他在商務隻是小小的股東，和這個機構的關係不過十來年，比起許多元老前輩，他不過是個後進。即便他退出，也不至於有人責備他。他上有八十歲的父母，下有抱中的幼兒。然而，經過一月二十九日徹夜苦思，他最終決定擔負起複興的責任。雖然這樣做可能陷入極度的危險中，“但是他一轉念，敵人把我打倒，我不力圖再起，這是一個怯弱者。他又念，一倒便不會翻身，適足以暴露民族的弱點，自命為文化事業的機關尚且如此，更可為民族之恥。此外他又想起，這個機關三十幾年來對於文化教育的貢獻不為不大；如果一旦消滅，而且繼起者無人，將陷讀書界於饑饉。凡此種種想念，都使他的決心益加鞏固。他明知前途很危險，但是他被戰場的血興奮了，而不覺其危險。他明知前途很困難，但是他平昔認為應付困難便是最大的興趣，解決困難也就是最優的獎勵。”
一月三十日，他給商務全體員工每人發放十元救濟金，以供兩、三日的食宿。三十日，他在商務董事會緊急會議上提出，為了不致於因債務而倒閉，謀求將來複興，隻有將上海的職工全體解雇，除還清他們在館內的存款外，依法付解雇金。經討論，董事會同意了他的提議。二月五日，董事會通告上海職工全體停職，發資遣散。在三月十六日的董事會上，他再次提出，為了挽救商務，不能不采取斷然手段，如繼續救濟商務總館職工三千七百多人，則財務負擔太重，阻礙複興，如果解雇又會引起糾紛。解雇是一個冒險但有利於公司的措施，但此外沒有更好的辦法。董事會經討論決定接納他的意見，公告已停工的職工全部解雇，引起軒然大波，他成為眾矢之的，被群起而攻之。胡適寫信給他：“南中人來，言先生鬢發皆白，而仍不見諒於人。”從三月十六日起到八月一日商務複業，半年中，他幾乎無時不受辱罵和威嚇，親友都勸他脫離商務，他認為自己問心無愧，不肯聽從勸告，對任何攻擊一概不予理會，一心撲在商務的複興計劃上。到五月九日，已有兩千九百多名職工接受他的方案，部分職工以工會或職工會被難善後委員會名義請律師準備訴訟，上海商界領袖虞洽卿、王曉籟等出麵調解，商務印書館做出讓步，再拿出三萬多元補給他們，於五月十七日晚簽訂和解合同。
八月一日商務印書館複業當天，發行所掛上了他所擬的對聯：“為國難而犧牲，為文化而奮鬥。”為了複興商務，他著力在減輕成本和積極推廣營業這兩個方麵下手。十月，他就開始籌備“大學叢書”，十月六日，《東方雜誌》將要複刊，他親自起草了簡短而有力的《卷頭語》：
誰都知道在商務印書館被毀以至複業的程途中，我至少也算是掙紮得最苦的一個人，我為什麼這般的掙紮？這或許是許多人所想知道，卻沒有知道透徹的。
為的是維持企業嗎？像商務印書館這樣企業，固然大有維持的必要；但我不過是其中一個很小的股東，而且和它的關係也不算很久。為個人計，似乎不值得這般的掙紮；為事業計，似乎也還有更值得致力的地方。
為的是維持文化嗎？過去的商務印書館，對於文化事業固然有相當的貢獻；但是可為文化致力的地方也很多，不限於一個商務印書館；似乎也不值得把它看做第二生命。
我所以不顧艱苦，不避嫌怨，力排萬難把商務印書館恢複；並沒有什麼高遠的目的，隻是為我們中國人爭一點點的氣。
十一月一日，王雲五公開宣布商務“日出新書一種”，教科書除外。從一九三四年起，確實做到了每天至少出新書一種，多則二、三種。他說：“無論怎樣無能力的人，隻要肯把全副精神應付一件事，多少總有一點的成就”。這年二月，還推出了有名的“小學生文庫”。
一九三六年是民國以來全國新出版物最多的一年，全國新出版物的總數是九千四百三十八冊，商務一家就占了四千九百三十八冊，占百分之五十二。到一九三七年三月，王雲五任商務總經理已七個年頭，曆經浩劫的商務在他手裏恢複了五百萬的舊有資本額，不僅度過了“一·二八”的危機，而且業務正蒸蒸日上，處於商務曆史上的巔峰時期。此時，他卻萌生退意，想辭去總經理的職務，專心編纂《中山大辭典》。
這一年，王雲五五十歲。無奈張元濟誠懇挽留，他決定再留一年，留意物色適當人選接替他。不料當年七月抗日戰爭全麵爆發，商務再次陷入危機，他不得繼續留下，以應付危難的時局。這一留又是整整八年。
七月十六日，王雲五上廬山參加國是座談會時，已想好了應變之策，沿途與商務各分館有所交代，回到上海與張元濟密商，沿海各地終究不保，最後還是要到內地，過渡時期可利用香港，搶救物資的暫時地點是公共租界的中區。抗戰初起，他即派人到長沙購地，準備設廠；在廬山已急電上海把部分機器、紙張運到長沙，上海的物資也緊急動員往租界集中，並著手籌劃商務的戰時體製。
上海“八一三”事變使商務的出版工作中斷，到十月一日才利用臨時工場恢複出版新書。當年十二月，上海租界受日方壓力，已經不能作為文化供應的基地，他留在香港，利用香港的印刷廠和其他方便繼續出版，並供應大後方，直到香港淪陷。每年除了一兩次到內地參加參政會外，他幾乎都在香港。長沙分館印刷廠建成後，他又籌劃在江西贛縣和桂林、昆明等地設廠，昆明、桂林最後未成。為適應戰時情形，商務的考核辦法做了改動，出版物的版式也從節省紙張出發，作了改變。另外為戰時創編了中小學的補充教材，並陸續推出“戰時常識叢書”“抗戰小叢書”“抗戰叢刊”“戰時經濟叢書”“大時代文藝叢書”。
一九四〇年三月六日，王雲五在香港青年講習班演講，題目為《幾個“專家”的頭銜》，這是他的自我定位，也是自我解嘲。他在商務分為幾個階段，最初的九年是編譯所所長，並無困難，第二個時期做總經理就不同了。此前，他沒有做生意的經驗。外國考察回來，他宣布科學管理法，立馬碰壁，想在他的舊部先實行，結果想不到他們奮起反抗。人們以為以他令出必行的脾氣，不會輕易妥協，卻想不到他毫不猶豫地撤回了。他認為做事要顧全實際，不要專講麵子，因此不顧旁人譏笑，做了一回“撤回專家”，表麵上撤回，實際悄悄施行。總結這次失敗，他說得到了三個教訓，一是把事情看得太容易了，凡是看來容易的地方，也是最容易失敗的。正如司機在險要的地方小心翼翼，到了平坦處往往出事；二、大鑼大鼓的做法往往失敗，要成功必須不動聲色；三、任何改革，必有阻力，遇到阻力，萬萬不可灰心，否則永無成功之望。
遭遇“一·二八”突發事變，在火光的餘燼中，他隻有忍著罵聲，解雇職工，解雇費達二百萬元，幸而此前暗中實行科學管理，存了二三百萬的款子，才能先大刀闊斧地解雇，再做複興。他因此得了“解雇專家”的名頭。半年後商務複業，多數人回來，待遇也提高了，人們這次逐漸理解他的苦心、公心。那時他的政策，是要使每個人都使用全副的力量，機器也不使空閑。這是工商業中科學管理的兩個要點，五年之間就把商務完全恢複。
“八一三”炮響，人們以為按“解雇專家”的作風一定會故伎重演，想不到他一變而為“維持專家”：在職的減薪，失去崗位的發生活費，暫時維持。他不僅沒有解雇一個還在工作的員工，甚至因戰事而失掉工作崗位的一千多人也一一給予津貼，維持他們的生計，隨後陸續安排。他當時的方針是有飯大家吃，無飯時大家吃稀飯。因為“八一三”和“一·二八”不一樣，“一·二八”，其他出版同業、其他行業沒有受損失，解雇的職工可以去其他地方。“八一三”是全麵抗戰，覆巢之下已無完卵。
到了抗戰時期，原料漲了，生意打了折扣，運輸困難，薪水又少不了，相比之下書價漲得不多。所謂“科學管理”就是打算盤，會打“小算盤”，還要打“大算盤”。所謂“大算盤”，就是把眼光放遠，目前縱然虧損，為著國家的關係和出版家的職責，他向來就有七本書賺錢，三本書虧本的原則，隻要做到內維持職工的工作、外適應國家需要即可。當然，“小算盤”還是要打，節省耗費，維持長期的辦法。他對中國人通常的“差不多”和“大概”很不滿，對於任何事，都以算盤專家的態度，處處精打細算，決不馬虎。不斷摸索找路，試驗，不怕失敗。因此又得了個“算盤專家”的稱號。
論舊學，他沒考過科舉；論新學，他沒進過學校，更沒有出洋留學，但是他興趣廣泛，什麼方麵都涉獵過，從社會科學的法律經濟到自然科學的化學、算學，甚至醫學，外文也通幾種，而且用笨方法讀過《大英百科全書》。好博而不能專一，所以他自稱“涉獵專家”。