這一番話說得讓反對者啞口無言。聽到自己尊敬的師長這一翻鼓勵的話，達爾文十分感動，他說:“謝謝您，萊伊爾先生”
“不過，親愛的查理，我認為你的理論應該早曰公諸於世。”
“親愛的老師，感謝您對我的信任和鼓勵，我總覺得自己還準備得不夠充分，要發表這個理論還為時過早。”
“不，查理，你為你的理論已經作了近20年的準備，人的生命是有限的，單憑一個人的力量是無法把一個理論完善的，你發表出來，也可以讓更多的人去研究，豐富和完善它。否則，別人也許會走到你的前麵去的。”
“是的，查理，如果按你自己那嚴格的標準，恐怕再過幾十年，你也無法完善它，或許這一天在你有生之年也不會到來的。”
達爾文聽從了朋友們的勸告，準備著手著述《物種起源》一書。他將20年來的研究進行了充分的闡述，資料豐富而翔實，規模比原先設想的大得。
萊伊爾和虎克一再警告他早日動手，恐怕有人走到了達爾文前頭，從而失去了理論的優先權。達爾文不願意僅僅為了取得理論的優先權而寫作，但他也願意把自己的理論好好整理一下發表。可是，萊伊爾擔心有人會走到達爾文前麵這一預見實現了。
有一名僑居在南太平洋馬來群島的英國青年科學家華萊士，他寄給達爾文一份他寫的論文，題目是《論變異無限地離開原型的傾向》。達爾文驚訝地發現華萊士的觀點同他研究了20多年的自然選擇理論十分相似，甚至連所用的詞語都很接近。
達爾文一遍遍地閱讀了華萊士的論文，心亂如麻。他給萊伊爾寫了一封信：“親愛的萊伊爾，您說別人會搶在我前頭，這已經證實了。當我很簡略地向你解釋我們的自然選擇和它依存於生存鬥爭這一事實時，您曾說過這樣的話。我從未見過比這更為驚人的巧合了：即使華萊士手中有過我1842年寫出的那份草稿，他也不會寫出一個比這更好的簡要了。他用的術語甚至可以用作我文章的標題。草稿寄給你看，他沒有請我幫他發表，當然，我要寫信給他，讓他寄給任何一家雜誌去發表。因此，我的原著，不管它的內容怎樣，都將被毀掉，雖然我認為我的著作-點也不遜色，因為那是我畢生精力的結晶。好了，我很希望您能讚成華萊士的草稿，因為他曾讓我告訴他您對草稿的意見。”
顯然，達爾文是懷著痛苦的心情寫下這一切的，想到自己一生勞動的結晶付諸東流，怎能讓人不難過呢？達爾文顯然經過了痛苦的思索才能做出把理論的優先權讓給華萊士的決定。或許是華萊士把草稿寄給達爾文這件事束縛住了他。
達爾文怕自己在華萊士發表論文以後，自己再出版著作，會形成一種是他抄襲華萊士著作的印象。後來，達爾文想：理論的優先權問題畢竟隻是一個虛名，如果這個理論能為人類做出一些貢獻，是誰發明的又有什麼關係呢？華萊士應該是我誌同道合的朋友，我為什麼要為他的出現而苦惱呢？
萊伊爾接到達爾文的信後，立即同虎克趕到唐恩莊園，他們見到達爾文後，譴責達爾文對待這件事上輕率的決定。
“關於華萊士的事，我近來確實想得很多，不過，現在我已經決定把發明的優先權歸華萊士所有。”
“可是，這對你太不公平了。”虎克搖著頭說。“你為此費了20年的心血，你不能眼睜睜地看著華萊士把榮譽搶走。”
“嚴格地說，華萊士並沒有從我的手中搶走任何東西，因為他的工作完全是獨立完成的，並且做得非常出色。”
“那最起碼也算是殊途同歸吧。”虎克耐心地說。“我在十幾年前就見過你的綱要了。你並沒有任何抄襲他的地方，最合理的作法就是把你們的文章同時發表。”
“對，這是我和虎克共同商量的解決問題的量佳方案”。萊伊爾說。
“不，我這樣做是不名譽的，人家會指著我後背說我是卑鄙的。”達爾文反對道。
“查理，這還不僅僅是個優先權的問題。我們認真考慮過，如果你們的文章一起發表，無疑會壯大你們的聲勢，最少，你們可以聯合起來反對你們的論敵，這對進化論本身是一件好事，你可不要在小事上計較，因小而失大啊！況且，我們也要尊重事實，因為我們目睹了你辛勤的工作。”
達爾文聽後動心了，他說：“好吧，我同意把論文一同發表。其實，華萊士的論文盡管和我的極其相似，但有一點是不相同的，那就是我是從家養動物的人工選擇中得出自己的觀點的，並把選擇的原則應用到自然界。而華萊士的論文則是從斷定在家養狀況下得到的變種或多或少是不穩定的，並且是自然地經常性地表現出要返回原始物種的正常態這一點出發的。在這一點上，我們是有根本的差異的。“既然如此，那就更能證明你理論的獨立性了。”虎克說。
“還有，最好在發表論文時把我的情況附一個簡短的聲明，以便……”
“好了，你放心吧！這一切都由我來安排就是。”虎克拍著胸脯說。
1858年7月1日，英國林奈學會同時宣讀了華萊士和達爾文的論文。兩人的論文分別由人代讀，萊伊爾和虎克也作了簡短的發言。兩人的文章引起了到場眾多科學家的興趣，人們壓低了聲音討論著這個題目，並沒有人提出什麼反對意見。但是，虎克知道，這並不表示好多舊派學者同意這一觀點，而是這個問題對他們來說太新奇了，他們一時還沒有充足的心理準備來反對它，或許，沉默中蘊含著爆發。
林奈學會的會議記錄以及華萊士和達爾文的論文在8月份的學會雜誌上發表了。可是，與整個這一事件相關的華萊士，對此事還一無所知，因為他遠在馬來西亞，英國的消息傳到那裏需要很長時間。為此，達爾文一直覺得內心不安，虎克就以自己的名義給華萊士寫了一封信，說明了他們是怎麼安排的，為什麼這樣安排。經過了這件事後，虎克開玩笑說：“自然選擇學說就像一劑泄藥，對虎克不可變化的腸子發生了作用。”也就是說，使他徹底拋棄了物種不變的舊觀點，堅決地站到了達爾文一邊。
達爾文也給華萊士寫了一封熱情洋溢的信，對他表示了欽佩和祝賀，對他的論文給予了很高的評價，並且說：“對於你文章中的每一個字，我幾乎都是表示同意的。如果有著可欽佩的熱情和精力的人應該得到成功的話，那麼您就是最應該得到成功的人。”
當華萊士得知了整個事情的經過以後，他為達爾文幾次謙讓理論優先權的高尚人格所感動，他也表示出了很高的品格。他說：“我對達爾文先生無比崇敬，在我的研究道路上，他曾經給予了我很多關心和很大的幫助。當我還是一個匆忙急躁的少年時，達爾文已經是個耐心的、下苦功的研究者了。他勤勤懇懇地搜集證據，來證明自己發現的真理，而不是為了名利去提早發表不成熟的理論，這是令人敬佩的真正的科學精神。”