董卓被殺，朝廷上下一片歡騰。董卓禍國殃民的行徑，激起了天下人們的極度痛恨，鏟除董卓，不僅順應時代潮流，而且合乎天下民心。它的意義不僅僅隻在於謀殺董卓一名國奸臣，而且還深刻影響著東漢末年的曆史進程。司徒王允，用自己對朝廷的赤誠和一身正氣贏得了鏟除董卓鬥爭的勝利和世人的稱讚。
董卓被殺後，王允“祿尚書事，總朝政，遣使張種撫慰山東”
居功自傲回天無力
作為誅殺國賊的首要功臣，王允自然少不了朝廷的嘉賞和廣大人民的稱讚。於是，王允態度開始發生改變，似乎有些飄飄然起來：“連董卓這樣不可一世的大奸賊都死於我的手下，我還有什麼可懼怕的呢？”他便對任何人、任何事情都無所謂，毫不在乎，甚至居功自傲。“及在際會，每乏溫潤之色，杖正持重，不循權宜之計，是以群下不甚附之。”每當群臣集會，王允很少像以前那樣和大家推心置腹，共同商討權宜之計，而是正襟危坐，麵無和悅之色。慢慢地，群臣也不再像以前那樣推崇和擁護他了。
當朝文學家蔡邕曾是董卓的舊臣，當聽到董卓被殺的消息時，蔡邕正好和王允在一起。當時，蔡邕感到很突然，不禁臉色大變，不由自主地發出一聲歎息。王允勃然大怒，嚴厲指責蔡邕：“董卓是國家的罪人，禍國殃民的罪行不可饒恕，你身為天子臣民，應該從大局考慮，從國家出發，共同聲討國賊，不想你念及他對你的一點私人恩惠，竟然為他感到痛惜，這難道不是與董卓同一鼻孔出氣嗎？”說完，便不容分辯，立即將蔡邕押至廷尉處問罪。蔡邕有口難辯，但作為文學家和史官，他為了完成自己未完成的事業，繼續寫成漢史，便陳辭謝罪，自己願意承受刺劍削足的酷刑以保全餘生。士大夫們都十分同情憐憫蔡邕的遭遇，設法營救蔡邕，可毫無結果，太尉馬日蟬專程前往王允住處，替蔡邕說情：“伯昭(蔡邕字)是難得的曠世奇才，學問淵博，見多識廣，特別是對本朝故事了解頗多，應當給他機會，讓他繼續寫成史書；況且伯昭以忠孝聞名於士大夫之中，現在以莫須有之名給他判罪，恐怕有失眾望，不服人心吧！”王允根本不聽勸告，反駁馬日蟬說：“先前漢武帝不殺司馬遷，讓他寫成謗書，流傳後世，現在國事衰敗，社會上缺乏時代精神，不能讓蔡邕像司馬遷那樣，毀謗和誣蔑幼小的天子，因為這既對神聖的道德教化毫無益處，而且還使我們這些人遭到批評和指責！”馬蟬無奈，隻得退出，感慨地對別人說：“王允這種作法恐怕不行吧！善待人才，這是一個國家得以維持和發展的命脈，而讓國家經典得以流傳，則是重視國家製度和創作的保障。如今，像王允這樣不重視賢才，切斷國家的命脈，阻礙國家經典的流傳，難道能維持久遠嗎？”可憐蔡邕最後冤死獄中。之後，文武百官和士大夫對蔡邕的死議論紛紛，王允這才真正明白蔡邕的確罪不及死，後悔莫及。
董卓死後，王允在如何安排和處理他的舊部時，反複無常，態度極不慎重，而這正是王允最後走向滅亡的最重要和最直接的原因。他先是想全部赦免董卓的部下，可繼而又對群臣解釋說：“本來，他們是沒有罪的，隻是身不由己，跟隨董卓，所以不得已聽從董卓差遣，犯了錯誤。現在如果給他們突然加上惡逆的罪名，而且特定赦免他們，恐怕反而使他們猜疑恐懼，心理承受不了，所以，赦免他們無罪不是使他們安心的上上之策，還不如讓他們承受懲罰。”涼州兵是董卓的嫡係部隊，戰鬥力強，而且對董卓最忠心。董卓死後，如何處置涼州兵，是關係王允本人和東漢政權的大事。王允企圖削奪涼州兵將領的兵權，取締全部涼州兵，並且計劃利用關東兵去控製他們。可是後來有人對王允說：“涼州兵素來害怕袁紹，畏懼關東兵，而今，如果派關東兵去解散他們，涼州兵人人都會擔心性命不保，這樣，很容易引起兵變和混亂。還不如任命皇甫義真為將軍，去擔任涼州兵的統帥，並讓他長期留在那兒，以便安撫軍心。”王允堅決反對：“這樣絕對不行，關東兵是反董卓的義兵，與我們是同一條路線，現在董卓已死，如果繼續把他們屯駐在險惡之地，雖然安撫了涼州兵，但是關東兵將領會疑心我們不重視他們。”
涼州百姓聽到王允想解散涼州兵的風聲後，便到處傳言，說王允要殺掉所有涼州人，一時之間，整個涼州人心惶惶，一片驚慌。涼州兵將領本來就成了驚弓之鳥，對自己的前途深感憂慮，當他們得知王允要削奪他們的軍權，解散涼州兵的消息後，更是驚慌。絕望的涼州兵尋思：反正是一死，不如死個痛快。於是他們迅速召集軍隊，嚴陣以待，準備見機起事，並且互相傳告：蔡邕隻不過受了董卓的一點厚遇而已，王允便不分青紅皂白地把他殺了。對於我們，不僅沒有絲毫赦免的意思，反而想剝奪我們的兵權，置我們於死地。我們除了聯合起來，別無選擇。
當時，涼州軍中最有影響和實力的將領是李催和郭汜。他們將所有涼州兵集合起來，誓師進發都城長安。東漢官兵不堪一擊，不久，李催、郭汜的部隊便攻陷長安。呂布慌忙領兵出逃，在青鎖門停住，招呼王允一同逃走。王允斷然拒絕，對呂布說：“如果天子祖先在天有靈，能賜福社稷，保佑我們的國家平安無事，我就心滿意足了。如果這一願不能實現，我願意獻出自己的生命，以死來報效朝廷。皇上年紀幼小，少不更事，隻能靠我們來輔助他。國家遭受如此災難，如果棄下皇上，隻顧自己逃命，我實在是不忍心。況且，我身為宰相，不僅不能使國家平安無事，反而導致逆賊的反叛，我的責任重大啊！請你出城以後，多多鼓勵關東豪傑，要常常念及皇上！”說完，便扶著獻帝逃到宣平城樓。李催、郭汜追到宣平門下，叩頭便拜。漢獻帝壯起膽子詢問道：“你們目無王法，作亂京城，到底打算作什麼？”李催回答說：“董太師對陛下忠心耿耿，卻無緣無故遭人殺害，我們隻想替太師討回公道，不敢造反。等到捉拿處決凶手後，我們願意接受審判。”王允二話沒說，向漢獻帝行了最後的君臣大禮，便隨士兵走下了城樓，李催、郭汜命令手下當場將王允處決。
王允死後，“天子感慟，百姓喪氣”。遷都許昌後，漢獻帝思念王允的忠貞氣節，便改用隆重的殯禮重新安葬王允，還特意派虎賁中郎將“奉策吊祭，賜東園秘器，賜以本官受綬，送還本郡”。後來，又封王允的孫子王黑為安樂亭侯，食邑300戶。
王允的坎坷一生中，另有一件事情也值得提及：即他對漢代圖書、檔案等文化典籍的收集和保護。董卓遷都長安時，王允特意把蘭台、石室兩個藏書館所藏的圖書和檔案全部收集整理，用箱子運往長安。“諸藏典策文章，寬共部散，其縑帛圖書，大則連為惟蓋，小乃製為滕囊。”後來，王允又收集了漢朝其它書籍，一律上奏珍藏，“經籍具存，允有力焉”。
東漢王朝的最終滅亡是不可逆轉的曆史必然趨勢。處於這一具體曆史背景下的王允，滿懷挽救危難局勢的才能和雄心，並不斷努力奮鬥。他殺賊有功：不僅穩定了政權，而且還在一定程度上緩和了東漢末年諸多危機的總爆發。然而，在繼續恢複大漢雄風的努力過程中，王允失敗了，除了客觀上不可抗拒的原因之外，也有他本身的主觀失誤。雖然東漢王朝最終逃脫不了傾覆的命運，但是，王允在力圖改變這一命運的過程中所起的緩衝作用，卻是不容忽視的。