這次爭論雖然是儒教問題，但是因為儒學是中國傳統文化的主體，所以就不可避免地要牽涉到對中國傳統文化整體的態度和看法。批評儒教說的學者認為從任繼愈先生的“儒教是教說”到李申先生的“中國文化宗教論”是一個不斷深化的對中國傳統文化解構和否定的過程，其結果必然走向全盤西化的道路。這樣，盡管作者聲稱是針對五四新文化運動以來“儒教非教說”而立論的，但實際上又不自覺的以西化的學術理路判釋儒教是教，進而形成對中國傳統文化的整體否定。批評者特別對李申先生在《中國儒教史》一書序言中的一段說明反應十分激烈，原話是：“中國古代文化的各個方麵，乃是一個相互關聯的整體。這個整體，有統有宗，儒教，就是整個中國古代文化的統和宗。儒教，不僅總統著一切方麵，而且把它的精神貫徹到這各個方麵之中，構成了中國古代文化的大背景，其他一切文化建樹，都須以儒教精神為出發點，也以儒教精神為歸宿。儒教，就像一棵大樹的主幹，其他方麵就像是枝葉花果。儒教主幹一麵生長著自己，一麵也把營養汁液輸送給枝葉花果；自然，一麵也從枝葉花果那裏接受滋養。因此，用任繼愈先生的話說，不弄清儒教問題，其他問題就說不清楚。隻有弄清了儒教問題，當我們在研究枝葉花果的時候，才好弄清其中所貫徹的精神，也才能正確確定儒教在中國古代文化這棵大樹上的地位，從而更加深刻地理解中國古代文化。”
鞠曦在《<中國儒教史>反思：中國文化宗教論kk兼與李申先生商榷》一文中，指出上世紀八十年代開始的改革開放帶來了中國文化的生機，中國文化何去何從，麵臨新的、艱難的選擇。對中國傳統文化的正確認識成為迫在眉睫的學術課題，在這樣的形勢下，作為中國的學者，應當以怎樣的思想理路推定中國傳統文化，推定中國文化的發展進路，已經到了承前啟後，繼往開來的關鍵時期。在《<中國儒教史>反思：必須終結的曆史kk由“科玄論戰”到“學教之辨”》一文中回顧了從“五四”來，中國文化逐步被西化的思想方法所解構，中國文化開始了空前的失落。“科玄論戰”使唯物史觀派取得意識形態的統治地位，中國文化最終被西化的思想路線所取代，退出了自己的曆史舞台。“文化大革命”不但進一步摧殘了中國文化，而且也摧殘了積澱在人們靈魂中的傳統道德。“儒教是教說”一出現，就對剛剛興起的中國文化研究潑了一盆冷水。之後，以《河殤》為代表的自由主義思潮對中國文化的否定曾風行一時；進入九十年代以來，對“國學熱”的反保守主義批判則不絕於耳。現在，當人們進入了這個企望已久的“二十一世紀是中國文化的世紀”之時，《中國儒教史》以“中國文化宗教論”的理論建構，為中國文化掘好了五、四以來最大、最深的陷阱，以把中國文化置於死地而後快。所以，他認為對其進行的反思，思考二十一世紀的中國文化所要解決的種種問題是十分必要的，是我們義不容辭的責任。
在《正本清源視域下的“儒學與宗教”之爭――與鄭家棟先生商榷》一文中，鞠曦提出了當今中國文化研究方麵存在的西化、學術體製化和“學術綜合症”問題，指出“五四”以來，受西化思想理路的嚴重影響，中國文化思想界的“精英”們力反中國文化傳統，使中國傳統文化退出了主流地位。然而，西化的思想理路卻沒有能力完全同化中國文化，實踐層麵的現當代文化成為非中非西、不倫不類的異化形態。傳統的中國文化，隻能存在於學者案頭的故紙堆中，無法成為實踐層麵的文化形態。其中雖有新儒學的頑強抗爭，然而無論在大陸還是在港台，新儒學始終無法成為中國文化的主流形式，而且在當代已經處於“花果飄零”的境地。開新儒學之先的梁漱溟先生為解決實踐層麵上的問題，雖然把解決問題理路放到了鄉村教育的實踐上，然而，由於中國當時動蕩的政治格局，使他無法實現自己的理想。大陸處於馬列主義意識形態的絕對統治之後，新儒學被剝奪了存在的合法性，隻能於國土邊緣的港台發展，而且始終不能成為文化的主導地位，隻能存在於學術共同體內。文化大革命則徹底摧毀了中國傳統文化的曆史積澱。雖然上世紀八十年代出現了中國文化的研究熱潮，然而，由於受西化思維方式的影響和學術意識形態化的體製性製約――由兩者產生的學術問題即上述“學術綜合症”，雖經過二十餘年的發展，中國文化的研究取得了一定成果，但是，由於沒有根治“學術綜合症”，產生的主流研究成果基本可劃歸兩類形態，一是西化的判釋，二是體製化的產品。兩者錯綜複雜，相互影響，使之八十年代以來的中國文化研究，不能不處於自覺或不自覺的異化狀態。我們看到，關於儒學與宗教問題的研究和討論，又一次表明了上述問題。李申先生的《中國儒教史》，由於集西化思維和體製性製約之大成，成為上世紀八十年代以來否定傳統文化的代表性作品。