李申是繼任繼愈先生之後提倡“儒教是教”說的中堅力量，他的150萬字的巨著――《中國儒教史》就是對任繼愈先生這一說法的詳盡的證明，並不乏自己的發明。該書一出版就引起了學術界的注意和普遍讚揚，如郭齊勇、龔建平先生寫的《評李申著<中國儒教史>》就說該書“觀點奇特，頗具創意，理由充足，史料豐瞻……閱讀是書，感慨良多，深為作者學識之淵博、工夫之紮實、工作之勤奮而歎服。”“《儒教史》一書氣勢恢宏，視野開闊，材料豐富，分析細致，條理清晰，為我們勾勒出一幅儒教之孕育、誕生、發展和滅亡的過程……”。江秀平先生的書評也更明確地說該書“以曆史唯物主義為指導，翔實而準確的資料為依據，從全新的視角對儒教、也是對中國傳統文化進行了總體上的描繪”，“既準確地反映了作者在學術研究中的成就和貢獻，同時又集中地體現出作者嚴謹而紮實的治學方法。”“史料上的詳盡占有和正確辨別”。而這次爭鳴的發端者陳明和王健先生也正是從對該書的資料的使用、組織與論證的質疑開始的。
陳明先生在《國家級的學術豆腐渣工程――讀〈中國儒教史〉上卷有感》一文中指出了《中國儒教史》“從宏觀到微觀方麵都不顧大量反證的存在，甚至有意無意地曲解典籍，以達到自己的目的或符合其錯誤論點。其治學態度相當浮躁武斷，完全拋棄了科學理性的精神；治學方法可謂粗製濫造、遊談無根”。
他是從幾個方麵論證的：
首先，他指出《儒教史》把儒學說成是宗教的主要理由是：儒家迷信鬼神、尊崇“天”、而天和上帝是同實異名的、有個統一的至上神“太一”神、祭祀即為宗教儀式、皇帝是被神化了的教主、儒教是國教、政教一體等。這些大多能在侯外廬等人著《中國思想通史》第二卷中找到，並進行了具體指證，說明《儒教史》並沒有什麼創新。隻不過侯外廬等人的這些分析論斷出於特定的政治時代背景，而且止限於董仲舒的學說及兩漢經學。而《儒教史》作者卻把它們放大到整個儒學曆史，兼及諸子百家、科學文化。這便有本質的不同了。這“本質的不同”是什麼？這就是――
其次，作者發明了一個“上帝輸入程序說”。高論如下：
五德終始既然和四時代換一樣，是個必然的、不以人的意誌為轉移的客觀進程，由此應該作出無神論的結論。但在中國古代思想家看來，這種情況隻是上帝所作出的安排。用現代的語言加以比方，就像上帝為自然界和人類社會輸入了一種程序，自然界和人類社會就像電腦一樣自動運行起來。所以《應同》篇先說：“天必先見祥乎下民”，後又說“天為者時”。一方麵看到了客觀世界的必然，同時又認為這種情況是上帝的安排，在曆史上，我們還將不斷碰到這種情況。（上卷第79頁）
這種“上帝輸入程序說”建立起了一個把中國古代各家各派、各個時期的文化學術乃至自然科學都納入信上帝的宗教信仰範圍的方法論。《儒教史》就是這樣的“方法論”的不折不扣的實踐。對此，陳先生還具體分析了《儒教史》是如何運用這種方法的，這一“方法論”還夾雜著一個無限上綱、無限引申的錯誤觀念。“上帝輸入程序說”的方法錯在隻見樹木，不見森林，根本沒有深入到事物的本質中去。
不過，所謂“輸入程序”法還隻是《儒教史》研究方法的淺層錯誤，更深層次是被一種舶來的錯誤方法所支配。作者顯然接受了一些發生學的思想，但未學到其長處，恰恰吸收了其最糟糕、最要不得的東西，即西方人稱之為“發生論謬誤”（genetic fallacy）的東西。所謂“發生論謬誤”，指這樣的錯誤論證：因為某物現在如此這般，便斷定它先前必定已經如此這般；因為某物以前如此這般，便斷定它現在必定如此這般。例如，因為人是從某種高級類人猿進化而來的，所以現在人必定是高級類人猿。有一段作者的典型運用：
這樣，所謂黃老、道家，就不僅是現代意義上的學派的指稱，而是當時政教一體的國家用作指導的思想體係。這種思想體係也就是個政教一體的思想體係，後來張角、張魯被稱為黃老道者，他們的後繼者也被稱為黃老，正說明黃老乃是他們的起點。也就是說，黃老就是道家，黃老、道家即是道教。在古人的概念中，這三個概念是異名而同實的。把他們截然分開，是後人的過錯。（150頁）
這一段是論漢初黃老之治的。先秦道家、漢初的黃老刑名之術，與漢末興起的神仙道教其實不是一回事，怎麼就成了“異名而同實”呢？這是由於此段文章中至少包含著三種錯誤造成的。作者像套搬公式一樣運用了“發生論謬誤”，隻因黃老是道教的“起點”，便以為先秦道家必是神仙道教；與此相同，作者在前一頁說：“上古君師一體”（149頁），便以為到了後代也必然要“政教一體”。
第三，《儒教史》基本上按照發生論謬誤安排宏觀章節，敷衍其說，把儒學和古代思想文化都說成是宗教的。甚至在微觀上，完全不顧治國學所必需的重訓詁、治考據、別真偽、明寄托等基本方法，也依據發生學謬誤想當然地曲解字詞、妄釋古文。作者在上卷第10頁說：
在商周之際，天和上帝已經成了同實異名的概念，而天也就逐漸成了至上神的稱號，成了人們崇拜和國家祭祀的最高對象。人們認為，一切國家的、社會的和人生的大事，都是天在主宰著、在決定著。我們在儒經《尚書》中，在儒經《詩經》及其他著作中，都會感受到當時人們對天或上帝的尊崇和虔敬。這傳統的天或上帝，是儒教的天和上帝的前身。
姑且不論“已經成了”和“逐漸成了”之類的含糊不清罷。作者這裏要說的是“天”和“上帝”是同一個概念，是所謂“同實異名”的，顯然不正確。縱使古人有時認為天是有意誌的、有神性的，也未必就認為天是一個確定地屬於至上神的“上帝”。而且“天”與“上帝”這兩個概念在古籍的具體運用中有分有合，完全視具體情況而定，並非從始至終屬於全同關係或重合關係。
總之，《中國儒教史》作為治史的名山事業，如此從先入之見出發、以不負責任的態度對中國傳統文化肆意歪曲，進行粗俗化和妖魔化，造成很壞的影響，並不相信任繼愈先生在這本書的《序》中所說的，這樣的著作能夠“為中國宗教史的研究、中國文化史的研究提供一條新思路”、是“用馬克思主義曆史唯物主義審慎評估”的樣本。相反，《中國儒教史》恰恰代表一種學風的敗壞，是一個國家級學術研究的豆腐渣工程。
陳先生還把《中國儒教史》中述及的基本問題歸結如下幾個方麵：1.儒經不僅僅是曆史文獻。對於儒者來說，它們是永恒（經、常）的、不可改變的真理，因而是他們堅信不移的。2.儒經中的上帝鬼神信仰，就是儒者們的基本信仰。3.儒者們的重要事業，從正心修身到治國平天下，都是在上帝的名義下進行的。4.中國古代國家是政教一體的國家，從獨尊儒術開始後不久，中國古代國家的官吏主要是由儒者擔任的。並逐條進行了批評。
王健先生在《人文學術研究應有嚴謹的學理基礎――由〈中國儒教史〉想到的》一文中認為該書的立論缺乏基本的問題意識與嚴肅的學術態度，也缺乏足夠的理論準備，並指出了“立論者應該本著嚴肅性與科學性的學術態度，擺脫獨斷論的心態，使自己的思想觀點建立在堅實的學理基礎上”的問題。她指出，一本係統的思想史性的學術專著，就不能忽略人文科學研究的基本學理要求。從學術創作的嚴肅性來說，至少應該有兩方麵的理論準備。
首先，應該對與本課題直接關聯的思想觀點作基本的檢討疏理，在此基礎上，說明自己的觀點“如何可能”，並確立自己立論的經驗背景、邏輯起點、研究視角和理論模式，然後由此輻射出係統的論述網絡。有了這番工作，我們才能夠申明自己的研究實踐的必要性和合理性。讀者亦能夠憑此了解本研究主題在相關思想學術領域中的位置和價值。
具體到“儒教是宗教”的立論，有兩個觀點應該回應。其一是由“軸心期”理論所引出的對世界性文化問題的思考。具體到中國，就是春秋戰國諸子百家所代表的中國文化精神發生的“超越的突破”。對此，西方學者以猶太文明的特定模式來解釋中國的天、道、上帝，印度的梵天和佛教的“涅”，結果出現了偏差。其錯誤在於，把“超越的突破”定義為一定要肯定一個超越而外在的實體――上帝，而上帝是現實意義世界的最高或最後的評判標準。即便如此，也有許多學者把這個時期的文化變遷歸結為傳統宗教的人文化，但往往又發揮，甚至代替著宗教的文化功能宗教。對於類似的觀點，作者無論如何不能回避。因為從內在邏輯上說，對方立論的根據也正是反駁自己的隱性論據。
其二，與“軸心期”理論相關聯的“宗教性”問題。在肯定儒家的人文形態的同時，學者們並不回避儒學中的宗教內容，如儒學經典中大量包含著天命鬼神等關於彼岸世界的思想；祭天、祭祖、祭孔是在封建宗法製度下，從天子到庶民都必須共同遵守的儒家祭祀儀禮；這是一般學術流派所不具有的。針對儒家這一特點，大陸學者牟鍾鑒和張踐先生提出“宗法性傳統宗教”以區別作為獨立學術文化體係的儒學。西方也有一些學者提出儒學有“宗教性”這樣一個特點，這就拓展了對各種傳統文化，特別是儒家文化的闡釋空間，也增加了與其他文化對話的維度。堅持儒學是宗教的學者，必須正麵回應宗教性是不是足以闡明儒學所內涵的宗教內容，如果回答是否定的，一定堅持用靜態結構的宗教框架詮釋儒學，那麼也要依據邏輯與曆史相統一的原則，對儒教中的非宗教的人本思想做出解說。
但是《儒教史》作者在闡述“儒教是教”時對各種相關問題並沒有作出學理性的正確回應，大多情況下是自說自話地列舉若幹文獻資料，亦或作些簡陋的邏輯推論，以證明這是“一個曆史事實”，人們要“有勇氣去麵對真實”（參見《儒教史》序及《儒教問題爭論集》379頁）。由於沒有做出必要的理論分疏和回應，作者立論的基點就顯得狹窄單薄，通覽全書，大致可以看出作者是以一元宗教的絕對外在的上帝模式為邏輯起點的。這種簡陋的學理基礎，使得作者難以對特定曆史境遇中的儒家文化做出合理的解釋，而且時時顯露出強為之解的困窘。