教育部北大在誄詞中有“當中西文化交接之際，先生應運而生，集中西文化於一身；其量足以容之！其德足以化之！其學足以當之！其才足以擇之！嗚呼！此先生所以成一代大師歟？”周恩來送挽聯：“從排滿到抗日戰爭，先生之誌在民族革命；從五四到人權同盟，先生之行在民主自由。”毛澤東特發唁電：“學界泰鬥，人世楷模”。
蔡元培培植家鄉青年不遺餘力，先後主辦過紹郡中西學堂、紹興府學堂、越郡公學、明道女校，曾任稽山中學名譽校董。紹興城區筆飛弄有蔡元培故居，今建為紀念館，列為浙江省重點文物保護單位。並新建“元培小學”、“元培中學”以示紀念。遺著輯有《蔡元培全集》。《中國近現代人名大辭典》有錄。（中共紹興縣委宣傳部供稿）
蔡元培是20世紀初中國資本主義教育製度的創者。他明確提出廢止忠君、尊孔、尚公、尚武、尚實的封建教育宗旨。倡導以軍國民教育、實利主義教育為急務，以道德教育為中心，以世界觀教育為終極目的，以美育為橋梁的資產階級民主主義的教育方針，初步建立了資產階級的新教育體製。
蔡元培的教育實踐多在高等教育方麵。他任北京大學校長時，提出大學的性質在於研究高深學問。他提倡學術自由，科學民主。主張學與術分校，文與理通科。將“學年製”改為“學分製”，實行“選科製”，積極改進教學方法，精簡課程，力主自學，校內實行學生自治，教授治校。他的這些主張和措施，在北京大學推行之後，影響全國，以至有人稱他為自由主義教育家。
蔡元培也很重視勞動教育、平民教育和女子教育。他在北京大學辦校役班和平民夜校，在上海創辦愛國女校。蔡元培對近現代中國教育、中國革命作出了不可磨滅的貢獻，主要是：
1．自蔡元培始，中國才形成了較完整的資產階級教育思想體係和教育製度。
2．他的“思想自由，兼容並包”的主張，使北大成為新文化運動的發祥地，為新民主主義革命的發生創造了條件。
3．為中華民族保護了一批思想先進、才華出眾的學者。
蔡元培名言
“我們教書，是要引起學生的讀書興趣，做教員的不可一句一句或一字一字的都講給學生聽，最好使學生自己去研究，教員不講也可以，等到學生實在不能用自己的力量去了解功課時，才去幫助他。”