行政、民事爭議交叉案件審理難度大，法律對此問題的解決又無明確規定，那麼在審判的全過程都應當貫穿基礎法律關係先行的原則，從起訴階段就應當采取相應措施。對明確是行政爭議與民事爭議交叉的問題，可以告之當事人先行解決前提爭議，理順基礎法律關係。
（一）民事案件審理過程中出現交叉問題的處理方法
當行政爭議是核心和焦點，民事爭議來源於行政行為時，一般采用“行政先行”。如當事人對認為行政機關對他人作出的具體行政行為損害了自己的民事權益，提起行政訴訟，同時要求民事賠償，可采用行政附帶民事一並解決，一並審理難處理的，應采用先行政後民事分案處理。此類案件主要是由於行政行為在先引發的民事爭議案件，如行政處罰、行政許可、行政確權、行政裁決引發的民事賠償案件、相鄰關係案件、排除妨害案件等。具體操作應當區分以下情形：
1.對經過行政判決確認的行政行為中認定的事實及處理決定應當作為認定案件事實的依據。經過行政判決確認的具體行政行為已經在實體上受到司法審查，如果對這種具體行政行為再進行質疑，將會影響司法統一原則。當然，如果確實認為行政判決存在錯誤，不能采用“大民法”的做法，不能在民事訴訟中進行糾正，隻能通過審判監督程序對行政判決進行糾正，應當說這種做法體現了司法統一原則和職權法定原則的兼顧。
2.在民事訴訟中，對於作為認定事實主要證據的具體行政行為正在行政訴訟過程之中的，人民法院應當裁定中止民事訴訟。待行政訴訟這一正當程序對被訴具體行政行為的合法性進行審查作出裁判之後，再恢複民事訴訟，作出與行政裁判的結論相一致的民事裁判。當民事爭議與行政訴訟案件聯係緊密，且事實清楚，處理難度不大時，可將民事案件移送行政審判庭，采取行政附帶民事程序解決。
3.根據司法權優於行政權原則和權利救濟原則，民事審判對未經行政審判進行實體審查而生效的具體行政行為可以進行合法性審查，對此既可以理解為人民法院在民事審判中進行全麵審查，也可以理解為“以事實為根據，以法律為準繩”進行判決。人民法院在民事審判時可以依據證據進行事實認定，可以依照法律規定作出與具體行政行為不一致的民事判決。但是如果該具體行政行為成為民事案件本訴成立與否的前提或基礎時，民事審判法官應當告之當事人先行行政訴訟。
（二）行政案件審理過程中出現交叉問題的處理方法
當行政訴訟案件由民事爭議引起，民事爭議是前提和基礎，當事人最關心的是民事糾紛的結果。此類案件最好采用“民事先行”。這要看當事人選擇了何種性質的訴訟，如果當事人先提起民事訴訟，民事訴訟把行政機關發放的證書作為證據來審查，不應中止民事訴訟而動員當事人再去打行政官司。實踐中，這種情況大量存在，民事訴訟一遇到行政機關發放的權利證書就中止民事訴訟推到行政訴訟這邊來，其實本應民事訴訟解決的，可是民事訴訟中止了，行政訴訟不得不立案，無論行政訴訟最終結果怎樣，仍要通過民事訴訟確定權屬。如果當事人分別提起民事和行政訴訟，先中止行政訴訟，通過民事訴訟解決較為妥當。審判實踐中，這類案件主要是涉及房屋、土地歸屬產生的行政爭議案件。具體操作應當區分以下情形：
1.對經過民事判決確認、認定的事實應當作為認定案件事實的依據。如果訴訟標的為生效判決所羈束，法院不得受理行政案件，已經受理的駁回起訴。
2.行政訴訟中，對與行政案件密切相關的民事糾紛正在法院審理的，若此糾紛是該行政爭議的基礎法律行為時，裁定中止行政訴訟，待民事糾紛作出裁判後，繼續審理。
3.對未形成訴訟的民事糾紛，視該民事糾紛與行政糾紛的緊密程度、民事糾紛的複雜程度，區別對待，若二者聯係緊密，且民事糾紛事實清楚，則盡可能采取行政附帶民事的程序進行；否則應當告之當事人先行解決民事爭議。
4.行政行為與民事行為共同侵權的案件，采取行政附帶民事的程序進行，視責任大小，按份承擔賠償責任。