國際刑事法院的管轄權是該法院受理案件的權能和效力的依據，是該法院賴以存在的基礎，是《羅馬規約》的核心內容，對《羅馬規約》的締約國具有約束力，對非締約國也有相當的影響。
國際法上通常將國家的管轄權分為屬地管轄權、屬人管轄權、保護管轄權和普遍管轄權。與之相適應，對於國際犯罪的刑事管轄原則也分為屬地管轄原則、屬人管轄原則、保護管轄原則和普遍管轄原則。其中，前三項原則在國際社會獲得普遍承認，但普遍管轄原則還未得到普遍認可，盡管越來越受到重視。
一、屬地管轄原則
屬地管轄原則也稱為領土原則。該原則以領域為標準，從維護國家領土主權原則出發，凡是發生在本國領域內的犯罪行為，不論犯罪人、被害人是本國人還是外國人，也不論犯罪行為所侵犯的是本國人的利益還是外國人的利益，都要接受本國的管轄。根據國際法公認的原則，領域包括領陸、領水和領空。此外，根據國際慣例，在本國注冊的船舶和飛行器屬於本國領域，本國駐外使領館也視為本國領域。各國的國內法對屬地原則都有明確的規定。
二、屬人管轄原則
屬人管轄原則也稱為國籍原則。該原則以人為標準，又分為主動屬人原則和被動屬人原則。主動屬人原則即犯罪嫌疑人國籍原則或被告人國籍原則。被動屬人原則即被害人國籍原則。根據主動屬人原則，凡是本國人實施的犯罪行為，不論發生在本國領域內還是本國領域外，也不論所侵犯的是本國人的利益還是外國人的利益，都要接受本國的管轄。根據被動屬人原則，凡是侵犯本國人的犯罪行為，不論其發生於何地，也不論被害人處於何地，都要接受本國的管轄。
由於對本國公民在本國領土實施的犯罪行為國家本身可以依據屬地管轄原則行使刑事管轄權，所以屬人管轄原則的規定可視為是為了解決本國公民在國外實施犯罪行為時的管轄問題。
三、保護管轄原則
保護管轄原則也稱為安全原則。該原則以保護本國根本利益為標準。凡是侵犯本國根本利益的犯罪，不論犯罪人是本國人還是外國人，也不論犯罪行為發生在本國領域內還是本國領域外，都要接受本國的管轄。該原則實際上是針對在本國領域外實施了危害本國主權和安全的外國人而言的。該原則隻有在本國實際控製犯罪嫌疑人的情況下才有可能實現。
由於屬地管轄原則和屬人管轄原則已解決了本國公民在國內或國外實施犯罪行為的管轄權問題，所以保護管轄原則主要是解決國家對外國人在外國對本國的國家利益或公民利益進行犯罪行為的管轄權問題。
四、普遍管轄原則
普遍管轄原則也稱為世界性管轄原則。該原則以維護世界和平與安全為標準，其前提是每一個國家在指控國際社會關注的特定犯罪中有利益。凡是危及世界和平與安全的嚴重國際犯罪，不論是發生在本國領域內還是本國領域外，不論是由本國人實施還是由外國人實施，也不論是否直接侵犯本國國家或國民的利益，任何一個國家都可以或必須管轄。普遍管轄原則突破了前三項原則，不要求犯罪行為必須發生在本國領域內，不要求犯罪嫌疑人、被告人或被害人必須是本國人，也不要求犯罪行為對本國安全利益直接造成威脅，隻要在本國領域內發現被指控實施了國際犯罪者，每一個國家都可以或必須對其行使管轄權。普遍管轄原則彌補了前三項原則的不足，有利於打擊嚴重的國際犯罪，但由於國家主權等因素的影響，該原則是最具爭議的一項原則，至今還未得到普遍承認。
（一）關於普遍管轄原則的國際立法與實踐
在國際法上，最早適用普遍管轄原則的犯罪行為是發生在公海上的海盜行為，海盜曾被視為全人類的公敵而受到譴責。在17世紀，海盜行為已被視為是一種國際犯罪。
1.國際立法
第二次世界大戰以後，眾多的國際公約都規定國家有義務起訴特定犯罪，但該義務並不意味著國家承擔了行使普遍管轄權的義務。例如，根據1948年《防止及懲治滅絕種族罪公約》的規定，凡犯有滅絕種族罪者，均應懲治之；締約國應確認滅絕種族行為為國際法上的一種犯罪，承允防止並懲治之；凡被訴犯滅絕種族罪者，應交由行為發生地國家的主管法院，或締約國接受其管轄權的國際刑事法庭審理之。但該公約並未規定普遍管轄的義務或者“或起訴或引渡”的義務。1949年《日內瓦四公約》為締約國規定了“或起訴或引渡”的義務，但並未明確規定締約國可以行使普遍管轄權。1949年《日內瓦四公約》規定，各國有義務搜捕被控為曾犯或曾令人犯此種嚴重破壞本公約行為之人，並應將此種人，不分國籍，送交各該國法庭。該國亦得於自願時，並依其立法之規定，將此種人送交另一有關之締約國審判，但以該締約國能指出案情顯然者為限。1977年《日內瓦四公約第一附加議定書》也為締約國規定了或起訴或引渡的義務。20世紀60年代以來的一係列反對恐怖主義的公約，如1970年《關於製止非法劫持航空器的公約》（《海牙公約》）（第7條）、1971年《關於製止危害民用航空安全的非法行為的公約》（《蒙特利爾公約》）（第7條）、1979年《反對劫持人質公約》（第8條）等都規定了該義務。
1973年《禁止並懲治種族隔離罪公約》第4條規定締約國對種族隔離罪具有普遍管轄權。但由於其締約國主要是發展中國家，該公約缺乏足夠的影響。1984年《禁止酷刑和其他殘忍、不人道或有辱人格的待遇或處罰公約》第4條要求每一締約國應保證將該公約中規定的一切酷刑行為規定為犯罪，並應根據其性質的嚴重程度加以適當懲處。該公約第5條要求每一締約國對在其管轄的任何領土內實施的、或其本國國民實施的、或針對其國民實施的犯罪，應確立管轄權；或被指控的罪犯出現在該國管轄的任何領土內，該國不按有關規定引渡時，應對罪行確立管轄權。該公約第7條要求締約國不引渡罪犯時，應將案件交由主管當局進行起訴。較之於《日內瓦四公約》，該公約明確賦予了各締約國對酷刑罪的普遍管轄權。
在1998年的羅馬會議上，大多數國家支持賦予國際刑事法院普遍管轄權，但由於美國強烈反對，最後達成了妥協。因此，《羅馬規約》既未賦予國際刑事法院普遍管轄權，也未明確要求締約國行使普遍管轄權。但《羅馬規約》序言規定的管轄權接近於普遍管轄權，《羅馬規約》規定的補充性原則為國家的普遍管轄權立法提供了一種激勵措施，一些已經批準或打算批準該規約的國家已經或將要采取立法措施，使其國內法院能夠滿足該規約規定的“補充性原則”的標準。已經采取行動的國家將在下文提及。