張榮明先生在《儒教研究的裏程碑――<中國儒教史>評介》一文中，認為《中國儒教史》“正是由於新的學術視角和學術立場，使該書在許多學術問題上慧眼獨具，新意迭出，頗多創見”、“《中國儒教史》的學術意義遠遠超出了它所討論的學術問題本身”、“開啟了儒教研究的新紀元”，“《中國儒教史》對於儒學研究有拓新之功，為儒教研究樹立了一塊新的裏程碑”等等。其中在論到“該書的第三個特點是它的包容性和統攝性”時特別提到李申先生關於王充的研究，認為：
在許多哲學史家看來，王充、仲長統等人是典型的哲學家，而在《中國儒教史》看來，他們同樣是儒教思想家。比如王充，他認為天道自然無為，天不會事事幹涉人的活動，人也不可能以自己的行為感動天，使天降下災異。但他不反對祥瑞說，也承認讖緯和生身有命。因而，從根本上說，王充是一個儒者，不過是一個非正統的、異端的儒者而已。這樣一來，被哲學史家作為唯物主義哲學重要人物的王充，在《中國儒教史》中卻成了儒教教會的教徒。
如果隻聽張先生的一麵之詞，似乎真的是這麼回事，但是，如果讀過李申先生的《中國古代哲學和自然科學》一書，並與《中國儒教史》進行一番比較，一定會大惑不解――李申先生是憑什麼樣的“神功”從無神論向有神論的騰空跳躍過來的？盡管他在《中國古代哲學和自然科學》一書“後記”中反複強調寫本書時還沒有接受任繼愈先生的儒教說，所以是持無神論的，“本書出版至今，作者在中國傳統文化研究方麵所取得的最大進展，就是接受了任繼愈先生的儒教是教說”，所以自然就持有神論了。但他並沒有對本書的觀點“依儒教是教說”“進行修改”，原因是“作者的研究在不斷進化，而書則是曆史文獻，修改固然可以使論述更加圓滿，卻也容易消滅曆史的足跡；而保持曆史的足跡，也自有它的意義。”至於什麼意義，他沒有進一步說明。但有一點，是他特別強調的，就是“至今為止，學界還多持儒教非教說，保持書的原貌，也容易和廣大讀者的思路接軌。如果讀者能在一定程度上接受本書的結論，再來談儒教問題也為時不晚。”意思就是說，《中國古代哲學和自然科學》是他的“初級階段”，《中國儒教史》是他的“高級階段”，這中間是一個曆史過程，是一個進步過程，希望讀者在接受前者結論的基礎之上再來談後者（儒教問題），以使“思路接軌”。可惜，我頭腦愚鈍，讀了這兩本書，想了好長時間，就是不能“思路接軌”。老實說，我可以接受《中國古代哲學和自然科學》中的大部分結論（其中流露出的科學主義、知識主義的傾向我不能接受，這有可能了別處再議），但卻不能接受《中國儒教史》的主要觀點，最重要的是，我理解不了李申先生是如何從無神論向有神論的騰空跳躍過來的？
（一）李申《中國古代哲學和自然科學》中關於王充的研究
在《中國古代哲學和自然科學》一書中，李申先生對王充沒有列單章，而是在第七章《天人感應的破產以及天道自然的重新崛起》中用了相當的篇幅論述王充是如何“完成”漢代天人感應神學學說破產工作的，認為天人感應作為一種神學學說，“主要是借助了這些同類相應的自然科學知識。因此，要反駁這種神學，主要的不是去考察天是否有神性，去論證天是一個自然物，而是直接從天作為一個自然物出發，論證它是否能和人感應，從而說明它有無神性。這個任務是王充完成的。”那麼，王充是如何完成這個任務的？作者進行了具體論述，認為王充主要是利用大量漢代自然科學的材料來證明人們“視為異常”的許多“自然現象”，那些“認為是表現了某些天意的異常自然現象”，“都是自身的事情，與人事無關，也不表示什麼天意。”如水旱災害、打雷、蟲災、日食、月食等，其主要目的是為了反駁天人感應的神學學說。這些充分說明是王充的“唯物主義世界觀在其作用。這也說明，從科學的成果到哲學的結論並不完全是邏輯的結論，而是認識的飛躍。”顯然，李申先生承認王充是一位唯物主義者，是一位從“科學”“飛躍”到“哲學”的“唯物主義哲學家”。也就是說，李申先生與張榮明先生所謂的“許多哲學史家”的觀點是一致的，都認為王充是一位哲學家。
而且，李申先生對王充這位唯物主義的無神論的哲學家的理論“缺陷”也實事求是地進行了批評，認為他的“有些是理論的不徹底，如他不否認天神。《論衡?死偽》篇認為‘上帝，公神也’。《論衡?辨崇》篇認為‘天，百神主也’。此外，他還相信祥瑞等等。有些是他的理論本身所造成的。如他……相信土龍致雨。”這是由於當時自然科學水平的限製，使王充不可避免地帶有有神論的“缺陷”。但瑕不掩瑜，李申先生充分肯定了王充的曆史功績，認為王充的工作“推動了人們對自然現象認識的進步，並用這種進步對天人感應說作了決定性的一擊。”
關於王充的“天道自然”觀，李申是從先秦談起的。認為“先秦哲學最重要的遺產之一是天道自然無為。”並說：
任繼愈先生列舉大量天文學材料，說：“老子用當時天文學的知識對宇宙的奧秘進行了探索，根據天文學的知識（當時科學成就）以反對有人格的上帝支配一切……隻有掌握了當時足夠的天文學知識，才會有效地說明天變不足畏，天道不神秘，有客觀規律可循。也隻有具備了一定的天文學知識，才會使人相信天不能對人類降禍、降福（天地不仁）。有了天文學知識，就能有效地說明天象的變化，天道的運行有周期、有規律，是客觀存在的，它不以人的意誌為轉移”。（原注：任繼愈：《中國哲學史論》，上海人民出版社，1981，第227頁）。上述內容，正是老子所說的天道自然。