在萊比錫，門德爾鬆的作品受到人們的真誠讚賞；但在柏林卻受到重重阻撓，使他的作品難以打開局麵。
普魯士王弗裏德裏希·威廉四世急欲建立一所國家藝術學院。音樂係主任之職提名由門德爾鬆擔任，年薪為3000塔勒，大約相當於450英鎊。這個計劃固然誘人，但畢竟是紙上談兵，真正實施起來還會困難重重。但是國王執意要把這個職位加在他頭上，他隻能接受，別無他法。
不久，他向普魯士政府提出了有關未來的若幹設想，帶來的卻是一連串的煩惱和困擾，並且很快證明了計劃根本不能落實。
1842年，門德爾鬆在倫敦停留了一個月。在這期間他受到女王的邀請，兩次訪問了白金漢宮。他受到女王及其丈夫的盛情接待。女王的丈夫又代表女王贈予他一隻漂亮的戒指，上麵刻有“V。R。1842”的字樣；女王陛下還接受了他題獻的《蘇格蘭交響曲》。在柏林，他覺得萬事都不如意，除了辭職，別無他法。國王並沒有完全拒絕他的辭職請求，而是提出一些使門德爾鬆無法推辭的新建議，結果門德爾鬆擔任了音樂總指揮的職務。每逢星期日和節日盛典時指揮一個小合唱隊和管弦樂隊演唱聖樂。
1842年12月11日，母親倉猝而平靜地去世了。母親的去世使費利克斯受到沉重的打擊，他們家失去了一家之主，家庭紐帶是否會就此鬆散下去？門德爾鬆對此憂心忡忡。他們的家庭關係太親密了，雖然失去這樣一位好母親對他們兄弟姊妹來說無疑是件痛苦的事，但他們之間的關係依然一如既往，彼此深深相愛著。
1843年，門德爾鬆的夙願實現了——音樂學院在萊比錫正式建成。他和舒曼成為作曲和鋼琴專業的教授。但國王交給他的任務卻是艱巨的，幾乎所有人都明白把《安提戈涅》這個古典悲劇搬上現代舞台是不可能的，他直率地向國王表達了真實觀點，但朝廷弄臣卻刻毒地歪曲他的本意，招致了令人極其不快的後果。他在剛訂約時就懷有的懊惱日漸強烈，這時整個處境已變得令人無法忍受，門德爾鬆再次請求恩準辭職，或者至少解除那些使他非得居住在首都不可的職務。國王同意了他的後一請求。他於12月離職回到法蘭克福，在那裏痛痛快快地休息了幾個月，謝絕了所有禮聘，並且隻在創作靈感襲來時，才動筆作曲。這年冬天他大部分時間都是在這種相對說來較為悠閑的愉快氣氛中度過的，這給他的身心都帶來了莫大的好處。1845年春天，門德爾鬆和他的妻子、孩子們悠然自得地住在大伯肯赫爾默胡同。他很珍惜這難得的自由，盡情地享受著美好的時光。
1845年10月，他重新在萊比錫音樂廳舉起指揮棒時，管弦樂隊鼓號齊鳴，大廳裏掌聲雷動，熱烈地向他表示歡迎。
1846年1月3日，他開始在音樂學院執教，一人負責兩個鋼琴班和一個作曲班，這位認真負責、不辭辛勞的教授、天才的作曲家自然深受學生愛戴。班上最好的鋼琴手是位年輕漂亮的波蘭小夥子。他長著一頭濃密的黑發，梳著道地的波蘭發式，長發披到肩上。一天，這小夥子在彈奏時搖頭晃腦起來，他那漆黑的頭發一片瀑布似地灑到肩上。“你得把頭發剪掉啊”，門德爾鬆說著，開心地笑起來。這位波蘭小夥子一向為他的黑發而感到驕傲；可下一次見麵時，他的頭發卻變成全班最短的了——當時在場的學生中，都情願把腦袋剃個精光，假如這樣作能夠博得門德爾鬆一個微笑的話；那個幸運的波蘭學生的一份忠心，就在門德爾鬆的微笑中得到了最大的報賞。
盡管他的工作十分繁重，但《以利亞》並未因此耽擱，而是穩步地完成了。1846年8月26日，這部清唱劇第一次公演。
《以利亞》在伯明翰受到了人們的熱情歡迎。有幾首曲子應觀眾要求而返場重唱。在第一場和第二場結束時，台上台下掌聲雷動，藝術家和觀眾們競相歡呼，整個大廳裏震耳欲聾。當演出結束時，參加演出的所有人都瘋狂地向前湧去，想跟他們心目中的英雄交談一兩句。他熱情地握住每一隻伸到他麵前的手，感謝他們為這次成功的演出所盡的努力。
但這次演出卻成了他健康狀況的轉折點，過度的腦力消耗使他的體力受到了致命的侵襲。8個月以後，人們都知道了他健康惡化的情況，但他那一往無前的精神支持他驚人地挺過了這段時間的繁重工作。僅在1847年4月16日到30日期間，便演出了6場《以利亞》、一場《蘇格蘭交響曲》和《仲夏夜之夢》及貝多芬的協奏曲。
5月8日，他向英國女王辭行後便踏上了歸途。