由於蔣介石多次下令徹查，財政部再也不敢敷衍應付，隨著調查的深入，案情愈來愈清楚。據財政部調查，1943年10月15日美金公債奉命停售時，各省市售出數為43，113，440美元，預售戶售出數為54，012，330美元。關於預售戶部分，國庫局於停售後陸續撥交業務局債券計有預購債票42，087，410美元，以及1944年2月15日和6月1日兩次專案撥交債票共計11，154，520美元，合計53，242，330美元，均經業務局分別入賬。這些債票都是先行列入公記墊款戶賬，以後再分別調撥，計1944年4月4日及12月14日分兩次撥交中央銀行有價證券戶美金29，130，160元，1943年1月12日及12月31日共分三次撥交中央信托局預購戶7，510，500美元，1943年11月23日至1944年6月10日陸續撥交客戶預購債票16，601，670美元。此外還有77萬美元係國庫局局長呂鹹奉央行總裁孔祥熙諭，留備轉發歐柏林和銘賢等機構文化事業之用，以上這些債券數合計正好與所報預售數相符。
至於上述陸續撥交客戶預購債券16，601，670美元，經查均係美金公債停售前數日央行業務局奉總裁孔祥熙批準而出售的，而此案的關鍵正是這1660多萬美元。據俞鴻鈞呈報：“該局陸續撥交上項債券雖經付賬，但並未由各預購戶出具收到債券之收據，究竟各戶是否收到，無憑查核，且預購時亦並無任何憑證或登記手續可查。各預購戶雖有戶名，但均未留有地址，無從稽考。”俞鴻鈞的這份報告還同時呈送中央銀行國庫局局長呂鹹的兩次呈文與孔祥熙的親筆批示等14份附件，其中中央信托局所認購的7，510，500美元債券中，除了400萬美元債票由該局下屬四個單位分別認購保管外，另外1，010，500美元債券由“本局同人奉準認購”，其餘250萬美元債票則“奉孔理事長諭，準代從前委托定購之客戶購買經讓購與各慈善團體備充基金之用者，計宋公嘉樹教育基金戶80萬元，桂貞夫人醫務基金戶70萬元，真道堂布道基金戶40萬元，銘賢學院實科基金戶30萬元，貝氏獎學基金戶20萬元，慈善堂慈善基金戶10萬元”。
蔣介石收到調查報告後即認真閱讀，並於4月8日向財政部下達手令，要求收回所有停售公債後銷售之債券，而“預購戶未出具收到債券收據，預購時亦無憑證與登記手續者，應作無效”。他在同天的日記中又記道：“下午研究美金公債查賬之報告書，其中顯有弊竇，應徹查。”當天晚上，他還“約布雷等，指示查賬手續”。此刻他已認為“考慮徹查美金公債案已得要領，不難追究也”。
然而孔祥熙卻拒不承認中央銀行有貪汙舞弊之事，他在致蔣介石的電報中竟強調“銷售債券純係銀行業務責任，鴻鈞或亦未甚詳悉”，對此百般狡辯。但蔣介石則認為證據已經查明，他立即致電孔祥熙：“美金公債剩餘部分有1100萬餘元，預定戶在停售後付價給券，不合手續，應即將此1100餘萬元之債券飭令該行經管人員負責如數追繳，歸還國庫，勿得貽誤幹究，並將追繳確數呈報為要。”同時，蔣介石具體開列查核要點，命令財政部部長俞鴻鈞迅速派員，限期進行調查。
此時蔣介石已察覺到美金公債一案涉及到孔祥熙，但如何處理他還沒有作出決定，他在4月15日的“本星期反省錄”中寫道：“美金公債舞弊案已有頭緒，須待庸之病痊回國也。”同時他還在日記中記錄有關美金公債案的疑點：甲、各省市售出4300萬；乙、國庫局交業務局5400萬；丙、預售戶有收據者隻4200萬；丁、尚差數1660餘萬元。
此刻，美金公債舞弊案的事實已經十分清楚了。
蔣介石於是將美金公債舞弊案初步調查結果告知仍在美國的孔祥熙，但孔還是拒不承認。4月30日，蔣在日記中記道：“接庸之電，令人煩悶，痛苦不知所止。”他再與俞鴻鈞商討進一步調查美金公債的案情，然而此案真的牽涉到孔氏家族，如何處理確實十分棘手，對他來說，此事“甚難解決也”。
眾矢之的
就在這時，重慶又揭發出一樁黃金舞弊的驚天大案。1945年3月下旬，中央銀行決定將黃金的價格由原來每兩國幣20，000元提高到35，000元，提高的幅度高達75%。重慶中央銀行中的一些要員事先打探到消息，利用黃金提價前後短短的時間差，買進賣出，營私舞弊，牟取暴利。此案一經披露，立即引起社會輿論的極大關注。大後方的報刊立即集中火力猛烈加以攻擊，孔祥熙作為中央銀行總裁更成為眾矢之的。
5月14日晚，美國著名廣播評論家雷蒙特·斯文突然在電台中報告重慶黃金舞弊案的詳情，並介紹《大公報》攻擊中國政府的言論，引起美國朝野的極大關注，同時也為正在進行的美國對華出售黃金談判帶來重大障礙。但孔祥熙卻致電蔣介石，除了為黃金舞弊案百般解釋外，更重要的是對外界的批評予以還擊。
5月下旬，國民黨召開第六屆全國代表大會，其中一項重要的議程就是選舉產生新一屆的中央委員會。黨內諸派係各出奇謀，四處拉票，盡管蔣介石事先竭力活動，但因孔祥熙等財經官員的貪腐行為引起黨內強烈不滿，以致名落孫山。5月31日，蔣介石在日記中承認：“此次大會選舉中委，在舊中委當選者以庸之與徐堪為最低，而全會選舉常委，且竟落選，其信望墜落至此，猶不知餘往日維持之艱難也，可歎！”
鑒於這種情形，蔣介石決定改組行政院，他將與孔雙雙辭去行政院正副院長之職，由宋子文和翁文灝繼任。蔣介石認為：“餘與庸之辭去行政院正副院長，亦為政治上必要之措施，深信此舉必於今後政治之效用甚宏也。”因此他在答複孔祥熙的電報中稱：“事已如此，對美財政經濟等未了諸事，不如交托子文負責辦理，請兄從速回國襄助，以免事出兩歧也。”但他又同時致電正在美國訪問的宋子文，要他“在美時對庸兄應特加禮遇尊重，諸事並須與其切商”。這意味著此時蔣介石對待孔祥熙態度的矛盾心理，既要撤換，但更重要的還是要保，內中的含義自然是“增加我內親之情感，免除外人之猜測”了。然而孔祥熙似乎並不領會蔣介石的這番心意，借口身體尚未完全恢複，遲遲拖延不歸，以致蔣介石不得不再次致電，稱“因有重要事待決，非麵商不可，務請兄即日回國為盼”。很顯然，這件“重要事”不是別的，正是關於美金公債案的來龍去脈，蔣介石必須要與孔祥熙當麵問個清楚。
7月8日，赴美一年有餘的孔祥熙終於回到重慶，就在同一天，第四屆國民參政會第一次會議也在重慶開幕。蔣介石原想以孔辭去行政院與財政部職務來減緩外界的壓力，哪知道孔氏豪門貪腐行為已經引起眾怒，朝野上下，群情激憤。特別是陳賡雅、傅斯年等人又藉新一屆國民參政會開幕的機會，掀起了新一輪倒孔的高潮。他們秘密會見了中央銀行的當事人，在了解了美金公債舞弊案的部分真相之後，聯絡了顧頡剛、徐炳昶、趙澍、伍純武、李鑒之、嚴錞、蕭一山等參政員，共同擬就了要求政府調查美金公債舞弊案、嚴懲涉案人員的提案。
陳賡雅等人的提案尚未提出，內容即被國民參政會主席團主席、同時又是國民黨中央宣傳部部長的王世傑知悉，他立即加以勸阻，要陳賡雅將提案自動撤銷。但陳賡雅卻堅持本案證據確鑿，個人願為此負責。其後，蔣介石的文膽陳布雷又以新聞界前輩的身份前來勸說，他一方麵肯定陳賡雅等人收集資料用心良苦，他也承認若在大會上提出一定有所價值。然而陳布雷又接著指出，這裏還有個投鼠忌器的問題，就是提案一旦曝光，公諸社會，將會引起美國和英國等友邦人士反感，因而不再繼續支持我國的抗戰，導致失道寡助的後果，這肯定也不是諸位發起提案的初衷。因此他建議，不如將提案改為書麵檢舉，直接遞交蔣介石，這樣既可查明舞弊，又不致影響抗戰。在這種情形之下，陳賡雅等人也隻能接受他的提議，將提案改為檢舉；但他們又不甘心，害怕此事最終會不了了之，因此陳賡雅又與傅斯年等人商議，將提案改為質詢案，當行政院院長在會上作政府工作報告時予以質詢，但內容卻未能公開。
陳賡雅等九名參政員提出的質詢案披露，政府原發行的民國三十一年同盟勝利美金公債總額一億美元，中央銀行至少有三筆、數額為11，509，920元美金公債下落不明。因此“質詢書”指出，“如果舞弊屬實，國庫損失之巨與官員之膽大妄為，可雲罕見！種種資料業已發見，何忍安於緘默。擬由本會送請政府迅予徹查明確，依法懲處”。