“貝格爾”號艦長羅伯特·菲茨羅伊的一些不大走運的同行常說，他之所以能在海軍中扶搖直上，主要是因為他的家庭背景，以此他才被海軍部的上司看作是一個非常出色的軍官。
他是查理二世和克利夫蘭公爵夫人巴巴拉·維利爾斯所生的私生子的後裔。他的祖父是第三位格拉夫頓的公爵，他的父親查理·菲茨羅伊勳爵是一個非常著名的將軍。可他在別人麵前談到祖先時總是極其謙虛。雖然他有權在名字前麵加上“尊敬的”這個稱號，但他卻從來不用。他於1805年7月5日出生在距伯裏·聖·埃德蒙茲不遠的安普頓莊園，1819年加入海軍，在26歲那樣年輕的年齡就升為艦長了。亨斯羅教授家住在伯裏·聖·埃德蒙茲附近，他多年來一直是菲茨羅伊家的親密的朋友，總是非常關注羅伯特的事業。
1828年，羅伯特·菲茨羅伊還是一個海軍上尉的時候，就奉命乘英艦“探險”號勘察巴塔哥尼亞和火地島海岸。所以現在英艦“貝格爾”號去考察的地區，對作為該艦指揮官的他來說並不生疏。如果他生活在當今科學高度發達的時代，很可能被任命為搞科學研究的軍官，因為他不僅是一個能幹的海員，而且還有地質學和氣象學方麵的專業知識。1854年他被列入半退休的名單之後不久，被分配到商業部任職，在那裏他把大部分時間都用在研究氣象學和改組救生船隊的工作上了。他發明了既廉價又非常準確的“菲茨羅伊氣壓計”，創立了暴風雨警報係統，後來變成我們現在每天的天氣預報。
“貝格爾”號是菲茨羅伊頭一次指揮的軍艦。與20世紀航行於英國和南美之間舒適的遠洋輪相比，“貝格爾”號就顯得非常簡陋而又落後了。這艘英國皇家軍艦，在泰晤士河口南岸武利治船塢建成下水，是專為在風浪最大的海洋上航行而建造的。以前也有過兩艘，連續采用“貝格爾”為名，意思是“小獵犬”，現在是第三艘同名的軍艦。船麵甲板長27米，排水量235噸，最大寬度約7米。有供44個官兵居住的艙室。在吃水線以下有足夠的地方貯存供海上航行6個月用的食物和淡水。在上層甲板上，主桅與船尾之間有兩隻很大的救生艇放在滑動墊木上，在艦的中部還有一隻小艇。
艦身木材用桃花木，堅實潔淨，外表美觀。這種樣式的船，被稱為“十門炮式橫帆雙桅船”，綽號叫“棺材”，或稱“半淹岩礁”，而船員戲稱為“小潛水鴨”。它原是方帆雙桅船，1825年改裝為三桅橫帆船，配備6門大炮。1826至1830年，“貝格爾”號初次參加測量工作，隨同“冒險號”去南美洲，由艦長菲力普·派克·凱恩率領。當時“貝格爾”號的指揮官是普林格爾·斯托克斯，但他在這次航行的中途自殺，改由菲茨羅伊指揮。船上裝置時計24座，作測量經度用。這次航行，海軍部注冊海員人數為34名，仆人6名，達爾文和3名火地島土著人則是額外乘客。這3名火地島土著人是1830年由菲茨羅伊帶回英國的，教以衣著和文化知識，這次將他們帶回教化土人。達爾文在艦上作為艦長的賓客，艦上軍官稱他為“親愛的老哲學家”，大家又稱他為“捕鳥專家”。
分配給達爾文的艙室還是比較寬綽的。艦長的艙室設在主甲板的尾部，擺設得很好而且非常舒適。此外還有一個更大的船尾樓艙，如果天氣不太好的話，他白天可以在那兒工作，不會受到幹擾。
在9月的第二周，菲茨羅伊在倫敦與達爾文初次見麵，他自己說達爾文沒有給他留下深刻印象。而幾個月以後，他們卻成了好朋友。他在對達爾文說起此事的時候承認，他當時被這位年輕人的鼻子形狀弄得沒有信心了！
“我確信靠相麵能判斷一個人的性格，”他說道，“有一段時間，我認為長著這種鼻子的人絕不會具備我們這次航行所必需的精力和決心。”
實際上菲茨羅伊是因為不了解達爾文的性格，知道他是“民權黨員”，而自己是保守黨員，擔心達爾文上船後，見到他的專斷行為而鬧翻誤事。所以，在第一次見麵後對達爾文參加航行婉言謝絕。但後來因為時間緊迫，而且看起來不可能找到另一個願意擔負這項任務的人，菲茨羅伊最後才同意帶上達爾文。
菲茨羅伊的性格是非凡的，具有很多高尚的品質，忠於職守，極其慷慨，勇敢堅決，有不屈不撓的毅力，而且是他的所有部下的熱心朋友。為了幫助他認為值得幫助的人，他會承擔任何困難。但是他的脾氣卻很壞，對部下要求嚴格。他的眼光銳利，總能檢查出船上存在的細小問題，而對那些不忠於職守的人嚴厲申斥一番。他發火時，非常不講理，不允許別人申辯。他對達爾文倒比較和氣，但也吵過幾次嘴。
“貝格爾”號行至巴西的巴伊亞時，他當著達爾文的麵，讚揚達爾文所痛恨的奴隸製度。
“我剛剛拜訪了一位大奴隸主，他把許多奴隸叫到一起，問他們是否願意自由，你猜他們怎麼說的？”他麵帶得意之色頓了頓，接著又說：“所有的人都異口同聲地回答道：‘不。’”
“你認為那些奴隸在他們可惡的主人麵前所作的回答是心裏話嗎？”達爾文帶著嘲笑的語氣反問他。
這一問使菲茨羅伊勃然大怒，達爾文以為這下子可能要被驅逐離艦了，但過了幾小時以後，他又表現了他通常的雅量，派人來給達爾文道歉，並且請達爾文繼續同他住在一起。後來達爾文出版了被宗教人士認為是邪說異端的《物種起源》，菲茨羅伊非常憤慨，二人鬧得無法和解，這是因為他篤信宗教的緣故。
1831年12月24日，達爾文帶著聖誕節禮物騎馬去梅莊向韋奇伍德一家告別。這時，埃瑪已經23歲了，已經成為一個非常美麗的姑娘。心中一直對她滿懷柔情的達爾文意識到，自己往日對她的好感已發展成為一種更深沉的感情。他想當時就向她求婚，但一想到眼前的遠航，他覺得匆促訂婚後讓她長期等待是不公平的。雖然他完全相信，喬賽亞會給自己最小的女兒一筆可觀的嫁妝，但他認為除非他能掙得足夠的錢養活他們自己，否則便沒有任何結婚的可能。
不過，他在離開梅莊之前對她說的最後幾句話，使她確信無疑地明白了他的心思。
“我估計要離開兩年，”他告訴她，“你能等我嗎，埃瑪？”
她真的等著他，這期間打發了兩個求婚人。而兩年拖成三年，然後又進入第四年，最後已近五年。達爾文當初沒有想到這次航海竟使他整整繞地球一周。
達爾文為這次航行定下的目標是：采集更多的標本，閱讀自己能獲得的一切有關自然史各門知識的書。他在旅行日記中寫道：“如果能夠實現考察世界的願望，那麼這是一個多麼稀有而難得的機會呀！要作好到海上去的思想準備，要徹底理解這是多麼艱巨的事業。”他立誌以船為家，不顧風險，向前邁進。
12月27日，“貝格爾”艦離開英國入海航行。當時英國海軍部宣布，此次探險航行，目的是考察南美洲等地區，測繪水路地圖，對環球各地作精確的時計測量工作，即確定各地經度，而且多次聲明，特別是要搜集和研究各地區自然史方麵的標本和資料等科學知識。實際上，這隻是打掩護，其主要目的卻是想要爭奪殖民地，為本國擴張軍事、商業而服務。他們根本不重視達爾文的科學考察工作，而且十分吝嗇，不付一文，所有研究工具、儀器和設備，甚至夥食費，全部由達爾文自備。因此，要是沒有父親的大量經濟支援，哥哥和師友們的協助和鼓勵，青年達爾文縱然有天才和宏願，也是赤手空拳，力不從心，無法進行考察工作的。
“貝格爾”號的全部航程環繞了全球，一共用了五年的時間。從1831年12月27日起航，到1836年10月6日才回到英國。“貝格爾”號先航行到巴西，後又在南美洲的南海岸的火地島附近逗留了兩年多。在這段時間裏，達爾文曾幾次登陸，到南美內地去旅行，其中有好幾次旅行了一兩個月。
從1834年年中一直到1835年10月，“貝格爾”號都停泊在南美洲的西海岸。達爾文在西海岸和附近的島嶼上也做了許多調查研究工作，達爾文曾經兩次越過柯第萊拉山，調查了加拉帕哥斯群島。這一群島因為達爾文的研究出了名。
從1835年底到1836年，“貝格爾”號又到過大赫的島、新西蘭、澳大利亞和塔斯馬尼亞島，後來經過印度洋，從好望角繞過非洲，橫渡大西洋，再回到巴西。最後由巴西再回到英國。
“貝格爾”號起錨離開德文港時正下著大雪，卻幾乎沒有風，在這個季節，英吉利海峽的海麵可算是異乎尋常地平靜了。在他們離開錫利群島約100海裏後，轉而駛向變幻莫測的比斯灣時，情況發生了急劇的變化。西南風咆哮著刮了起來，巨浪如山，帆船像一個軟木塞似的在浪裏顛簸。就是在那時，達爾文開始暈船了，此後，這種不適應在整個航海中不時地折磨著他。
不暈船，可不像有些人想象的那麼簡單，甚至曾經漂洋過海、飽經風浪的船長們有時也會因暈船而躺倒在床上，因波濤洶湧，一半船員躺倒的情形也是常有的。但是對於大多數暈船的人來說，這種發作並不猛烈而且不會持續很長時間。
達爾文的情況卻不是這樣。頭一次暈船就折磨了他四天四夜，直到船駛進葡萄牙海岸附近的平靜海麵時才見好轉。他不能睡，任何東西都不能吃，菲茨羅伊多次給他白蘭地和水，他幾乎剛剛喝下去就立刻嘔吐出來。
“有好幾次我真以為我要死了，”他在離開英國後給父親寫的第一封信中寫道，“一陣陣的幹嘔太痛苦了，我覺得如果不是整個肚腸都破裂了的話，也一定是胃破裂了。”
這封信是在“貝格爾”號停泊的第一個港口加納利的特內裏費島寄出的。而由海軍部轉來的達爾文父親的回信，直到七周後在佛得角群島靠岸時達爾文才收到。信中，父親勸他的兒子服用小劑量的鴉片酊劑，可是“貝格爾”號的藥箱裏沒有這種藥，在當地又買不到。