2001年9月11日，兩架美國聯航波音飛機先後撞進了紐約市世界貿易中心的雙子大廈，與此同時，一架自殺性飛機又撞向了美國五角大樓，並導致該大樓一角塌陷；過了一會兒，又一架飛機竟意圖明顯地向美國白宮撞去，最後墜毀，陰謀未能得逞。此次事件是人類曆史上最極端的恐怖行為。它造成了三千餘人喪生和失蹤，近400億美元巨額財產損失，引發了美國的劇烈震蕩，受到了國際社會的強烈譴責。美國當局稱，此次事件是由伊斯蘭原教旨主義極端分子恐怖大亨本·拉登策劃組織。美國因此發動了阿富汗戰爭和伊拉克戰爭。這一事件更激化了中東局勢，激化了伊斯蘭教與基督教文明之間的衝突。
“9·11”來臨得太突然、太嚴重，引起了國際社會對伊斯蘭民族極端主義和宗教恐怖主義的高度關注。事實上，在一年前的北京大學國際關係學院教師節慶祝會議上，當時的中國國務院副總理兼北京大學國際關係學院院長錢其琛就指出：民族宗教問題對冷戰後的國際關係產生了重要的影響。他說：冷戰後，宗教、民族問題突出起來。許多熱點問題差不多都與宗教、民族問題分不開。我認為，宗教、民族問題並不是新問題，是古已有之的，隻是在當前又熱起來了。有人這樣分析：曆史上宗教對國際關係的影響有過兩次高潮。第一次高潮在中世紀，伊斯蘭教興起的時候大力向外傳播，經常發動聖戰；然後基督教組織十字軍東征，從歐洲一直打到西亞。這次高潮持續了很長時間，造成了國家間關係的動蕩與戰亂。第二次高潮是近代亞非國家反殖民主義的鬥爭，借助本土國教反抗傳教的殖民主義者。而現在是第三次。波黑的衝突，在某種意義上是東正教和伊斯蘭教的鬥爭；科索沃危機的起源是東正教的塞族和穆斯林阿族的鬥爭。其他如車臣問題、東帝汶問題、斯裏蘭卡僧伽羅人和泰米爾人的內戰、中東問題、北愛爾蘭問題等等都和宗教背景有關。所以美國學者亨廷頓提出了“文明衝突論”，認為將來世界上注定會發生基督教、伊斯蘭教、儒教三大宗教、三大文明的衝突。
錢其琛在講話中還表示雖然對亨廷頓的“文明衝突論”不敢完全苟同，但還是認為亨廷頓的觀點給我們認識冷戰後的民族宗教問題的新特點是有幫助的。他說無論如何現在這個問題值得我們注意。因為它有以下幾個特點：
1.宗教經常與民族問題聯係在一起；
2.宗教自由經常與人權聯係在一起；
3.宗教經常與原教旨主義、恐怖主義聯係在一起；
4.宗教經常與國家的政局、民族的分裂或統一聯係在一起；
5.宗教的認同往往跨越了國界和民族的界限。
錢其琛還說：“這種跨越國界、民族的感情有時起的作用會相當大。宗教影響是各方麵的，我們看到印度教徒會反對美國在印度搞麥當勞快餐店。從曆史的角度看，在國際關係中，當世界局勢發生重大變化的時候，宗教的矛盾、民族的矛盾往往使得原來得到控製的、得到處理的、得到解決的問題重新爆發，宗教、民族問題會突然變得重要、敏感起來。但宗教問題就像潘多拉盒子，打開容易，關上很難，沒有一段很長的時間辦不到。再加上有的國家以宗教自由、人權等為口號幹涉別國內政，也使矛盾更加激化。經濟的貧困、政局的不穩也可以成為宗教矛盾的溫床。應該說宗教是人類社會的一個必然現象，現在經常講2000年到來了，世界新的第三個千年開始了，這就是從宗教概念上說的。因為人類社會的曆史當然不止兩千年，要長得多。人類的一切事物都會變化，都要經曆生長、發生、擴展一直到滅亡這個過程。但是相對於國家來講，宗教的曆史應該說是更長的。所以宗教問題是我們必須注意研究的一個問題。”
事實上，冷戰後民族宗教問題的複興，早在90年代初就成為中亞各國頭疼的問題了。冷戰後，在俄羅斯及中亞地區，國際恐怖主義、民族分裂主義和宗教極端主義“三種勢力”早已成為經濟發展與社會安定的重大隱患。這三股惡勢力“三位一體”，其宗旨與目標都是要推翻各國世俗政府，建立原教旨主義的伊斯蘭宗教政權。而“三種勢力”的極端形式就是暴力恐怖活動。1999年9月4日一13日，莫斯科相繼發生了地下商場、居民樓被炸等3起巨大爆炸案，有200多人被炸死，數百人受傷。2001年2月莫斯科地鐵又發生了五起炸彈案，2004年9月俄國北高加索別斯蘭布發生了綁架人質事件，300多人死於爆炸。俄警方認為，這均為車臣匪徒所為。從這三股惡勢力當前的活動情況看，他們使用爆炸、綁架、劫持、暗殺等手段，不僅把目標對準這一地區各國重要人物及執法人員，而且更多的是進行針對平民百姓的恐怖爆炸活動。
城門失火，殃及池魚。這股極端民族宗教勢力的野火，自然會燎原到中亞近鄰的中國新疆地區。總之，無論如何，亨廷頓的“文明衝突論”，從理論上給世界提了個醒。民族宗教問題也將成為21世紀中國內政外交麵臨的新課題之一。