關於同治帝的死因，傳說甚多，有的說死於天花，有的說死於疥瘡，有的說死於梅毒，尤其是後一種說法，傳聞甚廣。堂堂一國之主，怎麼會染上性病，且延至於無可救治的地步，令人疑竇叢生，不由產生種種爭論，成為一代疑案。
同治帝死前是否曾秘密口授遺詔給軍機大臣李鴻藻的問題，是清宮史又一大謎案。
據《清朝野史大觀》卷一記道：同治帝病重時，在寢宮單獨召見軍機大臣李鴻藻。皇後阿魯特氏欲引避，同治帝製止，說：“不用了，師傅是先帝老臣，你乃是門生媳婦。我有要言，何必要引避呢？”並問她說：“我如果不行了，一定要立嗣子，你屬意何人，可現在就立即告訴我。”皇後對答：“國賴長君，我實不願居太後之虛名，擁委裘之幼子，而貽宗社以實禍。”同治帝說道：“汝知此禮，吾無憂矣。”同治帝意在讓貝勒載澍入承大統繼承帝位，並口授遺詔，令李鴻藻在榻側寫下，共千餘言，其中防備慈禧太後之處甚為周密。遺詔寫成後，同治帝讓李鴻藻回去休息。李鴻藻出來後，嚇得戰栗無人色，立即跑到慈禧後宮處，從袖中拿出遺詔草稿呈上，慈禧看後，怒不可遏，撕碎後投擲於地，怒叱李鴻藻，令其出宮。並立即命令停止供給同治帝的醫藥和飲膳。不久，同治帝駕崩。這是關於同治帝秘密口授遺詔的最全麵記載。
另據《翁同龢日記》記載，同治帝在死前的前七天，曾召見群臣，“上擁坐榻上，兩宮太後亦坐，命諸臣一一上前，天顏甚悴，目光炯然，痂猶有一半未落。諭今日何日？並諭及臘月應辦事。樞臣奏毋庸慮及。臣奏聖心宜靜。上曰胸中覺熱也”。可以看出，同治帝此時是清醒的。同治帝死前三天，“中宮傳言大有起色，昨夕興致甚好，起坐說話矣”。說明當時的同治帝神智清醒，毫不糊塗。此時同治帝，已19歲，親政一年有餘，他不會不考慮皇位繼承人。由於懼怕慈禧太後，密傳既是師傅、又是軍機大臣的李鴻藻來起草遺詔是極有可能的。同治帝已死，知道遺詔內容的還有李鴻藻和同治的皇後。慈禧決意由奕□之子載湉繼承皇位，同治帝的皇後聽後大哭起來，慈禧立即給了她一記耳光。據說因慈禧手帶戒指，打得皇後麵頰血痕縷縷。慈禧還說：你害死了我的兒子，還想當皇太後嗎？皇後受此羞辱，遂不食而死。慈禧太後又去了一塊心病。因為載澍曾受遺命繼位，慈禧也深嫉之，尋機拔去這根肉中刺。機會果然來了，載澍的妻子是慈禧太後的侄女，因殺了載澍的妾所生的兒子，被載澍責備幾句，就向太後申訴。載澍母親知道後，趕緊跑去慈禧處請罪。慈禧太後當即下詔說載澍平日不孝順母親，經其母入宮而奏，必須從嚴懲辦。載澍聽後昏倒於地。而載澍無辜被責八十大板，入獄監禁，受盡折磨而死。
東宮皇太後慈安暴死之因，也是清宮一謎。史書多認為是慈禧下毒所致。慈安皇太後之死，在客觀上反映了皇宮內部寵妃之間複雜的仇視關係，又從客觀上去除了慈禧專權道路上的障礙，這是慈禧太後主觀上所期望的。
慈安小慈禧兩歲，鹹豐帝病死之年即1861年，慈安25歲，慈禧27歲。慈安太後，姓鈕祜祿氏，廣西右江道穆楊阿之女，她在鹹豐帝登基以前即侍奉鹹豐帝。鹹豐二年封貞嬪，後晉封為貞貴妃，最後冊立為皇後。曾生有一女，宮中稱為“大公主”。鹹豐帝一死，她以正宮皇後的身份，理所當然地晉封為皇太後。兩位年輕的“寡婦太後”曾一度相依為命，共同對付肅順等讚襄王八大臣。
關於慈安太後之死，當時大學士翁同龢的日記中留下了蛛絲馬跡。據翁氏記載，光緒七年三月初十日，慈安太後感冒，當晚卻傳出慈安病亡的消息。次日，翁入宮，看到十日的藥方尚在，早晨所開為天麻、膽星之類，據說因為慈安頭疼厲害。中午一方未開藥，病人已神誌不清，牙關緊閉，晚間開了兩方，隻有些喝的藥，但慈安已進入彌留狀態，不能喝藥了。當晚，慈安就離開人世。而且，桌上還有一張九日的藥方，但並未抓藥。那麼，是鹹豐帝留有的密詔使慈禧寢食不安，還是慈安太後下密令處死慈禧的寵監安德海誘發了兩宮太後之間的仇恨，致使慈禧太後痛下毒手的呢？其中緣故令人深思。
戊戌變法失敗後，慈禧太後囚禁光緒帝達十餘年之久。光緒帝與慈禧太後先後病死，關於死因至今不明，同樣成為清宮謎案之一。
但這一團團難解的謎團背後說明了一個事實，那就是在任何事情一旦與這位皇太後的權力發生矛盾時，她可以連親子之情都可以拋之九霄雲外，那麼大臣的效忠、民族利益就更不在話下了。
慈禧太後先後選定載湉、溥儀為皇子繼承皇位，同樣是為了保住自己的權力。慈禧為什麼堅持立載湉為鹹豐帝的嗣皇帝呢？慈禧太後心中自有她的如意算盤。載湉為道光帝第七子醇親王奕□的兒子，與同治帝是同輩兄弟，奕□的福晉（也叫那拉氏）是慈禧的親妹妹，這樣，慈禧既是載湉的伯母，又是載湉的姨媽，具有雙重血統關係。讓載湉繼承鹹豐帝的皇位，慈禧就名正言順地當上了皇太後了。如果立“溥”字輩的，慈禧就得當無權無勢的太皇太後了。加上載湉年僅四歲，慈禧仍可垂簾多年，載湉年幼，也易於管教，便於駕馭。奕□比奕容易控製，而其妹夫與妹妹在辛酉政變中曾“居間傳語，厥功甚偉”，是完全可以信賴的人。因此，慈禧決意由載湉繼承皇位。當夜，四歲的載湉就被抱進了清宮，繼承皇位，改元光緒，意思就是要繼承道光帝傳下來的皇位。
光緒帝死之前，慈禧又故伎重演，選擇溥儀為嗣皇帝，也是這個道理。慈禧太後看中的是溥儀的出身，溥儀的祖父是醇親王奕□即光緒帝的父親，父親載灃也就是光緒的親弟弟，載灃既是慈禧的侄兒，又是親外甥。作為載灃長子的溥儀，從血統上看，就是道光皇帝的曾孫，奕□的嫡孫，光緒帝的親侄子。溥儀的祖母是慈禧太後的妹妹，親生母親瓜爾佳氏又是慈禧最寵任的軍機大臣榮祿的女兒，她從小就在宮裏，很受慈禧的寵愛，她與載灃的婚事就是慈禧欽定的。溥儀既有愛新覺羅的血統，又有葉赫那拉的血統。正是因為有如此密切的關係，慈禧選擇他為繼承人就不足為怪了。溥儀在光緒三十四年十月二十日（1908年11月13日）被隆重迎入皇宮。慈禧太後直到臨死，也不會讓皇權落入其他姓氏的手中。
空前出賣國家利權禍國殃民
就在慈禧太後日趨集權的過程中，清王朝正走向末路，外患日緊。她為了穩固自己的反動統治，空前出賣國家利權，使中華民族處於水深火熱之中。第二次鴉片戰爭以後的清政府先後簽訂了一係列的賣國條約，割地、賠款、開埠通商等，都是在慈禧太後垂簾之時或暗中指使下實現的。
就在載湉充當小傀儡、慈禧太後二度“垂簾聽政”的大約10年間，中國周邊的屏藩屬國，一個接一個地喪失殆盡，使中國邊疆地區直接暴露在帝國主義侵略下，留下了太多的“國恥日”。越南、朝鮮、緬甸等周邊國家，原是中國藩屬，向清政府按年朝貢，以求得泱泱大清帝國的保護，而作為保護國的清王朝，此時在自身難保的情況下，不僅難盡保護之責，而且將這些藩屬國推入虎口，使它們分別成為法日英等國的殖民地。
1884年5月11日，北洋大臣李鴻章與法國代表在天津簽訂《中法簡明條款》，其中第一、二條規定：清政府不幹涉法、越間已訂和將訂之條約；中國自越南即行撤軍，等等。清政府在中法戰爭中“不戰而敗”後，1885年6月9日雙方簽訂《中法會訂越南條約》，簡稱《中法新約》，其中第一條規定：清政府承認法越間已訂和將訂條約，等。1887年6月26日，法國逼迫清政府簽訂了中越界約，具體劃定了粵越邊界和滇越部分界段。通過這個條約，法國將它占領下的越南領土擴張到了湄公河上遊的東岸。英國也不甘落後，乘機脅取了緬甸、泰國。
中日甲午戰爭失敗之後，1895年4月17日清政府被迫與日本在日本馬關（今下關）春帆樓簽訂了《馬關條約》，清政府承認朝鮮“獨立自主”，實際上是承認了日本對朝鮮的控製權。同時還將台灣全島及所有附屬各島嶼、澎湖列島和遼東半島割予日本。
甲午之年，正值慈禧太後60歲大壽。此前，慈禧太後挪海軍經費，繕修頤和園，準備過好這次壽典。她置戰爭於不顧，照樣設宴演戲，揮金如土。修園工程從光緒十二年動工，由寵監李蓮英指揮，前後花了大約6年時間，始告竣工，全部工程耗去白銀3600萬兩，占清政府一年財政總收入的一半。慈禧太後喜歡看戲，李蓮英便特地在園中建了一座當時全國最大的戲台。這座戲台分上、中、下三層，上層匾額曰“慶演昌辰”，中層匾額叫“承平豫泰”，下層匾額為“歡臚榮曝”，三層高達21米。中、下層的舞台都有活動地板，演員可以表演從天而降或由地裏鑽出的場麵。下層舞台的地板下還有一口水井、一個水池，以作為布景時的水源。大戲台的對麵是頤樂殿，是慈禧太後看戲的地方，造得窮工極巧，無比奢華。
農曆十月十日是慈禧太後的60歲生日。此前一年多，朝廷就開始著手準備慶壽活動，宮廷內外進行裝修粉飾。自大內至頤和園，街道鋪麵都要修葺裝飾，並要搭蓋燈棚，點綴景物。沿途建設經壇，由喇嘛僧奉誦壽生真經。慶典期間還要舉行一係列慶賀筵宴，宮中和頤和園都要大造牌樓，準備演戲多日。為辦好壽典，從國庫中調撥白銀300萬兩，另外，宗室王公、京內衙門、各省督撫將軍等文武官員自動“捐獻”白銀298.15萬餘兩。這些僅是有據可查的記載，至於賬外不記，巧取豪奪，更是不可勝數。值此戰火紛飛、國破家亡的危急關頭，前方戰事愈烈，那拉氏過壽之心更切。一些主戰大臣紛紛上書要求停辦“點景”，移作軍費，那拉氏為此大發雷霆，竟稱“今日令吾不歡者，吾亦將令彼終生不歡”。下令催促王公大臣及外省封疆大吏將“六旬萬壽貢品”統於10月23日“呈進”。
陽曆11月7日，日軍占領大連灣，這一天正是那拉氏生日，前方軍情急電雪片般飛至宮中，那拉氏卻不為所動。照舊在頤和園升殿接受朝賀，大宴群臣，連續賞戲三天，王公大臣輟朝三日陪同觀看，公事皆延置不辦。而此時日本侵略者的鐵蹄正踐踏著中國東三省的大片領土，那拉氏則早已將黃海海戰幾百名官兵壯烈殉國、遼東半島岌岌可危的局麵拋之九霄雲外了。清軍戰敗後，在那拉氏授意之下，李鴻章與日本簽訂了《馬關條約》。1895年6月日本開始派兵侵入台灣，遭到台灣人民的奮勇抵抗，那拉氏置台灣安危於不顧，下令台灣大小官員內渡，並嚴厲禁止接濟台灣抗日軍民，同時還在頤和園搭起天棚，準備避暑。遂有人題寫了“台灣省已歸日本，頤和園又搭天棚”的對聯，痛斥那拉氏的賣國罪行。