這一事件使達爾文贏得了船上青年人的敬重，他們稱他為“我們的老哲學家”，或者叫“親愛的捕蠅人。”
“貝格爾”號從巴伊亞開往裏約熱內盧，途中達爾文捕捉鯊魚；起風浪的時候就在艙裏整理自己的收集品。每天晚上他總懷著讚美的心情觀賞南極的星光，燦爛的夜景以及天空中的南十字星座，麥哲倫海峽的雲彩和大南冕星座。
在裏約熱內盧，達爾文第一次收到了英國的來信，也開始了他的陸路考察。科恩已正式地成了達爾文的仆人，他們在裏約熱內盧買了兩匹馬，踏上了征程。他們經過沙土平原、沼澤地，走進人跡罕至的原始森林。高大的熱帶樹木和植被讓達爾文大開眼界：有同別的樹交叉長著的棕櫚樹；西印度椰子樹細得用手就可以握住，在樹幹上長著些寄生植物，開著奇異的花朵。達爾文一邊欣賞熱帶風景，一邊忙著收集標本，他暈關心的是收集陸上無脊椎動物和淡水無脊椎動物。他收集了許多漂亮的陸生扁平軟體多腸目的收集品，並對昆蟲作了大量的研究，認真地觀察它們的習性，對巴西的蝶類甲蟲、蜘蛛都進行了認真的觀察。白天他認真地收集，晚上就寫筆記或者給朋友寫信。這樣，他在巴西旅行和考察三個月後，他又乘“貝格爾”號向著覆蓋著草本植物的南方駛去。
在大海上航行了20天後，軍艦到達蒙得維的亞海灣。從蒙得維的亞城邊的小丘望去，隻見一望無際的草原，一群群牛羊在吃草。達爾文走進這片開闊的地帶，在這裏，他第一次觀察了美洲的駝鳥。第二天，他在遠郊收集釋本，在那裏他打死了一隻水豚，這是一隻巨大的齧齒動物，重約45公斤，獵獲了一些有美麗花紋的蛇和大蜥蜴等爬行動物，當然也收集了他所喜歡的甲蟲。
在布蘭卡海灣，美麗的潘帕斯大草原就展現在眼前。草原上有眾多的鹿、鴕鳥和刺鼠等尖嘴齧齒動物。達爾文帶著獵槍走上大草原，雖然沒能打到什麼獵物，但是他卻幸運地發現了骨化石。他找到了很多貝殼和巨大的動物化石的遺骸、顱骨。通過研究他獲得的大懶獸動物化石，和它們的地層分布，達爾文發現萊伊爾的地質學理論是正確的，災變說是錯誤的，因為他已經找到了證據。他非常興奮，他把在巴西及這裏收集到的搜集品包裝好，寄給在劍橋的亨斯羅教授，其中一部分也寄給了家裏。
骨化石的發現大大激發了他的工作熱情，他又先後幾次深入內地去尋找骨化石，並有不小的收獲。後來，他隨艦到了美麗的布宜諾斯艾利斯港，隨後，他們又駛回了蒙得維地亞。
為了把船上的幾名火地島人送還故鄉，費支羅伊艦長聯合了幾支小船向火地島駛去。
在海岸的高地上，有許多火地島人燃起的煙火信號，火地島因此得名。在低岸地帶的岩壁上長滿了灌木叢和樹木，遠處則是高大突兀的雪山，平坦地帶則綿延著覆蓋著棕色樹林的高山。
當船從火地島的東端繞過了聖迭戈角時，船上的火地島人“紐扣”、“籃子”、約克看到家鄉，都舉臂歡呼起來。島上的居民也看到了船隻，高聲地叫喊起來。遠遠地望見他們揮舞著雙臂，嘴裏發出各種怪叫，幾個赤身裸體的男子身上畫的紅一道白一道，在前麵奔跑，長長的頭發隨風飄動，就像來自另一個世界的跳動的精靈一般。女人和孩子也跟在他們身後發出各種叫喊聲。
達爾文第一次在野人的故鄉看到野人。這些野人和其它地方的野人不大一樣，他們的身材都更高大，身上披著用羊駝皮做成的鬥篷，赤銅色的皮膚發著亮光，頭發又長又直，費子顯得既可憐、柔順，又恐懼、驚慌。
船靠岸後，艦長和一夥水兵率先衝下來，達爾文和幾個火地島人跟隨其後。那群奔跑的火地島人也向他們跑過來，男人的手裏拿著石塊，女人和孩子則退在一邊，突然他們停了下來，緊緊盯著這群入侵者，一場戰鬥眼看著就要發生了。
達爾文心裏不禁有些緊張和遲疑，想到如果向這些可憐的土人開槍，他就感到有些於心不忍。為首的土人髙大魁梧，他稍微猶豫了一下，便向著水兵衝去。“啪，啪”，兩聲槍響，費支羅伊艦長的槍響了，兩顆子彈呼嘯著從他頭上飛過。那個土人一時愣住了，呆站在那裏不動，用手摸了摸頭，覺得沒有什麼異樣，便一步步地向艦長逼近過來。艦長見來硬的不行，便收起了火器，笑著迎上前去，脫下自己頭上的海狸皮帽子，走到土人頭領麵前，他用手親切地拍了拍土人的肩膀，把帽子帶到了他的頭上，那土人哈哈大笑起來，也把石塊扔掉。艦長又從包裏拿出了一身嶄新的衣褲送給了土人。土人雙手接過禮物，臉上一臉笑意，他的敵意完全消失了。這個土人把新褲子拿過來，均勻地撕成了許多布條，轉過頭來分給了身後的人，這讓達爾文哭笑不得。那土人頭領對著自己的人群說了幾句話，他們也都大叫起來，臉上露出高興的神色。軍艦上的人們走進土人堆裏，向他們贈送各種各樣的禮物，酒杯、茶具、臉盆、細麻布等等。達爾文把一些紅頭繩和絲帶贈給站在一邊的女人和孩子們。女人們也像頭領一樣，把得到的東西分成幾件給同伴。有個土人把一個小便壺也打碎，把碎片分給同伴，惹得船上的人大笑不停。