還是在1864年11月，英國皇家學會授予了達爾文柯普雷獎章，這是英國科學界的最高榮譽，這表明英國學術界已經有了認識上的轉變。他收到了許多祝賀信，他雖然不太在意這個獎章，但對進化論來說，這是贏得聲譽的一件事。隨著鬥爭朝著越來越有利於進化論的方向發展，達爾文認為，在神學家們特別反感的人類起源問題上，進行公開宣戰的時機已經到來了。
關於人類起源問題，是達爾文探討已久的問題，也是一個大難點，在這一點上，他同甚至是同一陣營裏的華萊士的看法也不盡相同。華萊士的觀點也促進了達爾文的研究，使他運用性選擇的原則來研究人類起源的問題。
1871年，達爾文的《人類的起源》一書出版。這本書通過大量的事實資料和嚴謹的分析，確定了人在自然界、在動物體係的地位。對後世的學說產生了巨大的影響，也為勞動創造了人本身這一科學論斷的出現作了準備。
這本書也獲得了無可置疑的成功，初版2500冊很快被搶光，盡管它最初因觸動人們內心深處那些觀念而遇到過反對，但是，時光卻並未湮沒它的價值與光彩。
在達爾文生命中最後的年代裏，他成為舉世聞名的大科學家。曾經激烈反對過他的世俗社會，現在也願意和他表示和解了。各種榮譽像雪片似地飛到他的頭上，他成了英國、法國、德國、美國、意大利、俄羅斯、印度等國70多個科學協會、大學的名譽會員、名譽教授，或者是什麼名譽院士，多得連他自己也數不清。他還被授予了五花八門的各種博士稱號：什麼醫學博士、外科學博士，劍橋大學還授予他名譽法律博士的稱號。
達爾文的名字也變得值錢起來，許多人拿他為自己臉上貼金。他還被封為德國普魯士騎士團的騎士。更讓他感到好笑的是，法國科學院植物組選他作通訊院士。達爾文自己說：“我感到這是一個不小的笑話，我在這方麵的知識少得可憐，僅僅知道雛菊屬於菊科，豌豆屬於豆科之類的東西吧！”況且，這個科學院曾經激烈而又堅決地反對過他。
林奈學會用他的肖像來裝飾會所，意大利皇家學院為他頒發獎金。幸好達爾文十分清醒，從來就不為之所動，也不把虛幻的名聲放在心上。他功成名就之後，有許多人來和他爭自然選擇學說的發明權。有一個叫馬修的人，寄給法爾文一本自己的《造船木材和植樹》著作，達爾文認真翻閱後認為，馬修的書裏確實存在著一些自然選擇的意思，他便在文章中予以承認。
但是，當以前那個曾經是朋友，又曾經成為敵人的歐文教授也來爭奪自然選擇的發明權時，對他的無恥行為，達爾文毫不客氣地予以迎頭痛擊：“至於自然選擇學說的發表，歐文教授是否在我之前，那不是要緊的事。因為遠在我們之前，還有兩個叫馬爾斯和馬修的人。”
他獲得的各種獎章，他總是隨便地塞到抽屜裏。
有一天，他最喜歡的小孫子安納德拿著一個金光閃閃的小牌子走過來，在手裏一扔一扔地玩著。愛瑪看見以後，一把把小牌子奪過來，厲聲說道：“你從哪裏拿來的！”
小孩子被奶奶的神色嚇壞了，結結巴巴地說：“我是在爺爺書房裏找到的。”
愛瑪轉身對達爾文說：“查理，這是柯普雷獎章啊，你怎麼能把這麼珍貴的東西在房間裏隨便亂放呢?”
達爾文笑著接過獎章看了一看，向孫子招了招手說：“過來，爺爺送給你，快去一邊玩吧。”然後，他對愛瑪說：“這不過是一個小牌牌而已！我看它做個玩具倒是最合適的。我認為，頒給我真正獎章的是我那些親密的朋友們，是赫胥黎，虎克他們，而不是什麼英國協會和這個小圓牌。”
這最後的幾年，隨著進化論學說的勝利，病魔也仿佛向達爾文避讓三分了。糾纏他幾十年的疾病突然有了好轉，他的身體也莫名其妙地好了起來。他們住在唐恩莊園的家中，享受著平靜的生活，更重要的是他又能比較穩定地進行工作了。
達爾文在身體好轉以後，又把注意力放到研究工作上來，他的視野更開闊，興趣更廣泛，思想也更成熟了。他做了大量的實驗，在他的研究中，人們逐漸發現，他熱心於實驗一些大多數人絲毫不願意實驗的東西。他往往自嘲說他進行的是“愚人的實驗”。但往往是從這些看似無價值的東西中，他獲得了常人意想不到的驚人成果。