法院在行政訴訟中的司法審查權具有撤銷或者維持具體行政行為的效力，在民事訴訟中的司法審查權具有全麵、客觀地審查所有訴訟證據，確認其有效或無效的效力。可見，對作為民事訴訟證據具體行政行為的審查，或是對作為行政訴訟證據的民事行為的審查，是法律賦予法院的重要職能，然而訴訟程序不同，審查的方式、角度、結果的處理不同。因此在應用基礎法律關係先行原則時，應當並形成規範而統一的配套措施。
（一）法官在適用基礎法律關係先行原則時應行使相應的釋明權
釋明權也稱闡明權，法官在審理案件過程中，對於當事人主張的請求和事實模糊混亂、甚至錯誤時，應行使釋明權，使當事人主張的請求和事實清晰、正確。它一方麵有利於保護當事人的合法權益，另一方麵也有利於人民法院正確地審理案件。
1.行政訴訟與民事訴訟對當事人訴權的保護期限均有明確規定，因此在告知當事人有權提起訴訟前必須對當事人是否具有訴權進行審查。
2.當行政與民事爭議交叉時，關聯糾紛往往是作為證據出現在訴訟之中。法官在判斷基礎法律關係的基礎上明確告知當事人可以提起訴訟，是尊重當事人意思自由的體現，同時也是法定對當事人進行訴訟指導的必然要求。
（二）對當事人拒絕先行解決基礎爭議的處理
筆者認為爭議方在收到法院關於關聯的爭議，即基礎法律關係應另行起訴的告知書後，或法官行使釋明權告知應先行解決基礎爭議後，應承擔相應的法律後果。我國台灣學者張特生教授曾主張：“有關行政處分是否違法並未提起行政爭訟，受理民事訴訟的法院，應限令當事人盡速提起，如不依限期提起或因其提起已逾法定不變期間而被駁回確定時，民事法院應以其訴訟無理由判決駁回。”這對於民事訴訟中正確處理關聯行政訴訟問題，具有一定的借鑒意義。反之，對於行政訴訟中涉及的與前述類似的有關民事爭議問題，也應當依照這種的方式加以解決。
（三）對基礎法律關係的準確認定問題
行政爭議與民事爭議交叉案件表現各異，處理難度大，基礎法律關係的準確認定問題顯得至關重要。筆者認為可以根據行政行為對民事行為的介入在意思表示的作用力、影響力的不同，以及行政行為介入的法律目的的具體屬性，確定特定個案的基礎法律關係。即如果民事行為的效力取決於相關行政行為的合法性，則此時的基礎法律關係是行政法律關係，應當先行中止民事訴訟；如果民事法律關係是具體行政行為是否合法的事實依據，且不能為行政機關所控製，此時的基礎法律關係則是民事法律關係，如行政登記、行政確認等，應當先行處理民事糾紛。這一點對於正確處理當前爭議較多的民事與行政在房地產登記案件方麵的關聯問題，有很強的代表意義。
（四）基礎法律關係先行原則與行政附帶民事訴訟
行政附帶民事訴訟是行政審判的發展趨勢，是解決行政與民事交叉案件的有效途徑。由於爭議的複雜程度不同（尤其是民事基礎法律關係的複雜程度）、是否屬同一法院管轄、當事人是否選擇附帶訴訟以及法律規定不明確等諸多因素，實踐中有大量的交叉案件不能適用行政附帶民事的方法加以解決。在采用行政附帶民事方法解決交叉難題時，對基礎法律關係的審查、考量也是不能忽視的。基礎法律關係為民事，應先行審查民事爭議，依據民事爭議的結果，解決行政爭議，一並作出裁判。基礎法律關係為行政，應先行解決行政爭議，依據行政爭議的結果，解決民事爭議，一並作出裁判。如果由於客觀原因行政訴訟部分與附帶民事訴訟部分不能一並判決的，可以分別製作判決書，但是兩份判決書對各自未處理的民事或行政部分應當有所交代。如果附帶民事部分是調解結案的，應當分別製作行政訴訟判決書和附帶民事訴訟調解書。
結語
現代社會行政權進一步擴大，並且時刻影響著大量的民事法律關係，行政法律關係與民事法律關係相互滲透、交叉，法院受理的交叉案件大量存在，且有增無減，成為困擾法官的一個難題。筆者認為基礎法律關係先行原則是理順行政訴訟與民事訴訟交叉案件審理順序，徹底解決糾紛，提高審判效能、合理利用司法資源的有效審理路徑。當然適用法律、審判案件不能像輸入計算機程序一樣，會自然生成公正的判決，鮮活的個案、紛繁複雜的審判實踐時刻拷問著我們，它促使我們在實踐中不斷思索，並帶著思索和追問不斷實踐……