（一）對賠償原則的認識不統一
知識產權侵權損害賠償原則，是指確定賠償義務人具體賠償範圍時的原則。但對有哪些原則，我國理論界和司法界與國際社會一樣認識不一，長期以來有兩種觀點爭論不休，即堅持全麵賠償原則還是懲罰性賠償原則。而知識產權侵權損害賠償原則是損害賠償的核心問題，直接影響賠償範圍和賠償數額。鑒於此問題的重要性和認識上的差異性，最高法院曹建明副院長在2007年全國知識產權審判工作座談會講話中明確指出：“要進一步貫徹全麵賠償原則。要嚴格按照法律、法規和司法解釋的規定，讓權利人的損失得以全麵彌補，合理的維權成本得到完全補償。要用好損害賠償確定規則，盡量避免簡單地適用法定賠償方法。”
（二）證明責任存在誤區
知識產權侵權案件中，涉及專業性和技術性的問題很多，也很深，許多專門問題需要委托專業鑒定機構進行鑒定。但是司法實踐中出現了幾種誤區：一是當事人將本應屬於自己承擔的舉證責任內容，申請法院調查取證；二是當事人混淆了證據保全和調查取證的範圍，將應請求法院調查取證的問題，卻請求為證據保全；三是當事人提出的證據保全申請屬於陷進取證；四是在委托事項和範圍上，法官對是否屬於技術問題還是法律問題，理解不一，“以致造成委托鑒定的事項差別很大，社會上議論也很多，說法院的審判權旁落了，專業技術人員代替法官判案。”
（三）司法認知能力及方法的局限性
主要表現在司法認知主體的局限性、司法認知客體的限製和司法認知方法的局限性。在訴訟活動中的司法認知主體，包括參與訴訟活動的法官和訴訟參與人。他們對案件事實的認識都是在完全有限的思維著的個人中實現的，受到本身固有缺陷的製約，對具體案件事實的認識，在能力上隻能是不至上的和有限的，訴訟認識的最終結果隻能具有相對性。由於法定賠償數額幅度大，法官的自由裁量權也較大，不同法官的素質不同、側重不一、認識有別，在確定賠償數額上可能會有較大差異，有時會導致賠償數額與實際損失失調。同時，我國知識產權權利人的司法保護意識仍然不強。從調查情況看，“雖然在知識產權試點區域，重點行業和企業的知識產權意識較前些年有明顯提高，但從總體上看，絕大多數中小企業的知識產權保護意識還比較薄弱”。而部分當事人對於知識產權法律製度特別是知識產權侵權認定原則和賠償原則缺乏深入的了解，加之部分當事人對於自身利益和智力成果的過分關注，造成了其對權利本身的價值缺乏準確的判斷和把握，甚至存在一些錯誤的觀念，這些都是導致原告索賠數額畸高的主要原因。另外，部分新聞媒介對於案件的全麵報道，當事人對法院既往案例的表麵化理解以及部分律師出於自身利益驅使，慫勇當事人提高索賠等因素也對知識產權糾紛案件索賠數畸高造成了影響。
知識產權民事糾紛具有不同於一般民事糾紛的特點，所以其裁判結果受到司法認知客體因素的影響更大。知識產權的無形性使其價值具有不確定性，由於客觀條件的限製，當事人通常無法掌握證明其損失的客觀依據，尤其是在網絡侵權、商業秘密侵權等案件中，當事人的舉證難度就更大。這也正是為什麼法律對知識產權侵權賠償規定了幾種計算方法，仍出現認定難的原因。同時，法官認定案件事實最有效的手段就是證據。證據裁判規則是法官裁判案件自由裁量的邊界，要求法官對案件爭議事實的認定必須依據證據。同時，作為定案依據的事實必須是查證屬實的證據。但是並非所有的證據都能查證屬實。當事實真偽不明時，適用民事訴訟的高度蓋然性證明標準和證據裁判規則都顯得力不從心，法官就麵臨著法律適用的兩難境地。審判實踐中的所謂疑難案件，無非兩種情況，要麼是案件事實難以認定，要麼是法律存在漏洞。而知識產權侵害賠償案件則常常是兩種情況兼而有之。