一九三二年十月十五日晚，患病在家休養的陳獨秀最後一次被捕。被捕後，打電報給國民黨中央當局要求“嚴懲”、“處極刑”、“明正典刑”、“迅予處決”的，有新疆省主席金樹仁、湖南清鄉司令何健，以及國民黨許多省、市、縣、鄉的“黨部”等單位。同時，江西瑞金出版的“中華蘇維埃共和國臨時中央政府機關報”《紅色中華》以“取消派領袖亦跑不了，陳獨秀在上海被捕”為標題，幸災樂禍地發表消息。這也許是三十年代初國共兩黨擁有的唯一共識吧。兩個自稱革命的政黨都欲把這顆“中國革命史上光焰萬丈的大彗星”(傅斯年語)除之而後快，真是耐人尋味。《紅色中華》發表多篇社論，稱“陳獨秀叛黨以後，投降到資產階級去作走狗，充‘反共’先鋒”。而《中央日報》亦發表社評，宣稱“反對並圖顛覆國民黨者，即為叛國”。相映成趣。
“悠悠道途上，白發汙紅塵，滄海何遼闊，龍性豈能馴。”陳獨秀是革命家而非政治家。政治家是無人格無人性無人情的，而革命家則是單純而天真、固執而頑強的俠客和文人的結晶體，亦即葛蘭西所說的“哲學的實踐者”。陳氏在法庭上慷慨陳詞：“弱冠以來，反抗清帝，反抗北洋軍閥，反對封建思想，反抗帝國主義，奔走呼號，以謀改造中國，實現自由社會。”他的熱情從未冷卻，難怪比他小得多的胡適也羨慕他的“年輕”。學生傅斯年談論世界大勢，悲觀地說：“十月革命本來是人類命運一大轉機，可是現在法西斯的黑暗勢力將要布滿全世界，而所謂紅色變成了比黑色勢力還要黑，造謠中傷、傾陷、慘殺……我們人類恐怕到了最後的命運！”陳氏卻堅定地說：“即使全世界都隱入了黑暗，隻要我們幾個人不向黑暗附和、屈服、投降，便能夠自信有撥雲霧而見青天的力量。”
《獨秀文存》是本世紀中國最有魅力的文集之一。一九三九年，周恩來等勸陳去延安，當時中國中央想把陳弄到延安養起來，不讓他在外邊胡鬧。但陳拒絕了。他說，大釗死了，延年死了，黨中央裏沒有他可靠的人了，“他們開會，我怎麼辦呢？”結果不歡而散。中國領袖們沒有讀過《獨秀文存》，他們沒有看透陳獨秀：誰也無法把他“養起來”。同樣的道理，今天成千上萬的被“養起來”的文人們，能指望他們寫出什麼樣的文字來呢？
晚年在江津的生活是淒苦的，但卻是自由的。蔣介石的資助被他拒絕，胡適建議他去美國寫自傳也被拒絕，他隻接受北大同事和學生的幫助，晚年陳氏所做的有兩件事：一是重估一切價值，“將我輩以前的見解，徹底推翻”。老人一般都是知錯不改的，陳獨秀卻截然相反。他對早年所信奉的“主義”進行了全盤的反思和清理。這種否定自己的勇氣是最可貴的。
另一項工作是語言文字學研究。陳氏最後一本著作是《古陰陽入互用倒表》。二十世紀後半葉，語言學在人文科學中成為顯學，思想的突破首先在語言學中實現，若幹思想巨匠都是語言學家，如維持根斯坦、海德格爾、福柯、羅蘭。巴特、哈貝馬斯……陳獨秀選擇語言學，並非陶淵明式的、尋找一條自適之路、一處溫馨的桃花源，而是與他登上新世界的屋頂散發傳單的行為一樣——高屋建瓴。天地大氣的分合洶湧，隻有真正的“龍”才能體驗到。整個二十世紀，中國人過的都是“蟲”的生活，有幾個稱得上“龍”的人呢？