（一）知識產權審判公平和正義的追求
國家締造法律製度的最終目的，因社會形態和曆史階段的不同而有所差異，但有一條主線貫穿始終，即以強有力的國家機器保障每一國民能夠均等、公正地享受權利，理性、自由地行使權利，恒定、高能地獲得利益。司法作為國家機器中重要的組成部分，其意義就在於通過審判定紛止爭，保護權利人的權利；懲治犯罪，維持社會穩定；評判行政行為的得失，消弭社會矛盾。可以說司法是一個社會的調節器，在社會出現失衡和紊亂的時候通過一個合理科學的程序使之恢複健康常態。
眾所周知，知識產品的生產過程是一個複雜和艱辛的過程，其中凝聚了權利人大量的體力和腦力勞動，有著潛在的巨大的經濟價值。又由於知識產品具有“公共產品”的屬性，因而知識產權不僅涉及權利人個人的經濟和精神利益，同時也關涉全社會的共同利益。所以知識產權從立法到司法整個體係中無不體現著一種利益平衡原則。體現在司法領域中，法官在審判每個具體案件時無不麵臨著權利人利益保護與社會公共利益維護的價值判斷、選擇與調和，這種工作往往是極其複雜的。知識產權案件尤其是涉及商業秘密或專利等糾紛案件，具有法律問題與技術問題呈現高度融合的特征。隨著科學的進步，技術本身也不斷地更新換代，相應的相關知識產權製度呈現出了很強的活躍性和變動性，新情況新問題層出不窮，在處理的難度上往往大於其他類型的案件。
“審判程序中最突出的外觀形態是矛盾的製度化。在這裏問題以對話、辯論的形式處理，容許相互攻擊，這使得社會矛盾有機會在濃縮的、受到控製的條件下顯露出來。因此在一定程度上審判程序可以作為測量社會不滿的程度並加以疏導和救濟的一種裝置”，即通過司法實現社會公正，而司法公正包括程序公正和實體公正，前者要求司法活動的程序和運作規則必須符合法律，後者則要求司法機關對案件實體的處理結果與法律的規定和社會正義的要求相吻合。程序公正是最基本的公正，也是衝突主體的共同願望，是裁判結果公正的前提，尤其在實體公正缺乏確定標準時，程序上的公正尤其重要。在司法審判實踐中，必須注意克服重實體輕程序的錯誤傾向，樹立程序公正與實體公正並重的司法公正觀，而在二者發生衝突時應確立程序優先的理念。由於在知識產權審判中必須堅持利益平衡和公正司法等原則，要求“正確處理保護知識產權和維護公眾利益的關係、激勵科技創新和鼓勵科技運用的關係，既要切實保護知識產權，也要製止權利濫用和非法壟斷”，“始終把公正司法作為知識產權審判的靈魂和生命，通過依法公正高效權威的知識產權審判，最大限度地維護和實現知識產權領域的公平正義”，因此，在一定意義上可以說法律的公平和正義價值在知識產權審判中體現得十分深刻，這就對知識產權司法製度及其操作者提出了更高的要求。可以說司法程序的和諧正義是知識產權案件最終處理結果正義的首要保障，而自洽合理、科學高效恰恰是衡量程序正義性的重要標準。由此可見，從程序法上解決知識產權審判中民刑衝突已迫在眉睫。
（二）知識產權審判經濟和效率的考量
法諺有言“遲到的正義非正義”，近現代經濟學的成本和收益的概念引進法學後，效益更是與公正並列為司法的兩大主題，效益在某種程度上也被看做了公正的本身。現代社會的法律，從實體法到程序法，從根本法到普通法，從成文法到不成文法，都有或應有其內在的經濟邏輯和宗旨；以有利於提高效率的方式分配資源，並以權利和義務的規定保障資源的優化配置和使用。美國著名經濟分析法學者波斯納也講：“法律的許多領域，尤其是（但並不僅限於）普通法領域中的財產權、侵權、犯罪、契約，都無不打上經濟理性的烙印。”知識產權法更是如此，知識產權作為一種民事權利，卻更多地與經濟學、管理學乃至政治學聯係在一起，TRIPs就是將知識產權與貿易緊密聯係起來的國際條約。“在當今知識成為社會的第一生產力、成為生產力的滲透性要素的情況下，知識產權製度的重要性無與倫比，知識財產被人錯誤利用的可能性更大，被錯誤利用的危害性也更大。因此，在知識經濟條件下，將知識產權分析從抽象理想拉回具象現實的知識產權的政治學的分析，將有助於我們清楚地認識和利用知識產權規則”。“市場主體通過知識產權製度將其經濟技術優勢轉變為市場競爭優勢，進而獲得巨大的利潤。發達的國家通過知識產權製度將其經濟技術優勢轉變為國家核心競爭力，進而主導國際產業分工格局與未來經濟發展走勢。”從知識產權司法審判實踐來看，權利人與其說在依法維護自己的知識產權，毋寧說是在維護其知識產權產品或服務的市場及其競爭力。所以，對於法律的經濟與效率的追求，是解決知識產權審判中民刑衝突的又一動因。