雖然蔣介石在日記中對孔祥熙予以痛斥，但並沒有公開道破，還是讓他“設法自全”，算是給他留足了麵子。然而在人證物證麵前，孔祥熙還想抵賴，這時蔣介石憤怒至極，“更覺此人之貪劣不可救藥，因之未能午睡，痛憤極矣”。他曾一度決定將此案公開，由監察院和國民參政會進行徹底調查。他的親信聞訊後立即加以阻止，說此案若要深入調查，勢必破壞國家的形象，失去國際的援助。最終蔣介石決定，將此案“仰令速了，以免夜長夢多，授人口實”。隻是“庸之之不法失德，令人不能想象也”。這樁震驚中外的貪腐大案，最終就這樣不了了之、倉促結案了。
蔣介石對孔祥熙的態度從信任有加到暗中調查，從憤怒至極到不予追究，可以看出此時他的矛盾心理。盡管蔣介石可能曾一度有大義滅親的想法，但是一旦黨國利益與家族情誼糾纏在一起，他也完全無能為力了，這就像他在給宋子文的一封電報中所說，所有舉措必須“增加我內親之情感，免除外人之猜測”。
雖然此案在強權控製之下得以一時遮掩，黨國與家族的聲譽亦暫時得以保全，但這種後果卻極大地助長了貪腐行為的擴張。隨著抗戰勝利的到來，接收大員“五子登科”，軍政官僚貪贓枉法，豪門資本以權謀私，貪汙與腐敗已逐漸成為體製性的行為，就像惡性癌細胞一樣，迅速蔓延到肌體的每一部分。戰後接收不僅為貪官汙吏創造了一個大好機會，就連平日奉公守法的官員亦都想盡一切方法參加接收工作，以圖謀利。因此大致上可以這麼說，接收工作中的貪腐現象不是有與無的問題，而隻是多與少、放肆與克製之間的區別而已。
接收之初蔣介石就屢屢接獲密報：“京、滬、平、津各地軍政黨員，窮奢極侈，狂嫖濫賭，並借黨團軍政機構名義，占住人民高樓大廈，設立辦事處，招搖勒索，無所不為，而以滬、平為尤甚。”他在日記中也多次強調，要“告誡軍隊及各級黨政人員，對收複區民眾隻可撫慰，切勿驕矜自大。凡收複後在都市買屋占車與賺錢者，一經查明，必加嚴處；收留偽物資應以清廉簡樸為主”。當美國特使魏德邁對他說“中央派往華北大員之如何貪汙不法，失卻民心”時，一方麵蔣介石“聞之慚惶，無地不知所止”；但他又認為，這是魏德邁“不知現在我國社會之複雜，共匪之造謠中傷，惟恐天下不亂與中央不倒之陰謀與暴動如何其凶頑也”。
1949年初，國民黨政權已麵臨滅頂之災，失敗已成定局。3月31日，蔣介石在“本月反省錄”中對於國民黨在大陸的失敗進行了總結，其中他認為比較重要的原因包括：外交失誤，軍事挫敗，派係分裂，組織混亂，財經崩潰，戰時行憲，個人的傲慢作風，以及缺乏有效的宣傳方法等，但就是沒有提及貪汙與腐敗對於國民黨失卻政權所造成的影響。
1970年6月1日至7日，蔣介石百病纏身，此時已久臥病榻的他又對自己在大陸的失敗原因進行了檢討。直到這時，蔣介石還是特別強調內戰期間的外國因素，指責蘇聯援助中共奪取了東北，批評美國的錯誤調停工作，他認為這些才是致使中共取得軍事上風的重要原因。雖然他也承認，政府官員的腐敗也是其中的一個原因，但實際上卻並沒有對此有深刻的認識。至於說他為什麼未能堅持反腐肅貪，蔣介石自己的解釋是因為他要處理的事務實在太多，而這類問題並非當務之急。因此直到蔣介石去世他都沒有意識到，對腐敗的縱容，使他成為貪腐的領袖，他的政府也成為腐敗的政府，最終必然遭到民眾的唾棄。