近年來，隨著對中國哲學研究現狀不滿的加深，中國哲學的合法性問題也成了研究者持續關注的話題，甚至被某些刊物評為2003年十大熱門學術話題。對研究現狀的不滿導致對其合法性問題的討論，本身就說明了中國哲學學科的特殊性。這種特殊性在於，與文學、史學等學科不同，中國人是在接觸了西方文化後，才知道有“哲學”的。
在中國傳統學術中，本沒有“哲學”一詞。漢語“哲學”一詞是日本哲學家西周的發明，他在他的《百一新論》（1874）中首先用“哲學”來翻譯philosophy一詞，但同時特別聲明：他用它來與東方的儒學相區別。直到1902年中國人才在《新民叢報》的一篇文章中第一次將“哲學”用於中國傳統思想。用是用了，卻並未解決一個真正的問題：中國傳統思想中有可稱為“哲學”的東西嗎？
在有些西方人看來，答案是否定的。胡塞爾在他的維也納演講中就否認中國有哲學。伽達默爾也認為遠東文化中那謎一樣的沉思與智慧與西方哲學不是一回事。理由是哲學是希臘人創造的一種非常特殊的東西，有其特殊的形態、內容、概念和問題。中國人自己一開始也這麼看。王國維是中國最早研究西方哲學的人之一，也是那個時代西方哲學造詣最深的中國人之一。他在《論哲學家與美術家之天職》一文中，根據自己對西方哲學的理解，檢討中國傳統，發現在中國“凡哲學家無不欲兼為政治家”，故“我國無純粹之哲學，其最完備者，唯道德哲學，與政治哲學耳。至於周、秦、兩宋間之形而上學，不過欲固道德哲學之根柢，其對形而上學非有固有之興味也。”[1]雖然王國維在這裏並未直接否定中國傳統有哲學，但從整篇文章的上下文來細細玩味，不難發現他至少是在暗示中國並無嚴格意義（即西方意義上）的哲學。
然而，當時日漸高漲的文化民族主義思潮不會允許承認這種重要的文化闕失。“國粹”派健將劉師培在其“中國哲學起源考”中就不管三七二十一，把中國的思想傳統叫做“哲學”，認為中國古人的哲學與歐洲的哲學完全相似。秉著同樣的思路，謝無量在1916年出版了第一部中國哲學史，在該書前言中他寫道，雖然“哲學”一詞是從西方來的，但“道”是普遍和統一的。他把自然科學等同於中國傳統中的“方術”和“技”，而把“哲學”等同於中國傳統的儒學。雖然他的寫法完全是傳統的：大段的引文，少量的疏解和評論；但他卻按西方哲學的普遍做法把哲學分為形而上學、知識論和倫理學三部分。
隨著胡適、馮友蘭這些在西方學哲學的學者回國，情況略有改變。這些人一般都認為中國傳統有哲學，但與西方哲學並不完全一樣。但由於“哲學”概念本身是從西方來的，他們不能不用西方哲學的模式來發掘和整理中國哲學。