身體的疾病使他中斷了研究工作，不得不在繁忙中進行休養。旅行剛一結束時，他曾向往能和家人靜靜地住一段時間。現在，他終於可以如願了。他也常去梅爾莊園的舅舅家，在親人中間，他感到輕鬆而愉快，也正好趁機享受了一下美好的生活。
在梅爾，溫柔的愛瑪表姐常陪他去散步，有時兩人會走到很遠很遠。愛瑪常向達爾文提出各種各樣的問題，當達爾文做出解答時，她總報以崇敬的目光。愛瑪對病中的達爾文照料的無微不至，還常常陪達爾文下棋，愛瑪可是個棋藝不凡的女子，有時候，她會故意讓達爾文贏上幾盤，有時殺得他片甲不留，沒有招架之力，引得達爾文哈哈大笑。
回到倫敦後，達爾文忽然第一次感到生活十分枯燥，他感到了孤單，眼前不斷閃現出愛瑪溫柔的眼睛和動人的笑聲。他開始坐立不安，是不是自己也該成家？
如果結婚，會有上帝賜予的孩子，永久的伴侶，誘人的音樂，晚飯後的散步和閑談，舒適的家庭生活。可是，有了孩子，你就要去掙錢養活他們，那會費去好多寶貴的時間，到底該怎麼辦呢？達爾文陷入了該不該結婚這個問題的考慮之中。他憶起他在梅爾莊園愉快的生活和愛瑪的笑容，忽地站起身來說：“如果我的研究工作得不到親近人的同情和支持，那工作還有什麼意思呢？如果人到老年，還有什麼比妻子和兒女更親近呢？如果隻知道勞動，就像一隻無性別的工蜂一樣，那簡直是不堪想象的，不，不應當這樣。於是，在他腦海中出現了這樣一幅畫麵：一位殷勤溫柔的妻子坐在沙發上，一個美好的家庭，家裏擺著各種書籍，或許還有音樂……，那就把這情景同這間黑屋子作個比較吧！“結婚！結婚！我要結婚!”這就是結論。很快，達爾文向愛瑪表姐求婚，舅舅一家從心眼裏喜歡達爾文，知道他是個有出息的孩子，自然痛痛快快地答應了這樁婚事。更重要的是，愛瑪一直很喜歡達爾文，她早就等這一天早點到來。這一天是1838年11月11日，達爾文當時29歲。
他們在第二年的1月29日在梅爾舉行了婚禮。新婚夫婦很快就一同去了倫敦，愛瑪很快就承擔起這個家庭的生活重擔，她是一個難得的家庭主婦。在婚後的最初一個時期，他們經常去朋友和熟人那裏拜訪，也在家裏接待來訪的朋友們，達爾文很愉快地過著他的新的生活。
當然，達爾文在這個時期的思想稍稍偏離了他的學術研究，但這也是人之常情，想一想為了科學研究他所犧牲的一切，或許這也是一個小小的補償吧！
在他們外出散步的時候，達爾文總是習慣性地觀察周圍的一切。有一次，他經過花園裏一片撒了厚厚的煤渣的草地時，他突然停了下來，蹲在地上不走了。愛瑪也跟著他蹲了下來，好奇地問道：“親愛的，你在看什麼呢?”
達爾文指著地麵上的土說：“愛瑪，你看，這塊地是被蚯蚓翻過的，這裏原來是一片草灰和煤渣，可現在這些東西不見了，被蚯蚓翻到土壤下麵去了，我感到非常奇怪的是：蚯蚓是怎麼能夠把這些草灰和煤渣翻到地下去的呢?”
達爾文用心地撥弄著這片土，左思右想，怎麼也搞不明白，歎息地說道：“這可真是讓人不可思議。”
愛瑪哈哈大笑說：“哎，你這個科學家，你這個生物學家，真是聰明一世，糊塗一時啊，這有什麼奇怪的呢？蚯蚓在地下把那層草灰和煤渣下麵的土淘空了，地麵上的草灰和煤渣就會往下沉，同時，蚯蚓在地麵上排泄的時候，又會把地下的泥土帶到地麵上來。”
達爾文抬起頭來，十分驚訝地盯著妻子，他的沉思的眉頭舒展開來，臉上露出了笑容：“愛瑪，你真聰明，想不到你會輕而易舉地解決了我的難題，看哪！上帝賜給了我一個多麼聰明的妻子。”說著他動情地抓住了愛瑪的手。
愛瑪不好意思地低下了頭，默默地陪著達爾文走到花園裏的長椅邊坐下，她抬起紅潤的臉“望著達爾文，溫柔地說：“查理，我父親準備在教堂裏給你謀一個職務，你願意去嗎?”達爾文堅決地說：“不，我不做牧師，因為現在我已經不能相信《聖經》上講的事了，你讓我如何去講那些自己都不相信的事呢?”
“可是，查理，你總要工作啊，你謝絕了地質學會的秘書，又不願做牧師，可我們總是要生活吧。”“我不準備從事什麼職業，科學研究將是我畢生從事的事業，我準備從事獨立的科學研究，你知道嗎？愛瑪，如果我能把物種起源的問題解決，這將是一個了不起的成就，當然，我知道這是一個艱難的課題……”
“我知道，查理，”愛瑪打斷了他滔滔不絕的話,“我知道你的誌向，可我們總不能一輩子靠父母養活吧？如果，我們再有了孩子呢?”
達爾文沉思了一會兒說：“愛瑪，我想我能夠自己養活自己，我可以寫書，用稿酬來養家。當然，靠寫書掙錢是靠不住的，我也會適當考慮一下接受一些別的事做。愛瑪，同我這麼一個沒有財產，沒有職業的人生活在一起，可真讓你受苦了。”
“查理，不管你選擇了什麼道路，過什麼樣的生活，我都不在意，你盡管去做你喜歡的事吧，我會幫助你的。”
愛瑪確實給予達爾文以很大的幫助，他們逐漸放棄了社交活動，深居簡出，在他們平凡而狹小的房屋裏過一種甜蜜而平靜的生活。愛瑪除了照料達爾文的身體和操勞日常家務之外，還以她的聰慧成為達爾文學術研究的好助手，她時常對達爾文的著作與論文提出意見，幫他抄寫書稿“校對出版社寄來的校樣，為他做了大量的工作。
溫暖的家庭，甜蜜的生活，使達爾文更好地投入到工作中去，親密的合作，辛勤的勞動，終於也結出碩果，達爾文在短時間內寫出了大量的論文，他的《“貝格爾”號的動物學》一書出版了，他的旅行記也一版再版，成為暢銷書，後來還被譯成外文，在世界各地廣為流傳。
很快，在1839年底，達爾文的第一個孩子降生了，這是一個男孩子，這個孩子的到來給達爾文增添了無窮的樂趣，他給孩子取名為喬治。在工作之餘，他整天抱著他，愛不釋手，連他自己也沒有想到，自己的父愛會如此強烈。
有時候，他看著兒子可愛的臉龐，看著他一天天地長大，改換模樣，他心裏突然一動，這個幼小的生命不是也可以作為一個科學研究的對象嗎？他的表情一天一個模樣呢！於是，他每日認真觀察孩子表情的細微變化，從這時開始的表情的研究，使他在晚年寫成了一部卓越的著作——《人類及動物的表情》。
人們常說:“每一個成功的男人後麵都有一位好妻子。”達爾文的成功也與妻子是分不開的，正是由於妻子的辛勞，才使他擺脫了日常許多瑣事，投人到研究中去，應該說，他做出的我要結婚的選擇，真是一個不錯的決定。
婚後的幸福生活使達爾文更加投入地去工作，關於物種起源的思考始終是達爾文工作的中心。他偶爾在翻閱一些其它書籍時，閱讀了馬爾薩斯的《人口論》這本書，這本書裏提到了人口與人類生活資料的關係，提到了生存鬥爭，這使達爾文心中如閃過一道亮光，對！生存鬥爭，他也早在考慮生存鬥爭這個問題了。於是，他感到與馬爾薩斯是心有靈犀一點通。在某些情況下，有利的變異要求被保存下來，而不利的變異將被消滅，其結果可能就是新物種的產生，而導致這一結果的力量就是生存鬥爭，我終於找到一個我可以據以工作的理論了。我們記得，在談到鴕鳥的滅絕問題上，他已經觸及到了適者生存的原則了。正是生存鬥爭，使適應環境者生存下來，使不適應者被淘汰，生存鬥爭，就是自然界物種形成的關鍵，這種生存鬥爭，在自然界中起了選擇的作用，與人工選擇相比，這可以稱為自然選擇。由此，物競天擇，適者生存的偉大思想產生了。