1958年1月28日，總參謀長任期期滿，達揚正式退役。離任後來到耶路撒冷和特拉維夫的大學學習，從事政治學和中東問題研究，在那裏，度過了愉快的兩年。
大學生活結束後，達揚再一次麵臨著從政的選擇。就他個人意願而言，更願意出現在戰場，然而現實是無仗可打，所以他隻有參加政壇的角逐。1959年達揚作為巴勒斯坦工人黨代表被選進議會，12月16日，出任農業部長。1963年6月艾希科爾取代本·古裏安任總理，新總理不願意給達揚太多的政治權力，相反還有意識地排擠達揚。達揚感到艾希科爾政府裏有一種叫人透不過氣來的氛圍，心情十分沮喪，於1964年10月提出辭職。回到家裏，開始撰寫《西奈戰爭日記》。這部書提醒人們：必須要打仗才能贏得勝利，要贏得勝利必須付出犧牲。1965年他加入拉菲黨，由於選舉失敗，與內閣無緣。
達揚差不多是一個為戰爭而生活的入，他的生活離不開戰爭。到1966年，他再也無法忍受平庸無為的生活，他要回到戰場上去。這時候世界上隻有一個地方激戰正酣——越南。這年夏天，達揚決定對越南戰爭進行考察。他想知道，西奈戰爭10年後，現代戰爭是怎樣進行的。在越南，達揚耳聞目睹了60年代中期的戰爭，收獲頗豐。他嚴厲指出了美軍在戰術方麵的錯誤，認定美國沒有勝利的可能。越南之行使達揚認識到蘇聯卷入戰爭帶來的危害，這直接影響著他的戰略思想，以後發動戰爭，他都把蘇聯作為一個因素考慮，以不讓蘇聯有機會卷入作為製定戰略的一個出發點。
回到以色列後，達揚辭去拉菲黨議會對策委員會主任職務，保持著他在政治上的獨立性。
1967年5月14日，以色列建國19周年紀念日，整個國家沉浸在節日的歡樂中。而此刻埃及和敘利亞正在為即將到來的戰爭作準備，他們深信以色列將要發動新的進攻。事實上，這是蘇聯人別有用心的一個謊言。不知真相的埃及總統納賽爾相信了這些謊言，決定向西奈發兵。5月14日，納賽爾向他的部隊下達了第一號戰鬥令。5月22日，埃及封鎖對以色列至關重要的蒂朗海峽。幾天後，約旦同意武裝部隊由埃及統一指揮，伊拉克也這樣做了，科威特和阿爾及利亞的遠征部隊也開到西奈。第三次中東戰爭的危機在人為操縱下就這樣開始了，戰爭的陰霾再次籠罩在中東這塊多災多難的土地上。
5月底6月初，以色列各條線都受到數量遠遠多於自己的阿拉伯國家軍隊的威脅。更為可怕的是軟弱的艾希科爾政府無力領導以色列入度過這場戰爭危機。以色列人在恐慌中想到了一個人——摩西·達揚，西奈戰爭的英雄，人們深信，隻有他才能使以色列免遭滅頂之災。迫於公眾強大的壓力，艾希科爾不得不任命達揚為國防部長。達揚臨危受命，給以色列人帶來了信心，到處都是歡呼聲，仿佛已經贏得了戰爭的勝利。
6月2日，在總理辦公室，達揚隻參加了一個隻限於總理、副總理、外長和總參謀長出席的會議。達揚第一個發言：“我們應當毫不遲疑地發動一場軍事進攻，最好在5日淩晨，目標是摧毀集結在西奈心髒地區的埃及軍隊。”經過仔細研討，大家一致同意在6月5日星期一發動戰爭。
會議結束後，達揚並不輕鬆，他還得考慮戰爭計劃，他選擇了總參謀部提出的兩個作戰計劃中大型的一個，即：沿四條軸線突入西奈，進攻方向是阿布奧格拉。達揚嚴格限定軍隊進入加沙，那裏有40萬巴勒斯坦難民，要盡量避免發生摩擦。另外，軍隊不能靠近蘇伊士運河，避免給蘇聯人介入找到借口。6月4日，達揚在總參謀部對作戰計劃和細節進行了最後討論。由於以色列三麵臨敵，因此必須避免三條戰線同時開戰，約旦和敘利亞前線的部隊絕對不允許擅自發動進攻，行動僅限於堵擊敵人的進攻和自衛。此前，在記者招待會上，達揚成功地掩飾了以色列的戰爭意圖，以致許多記者訂下了離開以色列的飛機票。
1967年6月5日7時14分，空軍司令一聲令下，首批40架戰機呼嘯著向西奈方向飛去；7時45分，第二批40架戰機起飛。此刻空軍作戰室裏的達揚焦急地等待著，按規定第一批飛機已對埃及機場發起了攻擊，可是仍然沒有消息，時間一分一分地過去，達揚的心揪得緊緊的。突然傳來以色列飛機電信網開通的聲音：“……因沙斯城已經成了一片火海。”緊接著響起了飛行員的歡呼聲，達揚長長地鬆了口氣。空襲取得了驚人的成績，到上午10時15分，埃及空軍已不存在。奇跡般的勝利，使這場戰爭一開始以色列就掌握了製空權。