中國傳統哲學的思維特點具有整體性和象征性，這是由早期人類對世界多采取直觀猜測的認識方式決定的。道家之道是完整不分的，因此，由道所衍生的宇宙就具有外部的整體性和內部有機的聯係性，這種整體性是自然的但非機械性的統一體。這種整體性是由道的特性決定的，且道又包涵有具體事物的自然結構和特征。對立麵的相生相克和相濟為用維係著整體的和諧、穩定和生機，因此可以從萬物存在的相互聯係中確定每一事物的應有價值。前文所述的宇宙萬物的生成演化過程、天人感應論等可以看出《淮南子》試圖探求萬物間聯係與統一的根源，尋找貫通天地人的多重渠道。以下從天文觀、時空觀、自然觀幾個方麵說明《淮南子》整體宇宙觀的概貌。
（一）科學與迷信相伴的天文觀
《淮南子》在天體觀上所主張的是當時流行的天圓地方說。“背方州，抱圓天；和春陽夏，殺秋約冬，枕方寢繩”，“天圓地方，道在中央。日為德，月為刑。月歸而萬物死，日至而萬物生。”在《淮南子》之前流行的就是這種天體學說。道在天地之間，日賦予萬物以生命，月卻決定萬物生命的終結。日主德，月主刑，從而賦予日月以道德的屬性，《天文訓》中的尚陽思想是受陰陽五行和法家思想的影響。另外有尚天的觀念，“往古之時，四極廢，九州裂……於是女媧煉五色石以補蒼天……背方州，抱圓天，和春陽夏”，而《大戴禮?天員篇》載有：“單居離問曾子曰：‘天員而地方，誠有之乎？’曾子曰：‘如天員而地方，則是四角之不掩也。參曾聞之夫子曰天道曰員地道曰方。’”說明春秋時期既已存在這種觀念。《呂氏春秋?季春紀》卷三：“天道員，地道方，聖王法之，所以立上下。何以說天道之圓也？精氣一上一下，圓周複雜，無所稽留，故曰天道圓。何以說地道之方也？萬物殊類殊形，皆有分職，不能相為，故曰地道方。”因此，《淮南子》仍是對在其先前既已存在的天體說的繼承，隻是對此說進行了更詳細的論述。“所謂道者，體圓而法方，背陰而抱陽，左柔而右剛，履幽而戴明，變化無常，得一之原，以應無方，是謂神明。夫圓者，天也；方者，地也。天圓而無端，故不可得而觀；地方而無垠，故莫能窺其門。天化育而無形象，地生長而無計量，渾渾沉沉，孰知其藏！凡物有朕，唯道無朕。所以無朕者，以其無常形勢也。”用通常人們所認為的天地的性質說明神秘的道的某些特征，使天地與道在某些方麵具有了相通性。“我國從漢朝以來，天文學家被《周髀算經》的唯心學派所誤；相信假托周公之說的周髀，以為天圓地方……後漢到隋沒有人能夠推翻這個荒謬的理論，影響了我國天文學的進步”，因此天圓地方說不是一種科學的說法。另外，《淮南子》將空間上無法相接的天地主觀地聯係起來，試圖實現天地相應與相通。《呂氏春秋?有始覽》：“天有九野，地有九州島。”《天文訓》也有“天有九野”之句。“我國古代把天象和地麵上的一些地方相配合，這就是所謂分野的觀念……分野是把星座分配屬於各國，用來占卜這些國家的吉凶。當時出名的許多天文學家，都是擅長這種占卜的。這種迷信的占星術很能引起當時人們對星象觀測的重視，對天文學的發展是起了一些作用的。”將星象的變動與君主的性命和國家的命運緊密相連，天意就表現為天象的變動，若能明白天象，找出原委，及時更正，則天意隨之改變，試圖依此尋求天人間的必然聯係，這是早期天人關係的一種表現形式。可以說迷信與科學在人類社會早期總是相伴而生的。以二十八宿對應人間諸國，以天象的變動預示人間的吉凶，實際又是天人感應說的另一種表現。“故國危亡而天文變，世惑亂而虹?見，萬物有以相連，精?有以相蕩也。故神明之事，不可以智巧為也，不可以筋力致也”，宇宙天體運行與現實人世生活息息相關，天象的變動反映和決定著社會政權的變動，實際是主宰之天監控著人類社會行為的一種方式。天人間的關係是以人為中心所進行的觀察分析和推測，正如有的學者從信息轉換的角度所分析得出的，“中國古代學者由於偏重綜合的認識方法，偏重考察事物普遍存在的動態功能聯係，所以很早就發現，許多事物的特殊功能反應中，包藏著於人有用的有關其他事物變化狀況的消息。他們常常利用這種信息傳遞和儲存的現象，通過信宿了解信源，以間接方式觀察和推測天文、氣象、農作甚至人事的變化趨勢。古代巫師將這種認識方法與卜筮活動聯係起來，就使得龜卜的確可以獲得天意”。
先秦蓍草或棍的占卜法以及龜甲占卜法都是預卜人事的迷信做法，後走向星占術。星占主要是預卜國家大事，而在西方，受占星術的影響，斯多噶學派哲學中已有人的命運是由星辰決定的觀念。中國的“分野”說是將天上的星宿分屬對應於人間各國，以星宿的變化說明諸國的吉凶，仍是占卜迷信活動的繼續，但相對於早期甲骨占卜又有進展。說明漢代對天體運行已有很大的重視，這不僅表現在漢代已有較成熟的曆法，且對天文現象的觀測和記錄在客觀上促進了古代天文科學的發展，對確定重大曆史事件的發生時間和當時天體運行狀況有極大的幫助。但諸國疆域的變動、政權頻繁地更迭，分野說就難以自圓其說，特別是天下一統時，分野說就部分地失去了存在的基礎。《淮南子》中仍有這類曆史事件的記載。《淮南子》未有將星宿與個人命運聯係起來，但有關於國君的命運與星宿的變異，且認為國君的行為可以改變星宿的運行，產生了災難轉移說，因此雙方是一種互動的關係。而《論衡》中已有將人的命運與天的星位聯係在一起的說法：
國命係於眾星：列宿吉凶，國有禍福；眾星推移。人有盛衰……死生者，無象在天，以性為主。稟得堅強之性，則氣渥厚而體堅強；堅強則壽命長；壽命長則不夭死。秉性軟弱者，氣少泊而性羸窳；羸窳則壽命短，短則早死。故言有命；命則性也。至於富貴，所稟猶性。所稟之氣，得眾星之精；眾星在天，天有其象。得富貴象則富貴，得貧賤象則貧賤，故曰：“在天。”在天如何？天有百官，有眾星。天施氣而眾星布精；天所施氣，眾星之氣，眾星之氣，在其中矣。人稟氣而生，含氣而長，得貴則貴，得賤則賤；貴或秩有高下，富或貲有多少，皆星位尊卑小大之所授也。故天有百官，天有眾星，地有萬民五帝三王之精。天有王梁造父，人亦有之，稟受其氣，故巧於禦。
由國命推向人命，認為人的貴賤高下貧富多少是由人在天上星位的尊卑和大小所決定的，人的一切是應天之有而有的，人稟承於天的就是“性”，性又表現為氣，稟性即是稟氣，即眾星的精氣，從而將天人聯係起來。因此，王充對當時的天人感應論的批判並不徹底，他對人的貴賤貧富命運的解釋帶有濃重的神秘主義色彩，這是由當時的科學認識水平決定的。王充的星位有尊卑之分的觀念與中世紀歐洲的天體觀認為天體間具有等級性相似，這表明中西方對天體宇宙秩序的認識都帶有人間社會秩序的印跡。