另一件令人矚目的事件則是成都市長楊全宇的囤積居奇案。當時大後方物價飛漲、物資緊缺是一個普遍的現象，特別是糧食供應的短缺更加牽動市民的神經。1940年3月13日，成都市發生搶米風波，作為一市之長的楊全宇自然負有一定責任，其後又傳出有人以他的名義購進300石大米的消息，盡管他本人事先可能並不知情，但此事一經披露，立即引起成都市民的憤怒和輿論的抨擊。正為糧食問題感到焦頭爛額的蔣介石聞訊後極為憤怒，並下令從嚴懲治。於是，楊全宇先是被逮捕，免去所有職務，接著便移送軍法總監部審理。軍法總監何成濬以為楊囤奇糧食數額未超過1000石，尚未達到死刑標準，對他擬判處有期徒刑，但蔣介石為了製止物價上升，決定殺一儆百，最終下令將楊全宇以囤積糧食之罪名處以極刑。
當時任行政院參事的陳克文看到報紙上刊載楊全宇被槍斃的消息不禁大吃一驚，他在當天的日記上寫道：“吃午飯時看報，朋友楊全宇被槍斃的消息突然射進眼簾。囤積居奇以至處死這是第一個，他是才卸任的成都市長，大川銀行的總經理，官不大不小，地位不高不低，這時候恰好做一個犧牲品。他囤的麥子雖不過300石，處死的作用卻是不小的。”陳克文的說法倒是言簡意賅，一語中的。對此蔣介石也很清楚，這就是亂世用重典，他在1940年12月28日“本星期反省錄”中寫道：“楊全宇於23日伏法後，人心為之一快，物價已趨平穩。”而在三天後的“本月反省錄”中他又重申：“石友三通敵謀叛，楊全宇囤積居奇，兩人先後正法，關於軍事與經濟前途之影響甚大。”
關於政府在反腐肅貪中“隻打蒼蠅，不打老虎”的弊病，《華西日報》在1944年5月16日的一篇社論中就曾評論道：“至於縣市以上，官愈大勢愈厚，而貪汙數目愈為警〔驚〕人者，無有。這是不是說大官盡廉、小官才貪呢？不是。政治上從沒有大官真廉而小官敢貪汙者。真貪汙而無人告發檢舉。吞舟之魚漏網，而落網者皆鼠竊狗偷之徒。大奸大惡，逍遙法外，為所欲為，所以由此產生的下級貪汙，也就誅不勝誅、愈來愈多了。”
這倒也不是說，蔣介石對於高層官員的貪腐行為完全不聞不問，他在日記中就經常痛斥屬下、包括一些高級官員貪腐的行徑。1942年，林世良以中央信托局運輸處經理的地位和名義，勾結大成商行章德武從仰光將3000萬元物資運往昆明，轉手就圖利1000萬元。此案為軍統人員所破獲，社會為之震動。但是林世良與孔公館的關係實在太深，他常替孔夫人與孔二小姐做生意，眾人皆知，因此孔祥熙竭力為其緩頰，軍法執行總監部判處他無期徒刑。此案傳到侍從室後，引起唐縱、陳芷町等人的不滿，認為執法不公，並聯名上書蔣介石要求重判。當天蔣介石就親自下令，林世良判處死刑，不許緩刑，並限第二天執行公布。蔣介石在12月26日的“本星期反省錄”寫道：“林世良與許性初案，依法嚴懲，此實為以後祛除貪汙、修明政治最大之關鍵。”
另一個案件則直接牽涉到孔祥熙。抗戰勝利前夕，蔣介石接到有關孔祥熙涉嫌卷入美金公債舞弊一案的報告後，即多次下令財政部予以認真調查。當財政部將確鑿證據提交在他麵前時，蔣介石極為憤怒，他在日記中說：“審閱中央銀行舞弊案全文，為之痛憤不已。”為此他曾親自召見剛剛回國的孔祥熙，“告以此案調查經過與事實及人證物證，屬其好自為之”。然而孔祥熙“總不肯全部承認也，可歎！”甚至蔣介石“將其人證物證與各種實據交彼自閱，彼始猶指誓強辯，令人痛心，殊愧為基督徒矣”；“彼總想口辯掩飾此事，而不知此事之證據與事實俱在，決難逃避其責任也。餘以如此精誠待彼，為其負責補救，而彼仍一意狡賴，可恥之至！”蔣介石雖然經常在日記中責罵屬下，但用“可恥之至”這樣的言辭辱罵孔祥熙還是第一次，可見蔣此時的確是對孔痛憤已極。