從上個世紀80年代起，大陸學者對《淮南子》的研究進入了廣泛而深入的研究階段，無論是專著和論文都是較為豐富而深刻。由單一分析某一思想到有比較性的分析，包括同時代以及前後相關學派或思想的各種關係，這由《淮南子》自身內容豐富且複雜的特點決定的。這在大陸和台灣都有明顯的反映。除對作者和文本的成書研究外，學者還從《淮南子》與諸子的各種關係包括思想淵源關係進行了深入而細致的研究，如與老莊、黃老學、法家、墨家、儒家以及與《呂氏春秋》、《文子》、《春秋繁露》等諸多方麵的聯係。
對《淮南子》與黃老學的關係方麵，有吳光《關於黃老學的性質問題――對〈黃老帛書〉和〈淮南子〉道氣理論的剖析》（《學術月刊》1984年第8期），黃釗《〈淮南子〉――漢初黃老之治的理論總結》（《武漢大學學報》1990年第4期），潘雨廷先生《論尚黃老與〈淮南子〉》（《道家文化研究》第1輯，1992年2月）等，一般都將《淮南子》歸為黃老學。趙吉惠先生在《〈淮南子〉與黃老之學思想體係的最後完成》（《中國哲學史研究》，1989年第2期）一文中，從《淮南子》對宇宙本原的唯物主義的解釋、對“無為而治”理論的完善化、提出轉化、微、機的辯證法概念、社會進化史觀、提倡“法寬、刑緩”和主張仁義教化，促使儒、道、法諸家的進一步結合的五個方麵說明了《淮南子》構建和完善了黃老學思想理論，以此得出《淮南子》是黃老學體係的最後完成者。
《淮南子》與儒家的關係上，有鄭良樹《〈淮南子〉對儒家的批評》（《孔孟月刊》1967年12期），陸玉林《論〈淮南鴻烈〉的道儒整合》（《中國人民大學學報》1993年2月），張運華、何慶國《〈淮南子〉儒道結合的養生論》（《吉首大學學報》1996年第3期），陳靜《論中國思想儒道互補基本格局的形成――從〈淮南子〉的雜說起》（《雲南大學學報》2004年第3期）等，其中《論〈淮南鴻烈〉的道儒整合》是從“思維框架的整合是思想體係整合的邏輯前提”的認識入手。作者認為，《淮南子》首先是將儒家的“家國同構”與道家的“自然本位”和“天人合一”思維框架進行了巧妙的整合；其次是在“邏輯結構的重建”上，一方麵對道家原有範疇的重新疏釋，其中容納了儒家思想，一方麵，“對範疇的結構加以調整”即“把儒道範疇納入一個整體之中”，最後是以現實為基礎創造出新範疇，如“因”、“勢”，從而形成了“以道為主的道儒整合型的思想體係”。而對《淮南子》易學思想的研究上，如楊默廣《對〈淮南子〉運用易學的思考》（《周易研究》1991年第2期），周立升的《〈淮南子〉的易道觀》（《道家文化研究》第2輯1992年8月），認為《淮南子》吸收了《周易》“窮道通意”的內在精神，注重把握事物功能的整體性，並進一步發揮了《周易》的“太和”摒棄了《易傳》的神秘成分，使它向著道家的思想領域拓展。
《淮南子》與墨家思想關係的研究，有陳廣忠《〈淮南子〉與墨家》（《孔子研究》1995年第2期），《從〈淮南子〉到〈太平經〉中的墨學――異端沉浮與漢代學術政治變遷》（《南都學刊》2001年第5期），鄭傑文《〈新書〉〈淮南子〉等所見西漢前期的墨學流傳――“墨學中絕”說的再檢討》（《山東大學學報》2004年第2期），多就當時的社會曆史背景分析了作為先秦顯學的墨學在漢初發展的痕跡，以及與《淮南子》的內在思想聯係。
《淮南子》與《莊子》的關係方麵，如周駿富《〈淮南子〉與〈莊子〉之關係》（《大陸雜誌》第14卷2期，1957年1月），王叔岷《〈淮南子〉與〈莊子〉》（《清華學報》第2卷1期，1960年5月），方勇《〈淮南子〉對莊子的積極闡釋》（《漳州師範學院學報》2001年第2期）等。
《淮南子》的法家思想方麵，如李增《淮南子對先秦法家之法之批判》（《大陸雜誌》第68卷4期，1984年4月），王?原《淮南子與法家的法論比較》（《台灣師大國文學報》第14期，1985年6月）段秋關《〈淮南子〉法思想初探》（《西北政法學院學報》1983年第1期），王應?《簡論〈淮南子〉的法律思想》（《法學評論》1983年第3-4期），華友根《〈淮南子〉法律思想芻議》（《學術月刊》1985年第3期），張德廣、程文琴《簡論淮南王劉安法哲學思想》（《廣西社會科學》2004年第8期）等，說明了《淮南子》對法家既有批判又有吸收。
對《淮南子》與其他曆史文獻的思想聯係上，張國華的《〈淮南鴻烈〉與〈春秋繁露〉》（陳鼓應主編《道家文化研究》第六輯，上海古籍出版社1995年版），《〈淮南子〉與〈春秋繁露〉的思想比較》（《晉陽學刊》2002年第6期），丁原明《〈淮南子〉對〈管子〉四篇哲學思想的繼承和發揮》（《管子學刊》1995年第3期）等，馬慶洲在《論〈天問〉對〈淮南子〉的影響》（《清華大學學報》2004年第3期）一文中，從二書都具有總結曆史興亡的創作意圖和由天及人的思維方式的特點，認為二者出於同一文化係統，並且從這點來說，《天問》對《淮南子》的直接影響甚於《呂氏春秋》對《淮南子》。李宗桂先生在《論〈淮南子〉與〈春秋繁露〉的思想同異》（《中國哲學史研究》1989年第4期）指出二書的共同點表現在三個方麵：“究天人”、“通古今”和“務為治”的寫作目的；承認天人相通、宣揚天人感應，尤其表現在對天人感應的分析和論證上；天人相互參照的整體的思維方式和以直觀類推建構理論體係的方法。二書相異之處是：最高範疇和思想主流的不同；體係的疏密與理論精粗的不同；在社會製度和倫理規範的建設以及對待中央和地方的不同態度方麵進行了論述。無論是縱向或是橫向間的思想分析，都能體現《淮南子》開放博大的思想觀念。而相互間的證明與分析是深入把握《淮南子》的一條重要途徑。
對《淮南子》生命觀的探討上，也有具體而微的論述，如魏敦友《生命的自我審視――〈淮南子?精神訓〉探微》（《湖北大學學報》1992年第4期），是就《精神訓》所體現出的生命意識進行了分析，認為此篇的落腳點或理論實質是從天地到性命，即最終落實到對生命的審視上來，有形與無形“都是生命本身，死亡之後，生命就與天融為一體，從而達到生命的最高存在形式”，將個體同於天地，歸於永恒，由此勘破了生死之謎。
大陸近些年就《淮南子》有關內容所作的博士論文主要有鄒麗燕《〈淮南子〉與黃老思潮》（北京大學，1994年），〔韓國〕樸勝顯《〈淮南子〉與漢初的莊學（北京大學，1999年），雷健坤《〈淮南子〉新探》（南開大學，1999年），馬慶洲《〈淮南子〉研究》（北京大學，2001年），陶磊《〈淮南子?天文〉研究：從數術史的角度》（中國社會科學院，2002年），林琳《〈黃帝內經〉與〈淮南子〉比較研究》（遼寧中醫學院，2003年），戴黍《〈淮南子〉治道思想研究》（廣州中山大學，2004年），孫紀文《淮南子研究》（福建師範大學，20004年）等，不僅有對《淮南子》本身整體思想的探究，或就其思想的某一方麵進行了深入的研究，而且有對與《淮南子》相關學術派別的思想聯係的分析，開拓了《淮南子》研究的新途徑。
總的看來，近些年對《淮南子》本身所蘊含的思想，有總體論述性的，更多的是從某一方麵單獨研究，如從自然觀、認識論、政治、軍事思想、曆史觀、美學、養生、倫理思想、文學思想等等展開了廣泛的論述。因此，盡可能挖掘《淮南子》思想的豐富資源，並注重多角度多層次探討《淮南子》具有現代價值的思想觀念，是當代學者所關注的焦點。