最高法院對民行交叉案件處理模式產生尷尬的根本原因是我國傳統上認為知識產權效力確認屬行政職權的體現，係行政行為，對該行為的質疑須通過行政訴訟處理，民事訴訟因此不能對涉案知識產權的效力作出評判。然而，參考國外的立法例與司法實踐，這種傳統認識本身是否正確是值得質疑的。由此，重新審視我國現有製度對知識產權效力確定行為性質的界定，進而對“民事訴訟程序不能對涉案知識產權的效力予以確定”這一命題提出反思，也許是解決知識產權民行交叉案件有效的思維途徑。
時至今日，知識產權的私權性質已經被世界各國普遍接受，而對於知識產權效力確認行為的性質及其救濟方式，世界各國則存在著兩種不同認識。其中一種與我國上述製度相同或類似，認為知識產權效力確認行為仍屬行政機關作出的行政行為，對該種確認行為的質疑應通過專門的司法審查程序來完成，德國及日本均采用該種認識。在德國，專利無效的審理機關是聯邦專利法院，而受理專利侵權案件的普通法院則根據專利無效訴訟是否具有充分證據並具有勝訴的可能，來決定侵權案件是否中止。在日本，專利侵權訴訟由地方法院管轄，專利宣告無效則是特許廳的職權，在專利侵權訴訟中，被告以專利權無效向法院申請訴訟中止，則法院會聽取雙方當事人的意見後再作結論。在其他一些國家，知識產權效力確認行為則被視為民事行為，因此亦適用民事訴訟程序，采納這種製度的國家甚至包括行政法的起源國之一法國。在法國根本不存在與我國專利複審委員會類似的組織，宣告工業產權無效的訴訟完全屬於民事訴訟，由作為司法法院的最基層法院大審法院及其上訴法院在審理民事案件時以判決的形式作出。這一點在普通法係國家體現得則更為明顯，比如美國，即沒有單獨的宣告專利權無效製度，但在專利侵權訴訟中，請求專利權無效是最常用的抗辯理由。由此，受訴法院在侵權訴訟中，根據被告提供的證據，首先審查專利權的效力，如果經審查認為專利權無效，則原告的侵權指控不能成立，駁回訴訟請求；如法院認為專利權有效，則繼續審查被告製造的產品或使用的方法是否構成侵權。這種方式下，對原告專利權是否有效以及被告是否構成侵權，都是由同一受訴法院審理的。其他如澳大利亞，對商標評審委員會作出的商標異議決定不服，或者對專利複審委員會的無效審查決定不服，均隻能提起民事訴訟。
事實上，我國已經有學者從知識產權的私權性質或者法律經濟學的角度對現有製度提出了質疑，認為既然知識產權是私權，那麼對這種權利效力予以確認的程序便可以也應該在民事訴訟程序中解決；同時，考慮訴訟成本的消耗，訴訟時間的長短以及以此換取司法公正的實際效果，也應當允許在民事訴訟程序中對涉案知識產權的效力予以確認。當然對這一論點實踐中也存在反對意見，其中的核心便是認為這種處理方式意味著司法權僭越了行政權。這種反對觀點的核心前提是認為知識產權的授予以及效力確認均屬典型的行政行為，因此對其的審查應該通過行政訴訟程序完成。但結合上麵所說的國外立法例分析，知識產權效力確認行為的性質是否真的不可質疑，由此而確定的民事訴訟不得對涉案知識產權效力作出確認的處理模式是否真的不可改變？在最高法院確立的處理模式仍然麵臨兩難的情況下，已經有法院嚐試對此作出突破，從而希望更好的解決知識產權民行交叉案件中所麵臨的訴訟效率或者民事訴訟與行政訴訟審理結果不一致的司法不統一的問題。所以，重新審視我國傳統對知識產權確認行為的性質以及據此設置的知識產權確認行為訴訟程序可能將為我們更好處理知識產權民行交叉案件提供一種新的思路。當然，這是一個涉及理論與實踐都需要進行巨大改變的工程：在理論上，它涉及對我國傳統行政法上行政行為以及民法上民事行為理論的重新界定；在實踐上，它涉及對現有諸多製度重大甚至根本的變革，尤其是專利複審委員會及商標複審委員會等機構地位及作用的重新界定。因此這一轉變絕非一日之功，但考慮到它可能真的可以更好甚至根本地解決知識產權民行交叉案件所現實麵臨的訴訟效率及司法不統一的問題，仍值得我們思索與努力。為此提出以下建議，以期能夠解決民行案件衝突問題：