洪承疇聽說薛家軍在絳州一日擊敗陝西三十六營流寇，嘴巴張得能夠放下鵝蛋，二十多萬流寇啊，洪承疇原以為薛家軍會跟流寇打個曠日持久兩敗俱傷，哪知道流寇居然如此的不堪一擊，壞了自己的圖謀大同城的計謀。
洪承疇望著高大宏偉的大同城陷入了沉思，現在大同城裏的內援已經被清洗，隻要羅指揮使、餘大成、張參將、梁參將跟薛家軍一條心，這個大同城自己就很難攻破，而在絳州的薛家軍會立刻返回大同城，自己的大軍在大同城下麵臨內外夾攻，一個不小心就可能失去自己的一世英名。
洪承疇立馬遙望了一個時辰的大同城，然後重重的吐出一句話：“傳令下去，全軍返回陝西。”
就這樣一場劍拔弩張的大同城攻防戰，隨著洪承疇的一句撤離，頓時變得煙消雲散，第二天大同城守軍沒有發現陝西官軍的動靜，直到中午才小心翼翼派出探騎查看，發現陝西明軍的大營已經空無一人，這時大同城軍民才知道，陝西軍已經全軍撤走了。
餘大小姐出於安全考慮，一直沒有開放大同城軍民的進出，直到八月十四日，薛六率領阿如罕、薛慶益、肖參將、劉參將等兩萬多人馬返回大同城，餘大小姐才解除了大同城的戒嚴，不過經過陝西義軍和洪承疇這麼一鬧騰，薛家軍跟林丹汗合作進攻建虜的計劃今年是不成了，這惹得林丹汗非常不滿，使得薛家軍和察哈爾部生出了隔閡。
就在朝廷視薛家軍為第一大寇仇時，崇禎四年八月，建虜皇太極率清兵再攻大淩河城，遼東總兵受困於城內，隻好向朝廷求救，這使得崇禎皇帝把目光再一次投向了遼東，暫緩了跟薛家軍撕破臉皮。
於是崇禎皇帝趁著流寇新敗，可是調集大批關內明軍出征遼東，右僉都禦史登萊巡撫孫元化急令不久孔有德以本部由海路抄襲建虜的後路耀州，孔有德害怕建虜兵鋒，在遼東灣轉悠了幾天，借口遇到風浪未能成功登岸搪塞孫元化。
孫元化勃然大怒，再令孔有德領八百騎沿陸路出山海關趕赴大淩河城增援，孔有德勉強率部抵達吳橋時，因遇大雨春雪，部隊給養不足，部隊在吳橋軍紀不好，坑蒙拐騙打砸搶都來，與吳橋軍民屢有摩擦，吳橋人皆閉門罷市抵製孔有德部。
時有一士兵強取身為山東望族，東林黨幹將王象春家仆的一隻雞，該士兵被“穿箭遊營”，於是相好的士兵擊殺了王象春家仆，事後王象春之子還不肯善罷幹休，要求官府追究孔有德的罪行，這時山東鎮守李九成把孫元化給的買馬銀錢花盡，從塞外回來的的李九成在吳橋遇到孔有德，兩個人以前同是東江鎮毛大帥的部將，李九成害怕孫元化追究他的耗費銀錢的責任，於是乘機煽動孔有德聚眾搶劫嘩變。
孔有德，東江鎮總兵毛文龍義子，曾經從毛文龍叫毛有德，是東江鎮的一員猛將，毛文龍後為袁崇煥所殺後，其舊部由副將陳繼盛統轄，不久，參將劉興治在皮島叛亂，殺陳繼盛等十餘人，登萊巡撫孫元化、總兵黃龍隨即赴皮島鎮壓，孫元化接收了皮島的叛將孔有德、耿仲明、李九成、李應元諸將，孫元化任命孔有德被為騎兵參將。(耿仲明則被派往登州要塞駐防)
孔有德受李九成、李應元父子的煽動，在吳橋發動叛變，在山東境內連陷臨邑、陵縣、商河、青城諸城，率兵直趨登州數城，而此前不久皮島的東江軍也發生兵變，本來就與他們不睦的東江總兵黃龍遭叛兵割去耳鼻，幸得素與孔有德的不和的東江軍尚可義等部救援方得免。
孔有德率部倒戈殺回山東，山東參將陶廷鑨率數千人往禦叛軍於阮城店，但山東兵不堪一擊，數千人馬一哄而散，山東巡撫餘大成驚恐萬分，托疾數日不能出，等到實在不得已了，才派遣中軍沈廷諭去招撫孔有德、李九成。
孔有德根本不理會餘大成的招撫，直驅登州城下，登萊巡撫孫元化急令總兵官張燾率遼兵守登州城外，遺總兵官張可大發部抗擊，以兩路成合擊之勢，但張燾與孔有德有舊，交戰後其兵卒隨即投入孔有德行列，對張可大部反戈一擊，張可大部大敗。，與孔有德是舊交的登州中軍耿仲明、陳光福等人立即舉火開門，登州便告失陷。孔有德還擄獲了官兵七千人、戰馬三千匹、餉銀十萬兩、紅夷大炮二十餘門，西洋炮三百門，殺死葡萄牙軍事教官多人總兵張可上吊自盡，孫元化自殺未成被俘。
孔有德的叛軍攻克登州後，一邊搜羅第東江兵逃離東江鎮的亂卒擴充實力，一麵轉而圍攻另一要塞萊州。崇禎五年正月，官軍集中山東、保定、天津諸鎮在登萊的數萬兵力野戰，久不征戰的關內兵一戰大敗，幾乎形成第二個“薩爾滸”，官軍敗回萊州者僅有數百人，山東巡撫徐從治，萊州知府朱萬年隻好據城死戰。