行政爭議、民事爭議交叉引發的訴訟案件應當適用何種方式進行審理，以及此類案件的審判程序問題，我國法律並未作出明確規定。審判實踐中對此交叉問題的處理方法大相徑庭，歸納起來有以下幾種處理方法：
1.出現交叉問題後，先中止訴訟，建議當事人對具體行政行為或民事行為提起訴訟，待有結果後再恢複訴訟。如案例一：甲與乙係兄弟，甲將土地使用權轉讓給乙。乙持轉讓協議到土管部門辦理了土地使用證變更登記，政府為乙頒發了土地使用證，後乙持該證到房管部門辦理了房產證。甲死之後，其妻丙向法院提起民事訴訟要求乙返還該塊土地上的房屋，乙出示了土地使用證和房產證。法院中止民事訴訟後，丙向法院提起行政訴訟，要求法院撤銷縣政府和房管局為乙頒發的土地使用證和房產證，法院審查後，撤銷了這兩個產權證。法院恢複了民事訴訟，在查清事實的基礎上，將房屋判歸丙所有。再如案例二：林西縣電信局於2001年11月向縣法院提起行政訴訟，要求撤銷縣房產管理所為縣郵政局頒發的房產證。同年12月，一審判決撤銷房產證，縣郵政局不服，上訴至市中院。二審審理期間縣電信局提起民事訴訟，要求對房屋確權。林西縣法院認定爭議房屋屬電信局所有。郵政局不服上訴至二審。市中院行政審判庭、民事審判庭分別以“本案的審理需要另一案的結果為依據”為由，先後中止了行政審判和民事審判。
2.直接對具體行政行為的合法性或民事行為的效力作出認定。案例三：雷某與劉某夫妻二人共有住宅房產一套，二人在外打工期間，雷的妻姐劉先琴以雷的名義將該房產出賣給第三人，並持雷某夫妻身份證、結婚證、房屋所有權證等材料，辦理了房屋產權轉移登記。後劉先琴用該賣房款和雷從上海寄回的錢，又以雷的名義為雷某夫妻購得新房一套，並為雷辦理了房屋產權登記。之後雷某與劉某離婚，雷向法院提起行政訴訟，以“房屋買賣合同”中的“賣方簽名”不是其真實簽名和口頭委托並不存在為由，否認賣房事實，請求撤銷房屋登記機關的產權轉移登記。訴訟中，原告前妻出庭作證，劉先琴的上述賣房和買房行為，均是原告的委托代理行為。人民法院經審理認為，被告未審查劉先琴是否擁有相應的代理權限即核準辦理了房屋產權轉移登記，屬違反法定程序的行為，極有可能導致權利人的房屋產權被他人虛假轉移。然而，結合案情，原告委托賣房的事實應被認定；第三人基於善意和支付對價而取得原告的房屋產權，依法應予保護；而且，被告的轉移登記行為並未侵害原告的合法權益，相反，如果撤銷被告的轉移登記，則將損害第三人的合法權益。遂判決：駁回原告雷某的訴訟請求。