霍，臨縣太平都人，弱冠之年在天寧寺出家，拜選公（號孤峰）禪師為師。後遍曆叢林，雲遊四海，勤奮禪學，返寺後募化重建東配殿五間。第42代住持常益禪師（1456—1513年）號大千上人，太原人，早年出家，攻讀大藏經五千零四十八卷，深悟禪機。他還兼通儒學，造詣頗深，並工詩賦。與常益同時者還有常愉禪師，為性空禪師高足，交城縣人，俗姓李，“禪機深達。三空洞悟”，為眾僧所推重。正德元年（1506年）升任住持（與常悅同任），操守益固，足不染塵市數年。正德三年退居維那，募化創建千佛閣。