他公開主張“大學是超政治的，三青團不應進入大學”，“大學中不應再有黨部，即青年團亦隻能作為一種服務團體，如青年會然。學生對於政黨信仰完全自由，但不應作政治活動。”有一次，他看到三青團浙大區團部的報告，“其中三次說及學校環境不適於青年團。”這絕不是偶然的。他認為：
學校之內，毋望有黨派之糾葛情事。曾見若幹學校，大部時日，浪拋於“摩擦”之一途，斯誠堪為痛心。以是深冀在教授間無留美、留英之別，在同學間，勿執著同鄉觀念，更毋有左派右派之分。求學時期，固應以全力從事於學術上之研究也。
一九四八年七月五日，他進一步說：“目前蘇聯供給我們以馬列主義，美國供給我以白米麵包，但吾人而有知，應該有獨立之思想，不能人雲亦雲，食人唾餘更屬可鄙。”直到一九四九年離開浙大，十三年中他堅持超越於黨派紛爭之外，僅此一點就難能可貴。
一九四八年八月八日，他和浙江省主席陳儀談及大學思想，認為“辦大學的方針以開導為主”。他的選擇，國民黨當局當然不滿，一方麵他們一再想拉竺可楨去台灣，一方麵卻又將他與許多有骨氣、有人格的知識分子一同列入“和平分子”的黑名單。（一九四九年四月十五日，竺可楨的朋友周普文告訴他，曾見到過特務人員的兩張黑名單，一張是“反動分子”，不易見到；一張是“和平分子”，許多知識界朋友都榜上有名，竺可楨名列其中。）同時，左翼學生也對他的選擇不滿，一九四九年五月，浙大校內的壁報指責他——“受英美教育之毒，做事不徹底，不能對惡勢力爭鬥，隻剩了些科學救國空談。竺對於舊的固然厭惡，對於新的心存懷疑。但民主與反民主不容有中間[道]路的，而竺某偏偏走了中間毀滅之路雲雲。”簡而言之，浙大取得的成就首先建立在大學獨立、學術自由、教授治校、學生自治的基礎之上，沒有竺可楨的人格擔當，沒有他在夾縫當中不偏不倚的獨立追求，在那個時代，一切都無從談起。
三、“教授是大學的靈魂”
一九四八年六月十二日，竺可楨對學生談話：“餘認為大學應以教授為重，主張教授治校乃是餘十二年來之一貫政策。”早在一九三六年四月二十五日，他上任之初就在演講中提出：
教授是大學的靈魂，一個大學學風的優劣，全視教授人選為轉移。假使大學裏有許多教授，以研究學問為畢生事業，以作育後進為無上職責，自然會養成良好的學風，不斷的培植出來博學敦行的學者。
他把教授人選、圖書儀器設備和校舍建築看作辦學三要素，其中教授人選放在第一位。生物學家談家楨一九三七年在美國獲博士學位回國，因為出身於教會大學，想進國立大學不容易，由胡剛複推薦，二十八歲的談家楨收到浙大的聘書，聘他為每月薪金三百元的生物係教授。多年後，談家楨感歎：“竺先生是‘任人唯才’，而是不講派係的。所以，他把我這樣一個‘外來人’也聘進了。後來，我還聽說，滬江大學出身的塗長望教授和燕京大學來的譚其驤教授，也都由他聘來浙大，並且都得到重用。可見他聘用教會學校出身的教授，並非僅我一人。”與竺可楨共事十三年的蘇步青說：“竺先生是最愛惜人才的。隻要有好教師，他總是毫不猶豫立刻聘請，而且是千方百計地去聘請。所以許多有才幹的教授都肯來浙大任教了。”
此前，因為抗議郭任遠的做法而辭職離開的物理學家張紹忠、何增祿、束星北等都被他一一請回來。束星北因為“個性太強”、曾當麵衝撞過蔣介石，許多人對請回他有所顧慮，竺可楨照樣聘為物理係副教授，並很快升為教授。
竺可楨愛才如命，唯才是舉，初來浙大，帶來了一批原來東南大學工作時的同事、學生，擔任教授或重要職務，如胡剛複、王璡、梅光迪、張其昀等，外界有所非議，但是這些人確有真才實學，以後人們逐漸理解了他的風格，他是用人不避親、也不避賢。
他聘請年邁的國學家馬一浮來講學，禮節極其隆重。他對於聘教師有獨到的看法，並非隻看重名氣。一九四八年二月十四日，浙大哲學係請來六十多歲的哲學家熊十力，他認為熊對於國學、哲學造詣很深，“但對於學校能有多少貢獻大是問題。”他說：“要發展一個大學，最要的是能物色前途有望的青年。網羅龍鍾不堪之過去人物，直是養老院而已。由是可見謝幼偉之無眼光也。”六月一日，當他得知熊仍領北大薪水，“餘數言此輩老先生之來，徒事裝飾品，不能於學校有點滴之利益，因目前學生對於舊文學等均敝屣視之；哲學係尤應向新途徑走，不能徒慕虛名也。”
浙大學生謝覺民追憶，竺可楨以人品、學識和誠懇的態度請到一批品學兼優的好教授，“他們有品格，有學問，但有時不免也有脾氣”。牛津出身的費鞏“最會罵人，在教務會議上，他公開指摘竺師，說‘我們的竺校長是學氣象的，隻會看天，不會看人。’意思是他習政治的，有知人之明，竺師也隻是含笑不語，可見他的容人之量。”（從費鞏日記可以看出，一度對竺可楨很不滿，但竺可楨照樣請無黨派的他當訓導長，他出事後照樣全力營救）。像費鞏、束星北那樣有個性、有棱角、有脾氣的教授還有，但竺可楨處處以身作則的品格、包容的氣度，容下那些有才、有學、有德的知識分子。一九四八年評出的第一屆中央研究院院士中，浙大教授四人，僅次於北大、清華。談家楨一再說近代高等教育史上辦大學而成功的校長隻有蔡元培和竺可楨兩個人，“他們兩人都具有許多優點，都是胸襟開闊、氣度宏偉，都能打破各種思想和學術派係的束縛而廣羅人才，充分發揮各種學術思想和發展各個學術領域。”
在竺可楨十三年校長生涯中，浙大心理學教授黃翼、文學院院長梅光迪，教務長、物理學家張紹忠，曆史學教授張蔭麟等先後病故，他都關懷備至、悲痛畢露。黃翼去世後，一九四四年十一月二十六日他認黃之子黃章愷為義子，贈以紅玉一塊、銀筆杆一枝。梅光迪生病，他不斷前往探視，多次專門約校醫李天助一同去看望。一九四五年十二月二十七日，梅死於貴陽，他於二十九日專程趕赴。黃、梅、張等先後病故使他受到很大刺激，以至流淚，每次都說：“浙大失去一個良師，國家失去一個人才。”他總是親自主持追悼會，盡力照顧家屬。一九四七年七月二十八日張紹忠去世，八月六日他提議在浙大圖書館掛上黃、梅、張、朱四人像。一九四八年十月十八日是黃翼去世四周年紀念，他約黃翼太太去鳳凰山墓前致祭，再到張紹忠墳地視察。
長期以來他對教師的關心，更是讓不少教授永生難忘。蘇步青回憶，一九四七年二月二十日，遠在英國的他寫信給蘇步青、盧嘉錫等，“惟滬杭一帶物價日高，而薪俸菲薄，不足以維持生活，弟雖遠在海外，無日不在懷念之中。雖前月政府曾有調整，但近頃美金波動，影響物價甚大，杯水車薪無濟於事。且滬杭密邇，而生活程度亦相差不遠，但公交人員待遇又相差甚巨。”他表示已寫信給朱家驊請其從速在行政院會議上提出，“將杭州待遇改成與京滬一律”，給教職員配發公糧。這封信發表在三月十七日《國立浙江大學校刊》時，加上了“竺校長關懷員工生活建議教部配發聯總食糧——竺校長致蘇教授等書”的標題。十月十三日，他為“教職員經濟狀況已到山窮水盡時期”而憂慮，一回國即不停奔走於南京、杭州之間，催要經費。一九四八年四月一日，他演講《大學教育與民主》時說，“所可慮者，教職員同人待遇菲薄，尤其人口多者，入不敷出，不能維持生活，不得不寫文稿甚至兼旁的職務來過活；薪水最高的教授，一月所得以購買力來計算，僅僅抵到戰前三十元之數，這如何能使人安心教課與研究？”
到一九四九年，在風雨飄搖的最後幾個月，他簡直成了一架“要款機器”，不斷地給教育部、行政院發電、寫信，不停地奔波於上海、南京和杭州之間，叩開包括代總統李宗仁在內的政要之門。這是竺可楨來到浙大的第十三個年頭，他迎來了六十歲生日。真心愛戴他的浙大師生要為他慶祝生日，他於二月一日刊出《啟事》：
現值海內鼎沸，同室操戈，民生凋敝，已至極點。學校經費拮據，賴舉債以度日，同人月所入不足以溫飽，同學賴公費以維持菜根淡飯，以致老弱者疾病叢生，死亡相繼；幼壯者營養缺乏，發育堪虞。值此時際，馬齒加長，徒增悲憫，尚何慶祝之足雲。
身為大學校長，他曆來生活簡樸，身無長物，乃至朝不保夕。一九四一年，遵義物價飛漲，一日三變，他從衣箱中翻出上海華安人壽保險公司的單據，已經期滿，一共兩千元，不過能買幾擔米，“一生積蓄僅此而已，豈他人所能信哉？”一九四八年二月一日，薪水未發，一月份的錢早已用光。他夫人說無錢買菜，他在日記中感歎，“真是巧婦難為無米之炊。適讀《富蘭克林自傳》，內有致富之道，言極扼要，因急譯出，以餉無錢買米的同人。”到一九四九年秋，他夫人離杭去南京，還是向沈思嶼借了路費才得以動身。十三年大學校長最後竟一無積蓄，幾乎讓人難以置信。一九四八年六月一日，他日記中說：“因餘從未向學校領私人應用之物品。惟草紙一項餘個人所用者由學校供給，嗣後餘亦當停止使用。允敏並當麵告知，謂私人決不要公家之物來用。餘意以後憑餘開條簽名取物。”
他多次為浙大的“教授治校”而自豪，認為浙大校風是萬事公開，實事求是，師生合作。一九四五年九月十七日，他在演講《戰後國家與學校諸問題》時說：“今後大學應行教授治校製，以符合民主之潮流。”教授治校主要體現在全體教員每年一次選舉教授代表，可以連選連任，參加校務會議，決定學校的大政方針。即使烽火連天的抗戰歲月也未嚐中斷，一九四〇年十二月一日、一九四一年十一月二十七日、一九四二年十月十三日、一九四三年十月四日、一九四四年十月三十一日，竺可楨日記都詳細記下了選舉情況。一九四三年二月二十一日日記感慨：“抗戰以前，浙大教授對於校務會議漠不關心，故開會時常不能足法定人數。近來因生計關係，各覺有切膚之痛，故漸漸認為有開會之必要；而同時對於學校，亦認為與己休戚相關。此則不得不認為一種進步也。”
一九四七年六月十八日，他從歐美考察歸來，在學生歡迎會上演講：浙大的精神體現在“求是”二字，向來以研究學術為重，校務則向由教授會主持，這是浙大的民主。本人篤信民主精義，所以一切校務，都按校務會議的決定執行。一九四八年，當學生自治會的章程與校務會議的決議有衝突時，六月十二日，他對學生說：“目前之困難乃在有兩種權力存在於學校，即自治會與校務會議。但校中最高權威隻能以校務會議為依歸，故學生壁報以及一切自治章則與校規及校務會議議案[有]所衝突即須修改。至於每個學生在校之自由，學校必須予以保護，如讀書自由不能由自治會組織糾察以剝奪之；身體自由不能同學隨意聽信謠言、任意搜查。”六月十五日，他寫信給王季梁說：“弟十數年來素主張教授治校，大學應以校務會議為最高權威。”他為學生不理解這一精神而遺憾。為什麼他將教授治校放在學生自治之上？十月二十九日，他對應屆新生訓話時說得很清楚：“大學宜民主，固甚彰明，惟民主有先後，當自教授始，如此可冀各安其位，愛校勝己，曆十載五十載以至一生工作於斯。學生時間較短，故宜采取教授治校。”
特別要提的是他對浙大教師的愛護。一九四五年二月，浙大政治學教授費鞏在重慶“失蹤”，從知道消息的那天起，他就認定是“專門逮捕和囚禁政治犯的政府機構”幹的，並為費鞏的性命而深為擔憂，為此不停地奔走於各個機構、部門，盡了一切能盡的力。那一時期他日記中有關費鞏的記載至少有七十八處之多，可謂牽腸掛肚。
不僅費鞏，他對其他教師也是如此，一九四二年十二月十日浙大外文係講師馮斐被捕，十五日由竺可楨、梅光迪等三人保釋。一九四七年七月二十五日，束星北來談數學助理徐某事。“徐昔年曾為共產黨員，但曾悔過。增祿且來函說明，保證其不為政黨活動。但餘知保證並無用處耳。但校中用人，素不管黨派如何耳。”
一九四七年十二月一日，“於子三事件”未了，浙江省主席沈鴻烈告訴竺可楨，治安機關稱“浙大某教授及學生若幹人有共黨嫌疑，某教授為組織指揮人，學生可暫不捕，教授非立即逮捕不可”。他從他李四光那裏也聽說浙大教授中有共產黨活動，但他們都不肯說姓名。他想起三四年來多次接到教育部公文說張君川教授可疑，受到他保護的張君川後來追憶：
我初到浙大，教過半年的俄語，遭到當局非難，幸賴竺校長保護，停課作罷。以後我因在外文係開設莎士比亞課程，為了戲劇演出實習，建立戲劇班，又在中文係下設現代文學課程，亦建立現代文學班，與戲劇班時常聯合進行學術討論。學生聚在一起，也找些進步書籍閱讀，在進行討論中，曾談到官養活民還是民養活官的問題，從而產生為什麼民養活官官壓迫民等現象的學術討論，也就產生初步的民主思想。浙大對學生運動都予支持，當局無情鎮壓，都受到竺校長暗中保護。費鞏教授遭受迫害後，當局偕一美國人借故審問我們，指責我們不該開設戲劇班、現代文學班，在文廟街遙遙相對宣傳異黨主義，當時竺校長就在隔壁，非常擔心。幸賴他的關懷，現代文學班遭到解散作罷；遭逮捕傳訊的學生，由竺校長力保得以釋放。……於子三事件發生後，也波及戲劇班，由沈鴻烈（浙江省主席）告訴竺校長要逮捕一些人，竺校長一方麵囑咐學生早日離校，一方麵派秘書諸葛祺夤夜十一時來平湖秋月寓所告訴我藏匿，幸虧竺校長從中保護，才得幸免於難。
四、“餘始終認大多數學生乃係善良的也。”
“大學教育的目標，決不僅僅是造就多少專家如工程師醫生之類，而尤在乎養成公忠堅毅，能擔當大任，主持風尚，轉移國運的領導人才。”這是一九三八年十一月一日竺可楨對浙大學生演講時說的。他希望大學生成為一個地方的楷模，成為一般人士的表率，不僅“謀食”，而且“謀道”。“凡是有真知灼見的人，無論社會如何腐化，政治如何不良，他必獨行其是。”所以他把大學教育首先看作是道德教育，一個受過大學教育的人，一定要有高尚的道德，“亂世道德墮落，曆史上均是如此。但大學猶之海上之燈塔，吾人不能於此時降落道德之標準也。”他要求學生切記，以後遇到作弊機會時能否拒絕，這是衡量大學教育成敗的試金石。每周一次的紀念周活動，隻要他在學校都要親自主持，並發表簡短演講，以古今中外的進步思想勉勵和教育學生。學生劉奎鬥回憶，聆聽他的訓話，“他的家鄉口音比較重，實在使我這北方人無法完全聽懂，但是訓話中誠懇、慈祥的態度，以及一再說到母校校訓：‘求是’，令我永銘於心。”
竺可楨斬釘截鐵地告訴學生，“一個民族內憂外患，貧窮落後，並不可怕，可怕是人民，特別是大學裏培養出來的知識分子沒有科學頭腦，輕信，盲從，這樣的民族有亡國的危險。”“一般人以為大學之目的，在於使學生能學得專門之智識與技能，以為將來個人到社會中，從事謀生立業之基礎，而為國家著眼，則係造就領袖人才，領導群眾以發展事業。但據個人觀察，大學畢業生如欲為國家造福，則單求一點智識與技能，尚非最重要的目標；大學畢業生的人生觀必須確定，方能使社會事業有格外的成功。”他希望大學生做社會的中堅，要不顧利害，隻問是非，“而中國今後是最需要頭腦清楚、善用思想的人物。”“科學如此，政治亦然，若不以是非之心，而以好惡之心來治國家，也是不行的。”他不厭其煩地告誡浙大學子，在是非與利害關頭，“不可忽視是非而專重利害”。
竺可楨愛生如子，浙大上下有口皆碑。抗戰期間學生患病不少，他經常去看望病中的學生，有急病需要送貴陽的，他都用全校僅有的一輛小車送去。遵義時期，他曾對當地警備司令高文白說：“決不準國民黨軍警借任何理由來浙大搜捕。”愛護學生，竭盡全力保護學生，始終信任每個學生都是善良的，這是竺可楨作為一個校長最偉大的地方。但他並不一味地溺愛學生，西遷途中，從泰和到宜山，由十七個學生組隊從水路押送同學的行李，他們因傳聞敵軍來而棄舟先走，導致一船行李全失。一九三八年十一月十四日，陳訓慈日記說，竺可楨在幾天後的全體會上責備他們，可以說聲色俱厲：“這種受公眾委托，承擔不了責任，而敵未來即棄舟而逃。輕信傳來謠言是不智，不負責而損害友物是不仁，臨危棄公眾之物是不勇。……所以此非小事，是我們遷校之大辱。並且說教職員未善盡導致之職責，也是浙大之奇恥。今後必須以此事為教訓，樹立知勇負責之學風”。（竺可楨日記大致相同）
一九四四年十二月，浙大學生、三青團幹事謝力中因為購鹽等舞弊，被學生告發，將被開除，到他麵前哭訴。他日記中兩次提到，“餘告以自作自受，乃大丈夫應有之態度，不要哭哭啼啼，作小兒女態。即使開除，亦非絕路也。豈有堂堂大學生，而尚不能謀生乎？”“餘勖嗣後作事，務立定腳跟，不稍以私而害公，致遭人攻擊，則此次之打擊亦為良好之教訓也。”
一九四八年六月七日，因為有學生在壁報上張貼文字罵青年軍為職業學生，引起雙方衝突，他一麵要罵人的學生劉忠潮承認過失道歉，一麵擔心其安全，留他和自己的孩子同房間睡。
清華大學理學院院長葉企孫對人說，在竺可楨眼中，“浙大學生個個都是好人品和有學問的。”他並不讚同學生熱衷政治活動，卻主張思想、信仰和言論自由，“馬克思主義也可以研究”，學生有讀書的自由、探索真理的自由。“關於大學的精神和風氣，主張培養自由研究學術的空氣。所有黨派退出學校，學生不準參加任何政黨。”
一九四七年五月二十五日，他遠在美國舊金山，從當地報紙得知浙大還在罷課之中，日記中寫下“真使人焦急”五個字。後來他對一九四七年四月到一九四八年四月的罷課作過統計：“共罷課五十五天，其中例假一天，星期日六天。”一年中罷課的時間竟達八星期之多，占上課時間的四分之一。他雖然理解青年學生“多不滿現狀”“天下興亡匹夫有責”，何況是大學生，“關心國是也是應該的”，但他始終認為動不動罷課，學業損失太大，“這種荒廢學業，凡是關心教育的人，統引為極痛心的一樁事。”他更不讚成“以罷課作為要挾的一種工具”。
學潮洶洶，他仍在一九四八年一月五日日記中說：“餘始終認大多數學生乃係善良的也。四月一日，他在浙大五十一周年紀念會上鄭重地說：辦大學教育者必得有基本信仰，就是大多數學生，可以由經驗和教訓使入於理智所承認為正軌的途徑的。”一九四七年八月，浙江省主席沈鴻烈當麵表示對浙大罷課學潮的印象極壞，甚至說“浙大乃共產黨大本營”，認為浙大處理學潮過寬，開除的學生太少，竺可楨回答：
學校處理學潮，不能用武，始終認大部分學生係優良子弟。學校須以德服人。目前要點在於組織教授，扶植善良，潛心讀書，不為政潮所左右。