（1）民事侵權訴訟中應將原告擁有權利的確定作為認定案件事實看待而非作為法律問題看待，因此不必等待行政確權的結果。換言之，行政訴訟與民事訴訟是“先行後民”還是“先民後行”不能絕對化。行政訴訟是針對行政行為合法性進行審查，不一定能反映侵權事實的完整性，而民事審判審查對象是當事人的訴辯主張，采用高度蓋然性事實認定規則，認定事實的準確性顯然高於行政訴訟。雖然現有法律框架下對知識產權權利認定存在分歧，但在審判實踐對涉及馳名商標的認定，最高法院認為是人民法院查明案件的事實，而非以行政部門的認定為事實依據；而對侵犯著作權糾紛案件，原告是否權利人，也是人民法院查明的事實，而不以版權管理部門的登記為依據；因此對於專利侵權糾紛而言，原告是否專利權人，也屬於法院應查明的案件事實，無需等待行政機關的審查決定。
（2）知識產權行政訴訟的本質是民事權利的確認而非對行政行為合法性的審查，知識產權案件無需通過行政訴訟解決，而應在民事訴訟中解決。專利權在我國《民法通則》中被規定為一項民事權利，專利局對發明創造授予專利權，是專利權產生的一個原因，但並非直接原因，智力勞動具有本源性的意義。在專利無效宣告程序中，請求人與被請求人之間解決的是專利的有效性，而專利權有效性糾紛的根源應是民事糾紛；同時專利複審委員會作為授權機關，在無效程序中是居中裁判，與專利的有效性不存在法律上的利害關係，另外行政機關作為第三人參與訴訟，本身也與當事人爭訟的權利沒有關係，特別是權利衝突案件，更是如此；對於知識產權案件根本無需通過行政訴訟程序，而應直接以民事訴訟程序解決，這更符合知識產權私權的性質。
（3）知識產權訴訟中民事訴訟和行政訴訟審判組織一體化勢在必行。在對民行交叉知識產權案件的處理機製中，確立行政案件和民事案件的審判由知識產權審判庭統一審理的製度是科學的選擇，理由如下：一是民事訴訟和行政訴訟在證據的司法審查上有許多相同之處；二是這種審判模式可以解決在法律適用上的統一性，從而維護法律的權威性；三是由於我國知識產權民事法官已積累了豐富的審判實踐經驗，具備了審查的能力；四是我國對專利無效申請由專利複審委員會統一審查，由於專利複審委員會人少案多比較突出，審查期限較長，加之目前對專利複審委員、商標評審委員會的決定法律規定由北京中院審理，這無疑加大了審理負擔，如由民事法官直接審理，可以減輕行政機關的壓力；五是由於這樣做既符合知識產權民行交叉案件的審判規律，又符合知識產權審判專業性強、要求高的特點，還能保證司法尺度的統一，節約司法成本，提高司法效率。如西安市中級人民法院自2007年起開始實行知識產權民事案件繼續由知識產權審判庭審理，但遇到涉及知識產權行政案件，要吸收兩名知識產權民事審判法官參與，組成五人合議庭進行審理，以確保行政、民事知識產權案件審判人員取長補短，統一認識，並逐漸過渡到由知識產權審判庭統一審理全部知識產權案件，取得良好的審判效果。總之，這是人民法院進一步完善知識產權司法保護機製的有益探索，這種審判組織一體化的保護模式能夠有效地保護權利人的合法利益；能夠整合分散的知識產權審判資源，提高知識產權案件審判質量和效率。