在達爾文的《物種起源》出版以後，華萊士又帶頭為它宣傳，並稱讚該書是“迄今以來最重要的書籍之一。”他說：“進化論的發明完全是達爾文的功勞，物種起源學說是達爾文的學說，達爾文的名字不但可以和牛頓的名字相並列，而且他的工作將永遠被看作19世紀自然科學最偉大的成就之一。”
達爾文和華萊士之間讓優先權的故事也在科學史上傳為佳話。
自從發生了華萊士事件後，達爾文也感到不能無止境地搜集材料而拖延書的寫作，同時也因為既然理論綱要已經發表了，那麼詳細的論述也顯得勢在必行。所以，達爾文決定早日出版《物種起源》。達爾文堅持不懈地進行工作，書稿一天天地加厚。在寫作期間，有好幾次到醫生那裏去進行水療，因為水療暫時可以使他振作精神，並保持他的體力。到1859年3月，這本書已接近完成。他泰然並且堅決地反對別人說他是為了名譽而工作。他說：“對於名譽，某種程度上我是重視的，但是，我也很有自知之明，所以，我是由於一種試圖說明真理的本能而進行工作的。”
萊伊爾和虎克也做了大量的工作，幫助達爾文寫作、出版。萊伊爾親自同自己的出版商穆瑞洽談，準備讓他出版達爾文的書，達爾文對這個出版計劃也表示同意。
出版商穆瑞是個虔信宗教的人，據說他讀完手稿的片斷後，曾不屑一顧地說：“這個學說簡直是胡說八道，這簡直如同某個人假定一隻兔子同一個老太婆很順利地結了婚一樣。”但是穆瑞是個精明的商人，他知道達爾文的學說已經引起了廣泛的注意，可以說，人們正熱切地盼望著這本書的出版，因此，這本書的市場潛力是很大的，所以，穆瑞毅然決定出版這本他認為是胡說八道的書。
最初，達爾文建議書名叫《關於通過自然選擇的物種和變種的起源一書的摘要》。可是出版商顯然不喜歡摘要二字，萊伊爾也不同意用自然選擇這個術語。關於自然選擇這幾個字，達爾文無論如何是不肯讓步的。經過反複地協商，書名最後被定為《依據自然選擇的物種起源》。
實際上，達爾文確實把它看作一個摘要。因為達爾文本來構思的巨著的規模要大得多，可是，現實情況迫使他放棄了原先的構思，放棄了原本已動手撰寫的巨著，大大壓縮了敘述內容，減縮了引用的證據和數目。這也是不得已的作法。
這本書的草稿於1859年4月完成，出版商馬上付排，一個月之後，馬上拿出了校樣。但是，達爾文發現校樣中的錯誤太多了，便一絲不苟地修改，出版商說他“幾乎是完全重新寫了一遍。”他力求使文體更清楚，事實更準確，他還把校樣寄給萊伊爾和虎克檢查，充分顯示了他認真、嚴謹的治學態度。
在全力修改的過程中，他的胃病發作，他以堅強的意誌克服自己的病痛。但是，唐恩鎮上發生了一場可怕的猩紅熱傳染病，他的一個心愛的兒子在這場傳染病中死去了。達爾文又要克服喪子的痛苦，他幾乎是在身心交瘁中改完了最後的校樣。
達爾文走出書房，在灑滿月光的林間小路上漫步，樹枝交錯成斑駁的影子，樹葉在微風中嘩嘩作響，剛剛完成的工作使他長長地出了一口氣。總算對自己有個交待，20年了，他的事業，他的青春，全部凝結在這部書稿之中了。它們的命運會如何呢？它會有人買嗎？畢竟這是一部純理論的著作啊！它畢竟背離了傳統，觸犯了《聖經》，他會不會遭受到教會的圍攻呢？那些瘋狂的教士們會不會也像對待布魯諾一樣，把自己推向火刑柱呢？
1859年11月24日，《物種起源》終於出版發售了，當天，第一版1250本就銷售一空，可謂是盛況空前。緊接著，穆瑞又印了第二版3000冊，也被搶購一空。
第一版為什麼如此成功地銷售成功呢？這是有一定原因的。我們曾經說過，在林奈會議期間，大博物學家達爾文將要寫一本新書的消息已經引起了公眾廣泛的注意。而在這一時期，來自被虎克稱為“舊派”學者的反對之聲也陸續出現了。愛爾蘭地質學家霍頓在都柏林地質學會上發言說:“在達爾文和華萊士的思想中，凡屬新鮮的都是不正確的，凡是正確的都是不新鮮的。”達爾文稱這個發言是“未來批評的典範”。就連對達爾文一向支持和愛護的萊伊爾本人也還沒有放棄自己的舊觀點，堅持在物種起源問題上，起作用的是“改善原則”和“適應的初級才能”等原因，他一向對“自然選擇”持含混的態度。所有這些不同的聲音都使達爾文將要出版的這本書蒙上了一層神秘的色彩，加上出版商的大力渲染，所以，出現搶購一空的現象也就不奇怪了。
在購買這本書的人中間，既有普通的讀者，有生物學愛好者，也有教會的神父。神父們研究這本著作，為的是找到他離經叛道的根據，然後再把達爾文送上宗教法庭。然而，無論如何，最根本的原因還在於這本書本身，因為它的觀點實在是太新奇、太不尋常了。
這本書不僅理論新奇，而且還保持了達爾文一向具有的說理清晰、文體優美的特點。他把在環球旅行中產生的思想，經過20年的深思熟慮的艱苦勞動，終於整理成文。這些有條理的思想，時而以簡略的提綱表述出來，時而以係統的敘述表現出來，時而表現為詳細的分析。可以說，整本書就是一個用來論證進化論思想的一個長長的論據，特別是關於自然選擇理論的依據，他從人工選擇入手講起，講到自然選擇和生存鬥爭，還涉及到動物本能、地質學等許多複雜的問題。
達爾文一時一刻也沒有忘記出書的基本目的是讓讀者相信他的理論，因此，每一個結論和前提，達爾文都極嚴肅認真地進行論證，並且用一些實例來證實，反駁各種對理論的異議。
為了使讀者能夠比較容易地抓住本書的思路，達爾文在緒論中就把思路簡介了一番，並說明他是如何劃分章節的，每一章結束時，他都有一個小小的總結，在全書結束時，他又來了一個《複述和結“論》，對全書進行了一次大的總結，使他的論證清晰而有說服力。
更為難能可貴的是，達爾文對自己的理論提出批評，並且是長達幾章的批評，這是本書的又一大特點。達爾文非常誠懇地，毫不隱瞞自己理論的難點，他反而讓自己的對手找出自己理論和結論方麵的弱點，仿佛是他自己在尋找這些難點，並且提出一切可能有的異議。他竭力分析這些異議，努力使難點和自己的理論統一起來。達爾文這本書之所以成功，就在於他遵循了多年來他一直堅持的“金科玉律”，那就是，每當遇見與他的思想相反的看法時，他都如實地記錄下來，一個科學者工作越是誠實，越是對自己要求嚴格，別人想要反對他的思想也就越困難。正如華萊士所指出的那樣：達爾文從來沒有獲得過暫時的成功，但是成功本身卻一直跟隨著他。這本書也成為人類思想史上重要經典之一，是人類思想寶庫中重要的組成部分。至今仍散發著理性的光輝。