孫傳庭說得清楚，關中的秦軍人馬不下兩萬，又有西安城可以憑借，實在難攻。自己的三萬人馬，絕不可能殲滅之。當務之急，是調來山西河南等地的兵馬，全力圍攻。
同時他在奏折上寫道，請朝庭另派甘肅人馬，去拖住白起，不讓他到西安來解圍，隻要能斷了這個外援，他就有足夠的把握，將秦軍困死在西安。
這封奏折貼上了六百裏加急的雞毛，飛一般送到了北京。
崇禎看過之後，立時照準，他命令兵部統一調兵，前往西安城，同時令孫傳庭總督這些人馬。
於是山西，河南，直隸的人馬，開始一批批向關中進發。
此外崇禎還下令洪承疇，讓他帶領本部人馬，在河南加緊圍剿李自成與張獻忠等部，絕不能讓他們進入關中，與秦軍聯手。
一時間，北方大地上，官道之間，無數支官軍在行進，他們的目的地都是一個地方，關中，西安。
大戰在即，一觸即發。
而這個時候，農民軍方麵，卻是一片哀歎之聲。
高迎祥的死，對於農民軍的打擊實在太大。幾年以來，高迎祥一直是農民軍的主心骨，不光是他的人馬多，名聲大，高迎祥的為人，也是令大家十分服氣的。他不貪財，不好色，有了戰利品，也不和別的農民軍搶，有時看到別部農民軍窮困，還經常分出一些財物來，救濟他們，因此，高迎祥在農民軍中的威望，無人可及。
而僅僅半月之間，高迎祥便敗死於孫傳庭之手。
這件事情，不光農民軍想不到，恐怕連朝庭也想不到。事實上，天下隻有孫傳庭與範雎，子義想到了這件事。
此時高闖王已經沒了，但是農民軍還得繼續生存下去。
高迎祥的部將郝搖旗帶著兩千多人馬，衝出了子午穀，進了秦嶺去打遊擊，另外的一些人眼見高迎祥被擒，然後便投降了孫傳庭。
郝搖旗在秦嶺中轉了幾天，見沒有官軍跟來，自己暫時安全了，這才派人去打探高闖王的情況，不想探馬回報說，高迎祥已經被孫傳庭生擒，押送北京了。
聽到這個消息，郝搖旗立刻整頓人馬，又一次走進子午穀。這次他是由北向南走，官軍已經撤走，穀裏十分平靜，郝搖旗走到黑水峪，發現了前幾天的舊戰場，草叢間仍有殘缺的屍體，亂石間滿是破旗與死馬刀槍。
郝搖旗沒有功夫慨歎這些，他兵出子午穀，想去截奪高迎祥。
可是子午穀實在難行，郝搖旗走了十天，才從穀中出來，再一打聽，高迎祥已經被送到北京，崇禎下令，將高迎祥處以磔刑，這個時候的高迎祥，已經在北京的西市英勇就義了。
郝搖旗聽到這個消息，立時大叫一聲，口吐鮮血，暈倒在地。
兩邊的親兵連呼帶叫，將他救醒，郝搖旗放聲大哭，他這條龍精虎猛的漢子，一哭起來，真的是驚天動地，鬼神皆驚。
想到高闖王平素的好處，兩千多人沒有一個不哭的。
郝搖旗哭了半晌，突然一抹眼淚，跳了起來，大吼一聲：“都別哭喪了，把刀槍給老子拿起來，咱們找官軍拚命去。”
於是這兩千多人像兩千頭瘋牛一樣，一連攻破了三個縣城，郝搖旗手下人的軍紀一向不太好，因此攻破縣城之後，他便開始屠城，將每個縣城中的富戶全部殺死，凡是當過官的人，一律五馬分屍。
郝搖旗像瘋了一樣亂衝亂撞，沒有章法，因此在南陽的鄧州一帶，被官軍包圍，他手下的兩千人馬拚死突圍，終於突了出去，但損失慘重，隻剩下不到五百人馬。
突圍之後，郝搖旗終於打聽到，李自成就在許昌附近，於是他便率領殘兵，找到了李自成。
這個時候，李自成也已經得到了高迎祥的死訊，他與高迎祥本是親戚，又是義氣相投，因此高迎祥的死，讓李自成最為傷心。一連幾天，李自成天天痛哭，軍中也一片哭聲。
高迎祥的敗死，對李自成部產生了重大影響，高傑便投降了孫傳庭，這對於李自成又是一次打擊。高傑是個難得的將才，這次投降了孫傳庭，日後一定成為農民軍的勁敵。
幸好這個時候，郝搖旗前來投奔了，多少令李自成感覺到一絲安慰。
李自成明白，這個時候，官軍的士氣正旺，自己若是再孤軍奮戰，一定會陷入越發不利的狀況。於是李自成開始有意識地向其他幾部農民軍靠攏。
其他的幾部農民軍，有張獻忠帶著闖塌天等人，在滎陽附近，羅汝才與老回回等幾部，在商丘活動，於是李自成給幾部農民軍送信，讓大家一起行動，最好不要離得太遠，以免被官軍分頭擊破。